В кальвинизме религиозная нетерпимость была доведена до крайних пределов. Нравственную дисциплину, которую церковная власть охраняла духовным оружием, светская власть должна была поддерживать принудительными средствами. Церковь осуждала еретиков, гражданский правитель предавал их сожжению (399, с. 169).
Под влиянием протестантизма в 20-е годы XVI в. утраквизм раскололся на два течения обычный ортодоксальный староутраквизм и близкий к лютеранству новоутраквизм. Таким образом, к моменту насильственной конфессиональной унификации в 20-х годах XVII в. на территории Чехии образовался очень широкий, в рамках западного христианства, диапазон религиозных объединений, общин, церквей, сопоставимый, пожалуй, только с ситуацией в Нидерландах. Главными принципами сословной политики стали независимость от церковной идеологии и подчинение церкви светской власти.
Особенностью чешского общества в религиозной сфере стало сочетание новейших европейских конфессий со специфическими государственными гуситскими течениями. При этом религиозный плюрализм чешского общества обуславливал его терпимость, в противном случае религиозные распри в маленьком государстве привели бы к социальной и политический нестабильности и гражданской войне. Толерантность по отношению к инакомыслящим стала залогом того, что гуситские войны и связанные с ними массовые потрясения, через которые Чехия прошла в XV в., не повторятся. Эта вынужденная «веротерпимость», столь несвойственная периоду раннего Нового времени, была обусловлена и балансом политических сил в государстве: католики не могли вернуть себе прежнего доминирующего положения в духовной сфере, а протестанты были заинтересованы в сильной королевской власти. Вместе с тем внешнеполитическая ситуация, не позволявшая воцариться на чешском престоле королю-некатолику, принудила протестантов смириться с католическим характером королевской власти в стране, где большая часть населения принадлежала к некатолическим конфессиям. Все это в целом привело к формально-юридическому закреплению религиозной терпимости в так называемом «Маестате Рудольфа II» о религиозной терпимости (1609 г.), утвердившем равные права протестантов и католиков.
В Нидерландах сложилась другая ситуация. В XVI в. Нидерланды, наряду с другими германскими странами, оказались охвачены движением Реформации. В то время, когда в Бельгии пылал костер католической нетерпимости, в Голландии и Зеландии единственным дозволенным религиозным культом стало протестантство в форме кальвинизма.
Так называемый «религиозный мир» в Антверпене (1578 г.), казалось, обязан был положить конец религиозной вражде, признав за католиками ту же свободу отправления культа, что и за кальвинистами. Но последние заявили, что их привилегии нарушены. В итоге, семь евангелических провинций в 1579 г. создали Утрехтский альянс, положивший начало протестантской республике. Католики же при поддержке Габсбургов создали Арраский альянс. Но статус-кво сохранялся недолго. Шаткое положение католиков в Голландии, обусловленное их симпатиями в отношении церковной Испании, а также отсутствие официальной церкви в государстве привели к тому, что с 1579 г. в Голландии начинает действовать серия ордонансов против католиков. Таким образом, впервые в Европе на государственном уровне были закреплены доминирующие права протестантов. В условиях властвования в Европе католицизма это стало ярким примером проявления свободы вероисповедания (404).
К концу XVI в. протестантская Голландия, наряду с Чешскими землями, была своеобразным «островом спасения» для беглецов от римского католицизма, ортодоксального англиканства, шотландского пресвитериализма. Тут находили убежище представители самых разнообразных направлений, оказывающие непосредственное влияние на ход Реформации. На общем фоне вероисповедных разногласий и сопротивления государственной власти начинается теоретическая, боле детальная разработка идеи религиозной свободы, которая в учениях философов и юристов получает формулировку естественного неотчуждаемого права индивида. Здесь же, на защиту религиозной свободы выступил французский гугенот Пьер Бейль. Противником его явился ортодоксальнейший кальвинист Пьер Жюрье. Полемика между ними, представителями двух противоположных течений Реформации, привлекла внимание и возбудила интерес к разработке решения проблем религиозной терпимости (403, с. 195).