В ряде работ рассматриваются проблемы музеефикации определенных типов памятников.
Проблемы музеефикации памятников археологии рассматривались в трудах Н.М. Булатова, ГА Федорова-Давыдова, Д.Б. Шелова[76], авторами была проанализирована зарубежная и российская практика, разработана типология методов музеефикации археологических памятников и организации археологических музеев. Музеефикации памятников археологии посвящено также диссертационное исследование А. Медведя[77]. Медведь предложил хронологию истории музеефикации памятников археологии, типологию археологических объектов музеефикации, остановился на основных методах музеефикации археологического наследия.
Рассмотрению проблем недавно появившихся в российском музейном деле объектов музеефикации памятных мест и мемориальных объектов, связанных с памятью жертв политических репрессий, посвящены публикации О.Е. Черкаевой.[78]
Особое развитие получает в 1990-е гг. историческая регионалистика. История музейного дела отдельных регионов становится объектом исследовательских интересов на местах и в центре. Наиболее значимой с этой точки зрения следует признать монографию и докторскую диссертацию Э. А. Шулеповой[79], показавшей методические основы подхода к исследованию памятниковой среды региона в ее исторической ретроспективе. На примере отдельно взятого региона автор продемонстрировала роль музеефикации, понятой в самом широком смысле этого слова, как действенного механизма трансляции социокультурного опыта местного сообщества.
Появляется целый ряд работ по истории музейного дела, авторами которых выступают местные исследователи. Многие регионы обретают своих историков музейного дела, и глубокие исследования исторического развития музейной деятельности регионов становятся основой, позволяющей создать цельную картину развития музейного мира России в ее исторической ретроспективе. Музеефикация недвижимых, нематериальных и средовых объектов не становилась специальной темой этих исследований, однако фактический материал по истории музеефикации, как правило, недвижимых памятников региона входил составной частью в эти работы.
История музеев Костромского края нашла отражение в работах Л.И. Сизинцевой[80]. Автор ставила целью не только описание генезиса и развития музейного дела в Костромском крае «от обозначения протомузейных форм в отношении к предметному миру до создания развитой музейной сети и ее последующего уничтожения»[81], но выработку основ анализа музейной деятельности и их апробацию на конкретно-историческом материале. Обращаясь к основным положениям теории деятельности, автор переключает внимание с функционирования музея как учреждения (институциональный подход) на деятельность человека как субъекта музейной деятельности. Среди выявленных С.И. Сизинцевой фактов истории музейного дела следует выделить анализ возникновения в XVIIXVIII вв. традиции показа при царских посещениях Костромского Ипатьевского монастыря келий Келарского корпуса, связанных, по легенде, с пребыванием в монастыре М.Ф. Романова, постепенно приведшей к музеефикации этого памятника.
На основе многочисленных и разнообразных документальных источников, результатов социологических исследований, анализа деятельности многочисленных музейных учреждений Сибири написаны исследования О.Н. Труевцевой[82]. О.Н. Труевцева уделяет особое внимание муниципальным музеям и предлагает основанную на историческом опыте и структурно-функциональном анализе модель оптимального функционирования муниципального музея. В ряду эмпирических описаний сибирских музеев находится место музеям, созданным на основе музеефикации. Историю сибирских музеев более раннего времени рассматривает в своем исследовании О.Н. Шелегина[83]; в ее труде, опирающемся на предложенный ею адаптационный подход, рассматривается в ряду других история ряда сибирских музеев под открытым небом.
Диссертационное исследование и ряд публикаций И.В. Котляровой посвящены процессу формирования и развития музеев во взаимосвязи с общекультурными процессами региона на материале Воронежского края[84].
В 2005 г появляется исследование С.Ф. Махрачева по истории музеев Тамбовской области[85].