Такой порядок установления в странах, отпавших от католицизма, но влияние реформации отразилось на государствах, оставшихся верными католической религии. Разумеется, полное усвоение протестантской теории об истечении церковной власти из территориального верховенства для католиков было невозможно, но перестроить систему церковно-политических отношений представлялось и для них не только возможным, но и желательным. Ввиду этого и в католических странах замечается стремление поставить церковь в более зависимое положение от государства. Обостряется борьба с церковной юрисдикцией.
Во Франции произошла отмена Нантского эдикта (1685 г.), после чего снова последовали жестокие гонения на протестантов.
Вслед за этой отменою последовал целый ряд деклараций (1686, 1687, 1693, 1715, 1724 гг.), проникнутых духом нетерпимости и объявлявших преступлениями: религиозные собрания протестантов, их проповеди, дачу помещений или убежища для их религиозных собраний, обращение умирающего в протестантскую веру и тайное присутствие при больном с целью поддержать и укрепить его в протестантской вере; брак по обрядам протестантов, крещение, совершенное другой рукой кроме руки католического священника, и многие тому подобные деяния (21, с. 181). Этими законами свобода богослужения предоставлялась только католикам, протестанты же были ее лишены и вообще поставлены в крайне тяжелое положение. Что касается католического духовенства, то оно не только не было на стороне религиозной терпимости и свободы, но постоянно действовало на светскую власть в обратном направлении, настаивало на суровом преследовании еретиков, к которым, прежде всего, относились протестанты (256, с. 6061). Кровавые преследования разных нарушителей строгих законов, ограждавших католическую религию, продолжались вплоть до великой революции. До великой революции продолжались и преследования ереси. Французские короли, сумевшие с помощью дворянства противостоять папским притязаниям, не упускали случая расширить свои полномочия в сфере церковных дел, что привело к освобождению французской церкви от власти Рима и к постепенному сокращению, а затем и совершенной отмене церковной юрисдикции.
В Испании церковь также оказалась в руках королевской власти, которая по мере своего усиления подчиняла себе наравне с другими сторонами жизни и религиозную жизнь граждан. В Англии стремление к национальной независимости от Рима нашло поддержку и сочувствие в самом клире, который считал нужным бороться главным образом в целях свержения с себя папской власти, но зато нигде на континенте в течение Средних веков церковь не была в такой зависимости от государственной власти, как в Англии. Одним словом, всюду можно было наблюдать одно и то же явление: ослабление власти Рима влекло за собой усиление вмешательства в церковные дела светской власти, установление зависимости церкви от светского правительства (403, с. 114116).
В Австрии в XVII и долгое время в XVIII в. только в немногих местностях протестанты пользовались свободным отправлением своей религии. Помимо этих исключений, в Австрии не должно было существовать ни одного протестанта. Уклонение от католического учения составляло ересь преступление, которое влекло за собою тяжкие светские наказания.
Движение Реформации в рассмотренных странах неизбежно отразилось и на других регионах Европы. Так, в Чехии и Нидерландах под ее воздействием сложилась неповторимая ситуация.
К концу XVI в. чешское общество было самым поликонфессиональным в Европе. Начало религиозному дроблению положило гуситское движение в XV в. Появилась биконфессиональность, закрепленная Базельскими компактатами (1436 г.), в которых церковь впервые в истории была обязана признать «еретиков» полномочными исповедовать свою веру, равномерно расширять диапазон собственной некатолической части за счет появления новейших ответвлений самого гусизма. Возник ряд сект, кроме разрешенных земскими законами утраквизма, в частности, Община чешских братьев, которые постоянно подвергались преследованиям.
С возникновением движения Реформации в Европе Чехию практически захлестнула волна гонимых протестантов, последователей лютеранства и кальвинизма, что послужило сильнейшим импульсом не только для распространения этих направлений христианства в Чехии, но и процесса еще большего внутреннего дробления утраквизма.
В кальвинизме религиозная нетерпимость была доведена до крайних пределов. Нравственную дисциплину, которую церковная власть охраняла духовным оружием, светская власть должна была поддерживать принудительными средствами. Церковь осуждала еретиков, гражданский правитель предавал их сожжению (399, с. 169).