Но фактически структурно пограничные авиационные части были оформлены лишь в начале 30-х годов, а до этого для поддержки пограничников привлекались авиационные подразделения Красной Армии.
При этом наиболее активно советским пограничникам пришлось действовать в Средней Азии. Дело в том, что практически сразу после установления советской власти в этом регионе там стихийно возникли отряды повстанцев, которых вскоре стали именовать басмачами. Руководили ими бывшие ханы и баи, а основу отрядов составляли люди, недовольные революционными изменениями, а также обыкновенные бандиты, которых на окраинах Российской империи всегда хватало. При этом нельзя не отметить, что советская власть тоже допустила целый ряд ошибок в ходе своей деятельности в Средней Азии: как при проведении земельной реформы, так и религиозной реформы. Допускали просчеты и присланные из российских глубинок государственные служащие, которые не знали (и не сильно стремились узнавать) ни здешних обычаев, ни языков.
Боевые действия в Средней Азии велись сезонно: зимой басмачи уходили в родные селения или за границу в Иран или Афганистан, а весной снова выходили на «тропу войны». Когда количество вооруженных нападений превышало некий уровень, в дело вступала армия, проводя локальные операции очень часто при поддержке артиллерии и авиации, в том числе и пограничной.
Формально авиация пограничной охраны ОГПУ в Средней Азии была структурно оформлена в июле 1932 года, когда были сформированы отдельные отряды в Алма-Ате, Ташкенте и Мары (в 1933 году также в Ташаузе). На вооружение пограничникам передали из ВВС легкие бомбардировщики «Р-1», «Р-3ЛД» и «Р-5».
На тот момент авиаотряды погранавиации состояли из трех-четырех авиазвеньев, оперативно подчинялись командованию пограничного округа и контролировались авиационной инспекцией отдела вооружения ГУПВО.
Основной задачей авиаторов была поддержка наземных подразделений, обеспечение их боеприпасами, продовольствием и водой, проведение разведывательных полетов, а также оказание огневой поддержки подразделениям, ведущим операции по ликвидации банд. При этом летчикам приходилось совершать санитарные и связные полеты в труднейших метеорологических условиях Памира и Тянь-Шаня, казахстанских степей и туркменских пустынь.
Опираясь на поддержку дехкан, объединенные отряды пограничников и добровольцев Таджикистана и Узбекистана, части Красной Армии при поддержке авиации к концу 30-х годов разбили главные силы басмачей (к тому времени уже весьма немногочисленные и лишенные поддержки местного населения).
Таким образом, уже в период своего становления пограничная авиация оказывала неоценимую помощь сухопутным частям в их боевых действиях. В качестве примера можно привести события мая 1933 года, когда 11-й Хорезмский полк ОГПУ (114 сабель) под командованием И. И. Масленникова выступил против банды в 250 сабель. Трудности перехода в песках, изнуряющая жара и отсутствие воды привели к тому, что из всего полка боеспособным остался лишь взвод станковых пулеметов. И только наличие рации позволило вызвать самолет для связи из Ашхабада. Появление самолета подняло настроение людей, кроме того летчик смог скорректировать направление дальнейшего движения. Все это вместе взятое позволило завершить операцию разгромом банды.
Увеличение самолетного парка, масштабов использования авиации в охране границы, а также необходимость разработки документации по боевой подготовке, технико-эксплуатационной службе и материально-техническому обеспечению потребовало более квалифицированного руководства ею. С этой целью в начале 1935 года авиационная инспекция была выделена из отдела вооружения и переформирована в авиационный отдел с непосредственным подчинением начальнику ГУПВ. Первым начальником авиаотдела был назначен комбриг Матвей Васильевич Бойцов.
Поначалу комплектование авиационных частей пограничных войск летным и техническим составом проводилось за счет воспитанников школ ВВС Красной Армии, Осоавиахима, спортивных авиационных школ общества «Динамо». Одновременно предпринимались определенные шаги для подготовки собственных кадров уже в 1934 году в Харькове при 2-й объединенной пограничной школе НКВД имени Ф. Э. Дзержинского было создано авиационное отделение по подготовке летчиков, штурманов, техников. При этом преподаватели особое внимание уделяли профессиональной подготовке летчиков и штурманов, так как, в отличие от строевых летчиков авиации РККА, им приходилось летать на предельно малой высоте в сложных метеорологических и климатических условиях, производить посадки на ограниченные и неподготовленные полевые площадки, зачастую самостоятельно эксплуатировать материальную часть в полевых условиях.