В конце 1990-х 2000-х гг. появляется ряд исследований, в том числе диссертационных, посвященных проблеме музеефикации памятников архитектуры, археологии, а также городской среды.
В 2006 г. была защищена диссертация О.П. Постернак[70]. Работа посвящена проблеме музейной политики Советского государства в отношении религиозного культурного наследия и опыту музеефикации религиозных комплексов в 1920-х 1930-х гг. в Москве. В рамках данной темы рассматриваются деятельность комиссий Наркомпроса и взаимоотношения как интеллигенции и власти, так и интеллигенции и церкви в сфере охраны памятников религиозного искусства. На основе архивных источников, мемуарной и исследовательской литературы автор делает вывод о том, что гражданская позиция общества помешала созданию в Москве антирелигиозных музеев. В то же время деятельность представителей Главнауки находилась под жестким идеологическим контролем. В этих условиях сотрудники Главнауки содействовали сохранению монастырских и храмовых комплексов, перемещению в художественные музеи произведений религиозного искусства, приданию статуса памятников культуры церковным сооружениям и переводу религиозного искусства в категорию культурной ценности. Автор подчеркивает, что в исследуемый период музеи оказались единственно возможной формой сохранения религиозного искусства и культуры дореволюционной России в Советском государстве.
1980-е гг ознаменовались появлением ряда исследований по проблемам музеефикации памятников архитектуры и градостроительства и организации музеев под открытым небом, авторами которых являлись в основном архитекторы[71]. Такое «архитектурно-реставрационное» осмысление этой проблематики вполне закономерно для периода бурного роста и развития сети музеев-заповедников, концепции которых разрабатывались архитектурными проектными или реставрационными мастерскими. В это время само дело музеефикации было сосредоточено в руках архитекторов.
Обобщению опыта проектирования и строительства в РФ музеев под открытым небом на основе свезенных памятников посвящена работа О.Г. Севан[72]. Автор формулирует основные принципы построения музеев под открытым небом, примененные в разных областях РФ. В Костроме отбор и размещение перевезенных построек проводился исходя из «коллекционного» принципа показа наиболее высоко-художественных образцов; в «Малых Корелах» был принят «региональный» принцип создания микромоделей поселений, соответствующих историко-культурным зонам Архангельской области, с восстановлением исторического ландшафта и культурной среды; в «Хохловке» Пермской области «региональный» принцип был совмещен с «тематическим» сектора-деревни сочетались с промышленными, сельскохозяйственными, охотничьими комплексами.
Значительный массив исследований посвящен проблемам русской усадьбы, в том числе музеефикации усадебной культуры[73].
Проблемам музеефикации культовой архитектуры посвятила ряд работ автор этих строк[74].
В 1990-е 2000-е гг. остро встала проблема охраны памятников. Активная, даже агрессивная застройка населенных пунктов, сопровождающаяся вторжением в историко-культурную среду поселений, перестройкой и сносом памятников под видом «реставрации», нарастающей подменой подлинных объектов историко-культурного наследия новоделами и стилизациями, остро поставила вопрос о законодательной базе охраны памятников, о границах реставрационного вмешательства в ткань памятника и методах и критериях реставрации. Эта ситуация потребовала «вспоминания», анализа и доведения до широкой общественности знаний о взглядах на проблемы реставрации и реконструкции, существовавших в прошлом и существующих на сегодняшний день. Появляется целый ряд сборников законодательных актов и научных статей, монографий, учебных программ. Кроме того, охрана памятников проходит становление в качестве учебной дисциплины, которую преподают на ставших многочисленными кафедрах музейного дела. Наконец, в 2005 г. история и современное состояние охраны памятников были обобщены и оформлены М.А. Поляковой в виде учебного пособия[75]. Охрана памятников предстает в этом учебном пособии, которое по широте охвата материала может считаться также монографией, как специфическая междисциплинарная область знания в контексте культурной политики Российского государства. М.А. Полякова анализирует процесс формирования представлений о памятниках и научной базы их охраны. Книга содержит также обширный биографический материал, посвященный музейным работникам, коллекционерам, реставраторам и архитекторам, внесшим заметный вклад в дело охраны памятников в России. Эта часть пособия представляется весьма актуальной в контексте современного стремления преодолеть «обезличенность» музейного дела. Широкое освещение получила в пособии роль научной общественности в сохранении историко-культурного наследия России. В рамках поставленной задачи автор касается проблем музеефикации, которая рассматривается как важное направление охраны памятников.