Оба вопроса рассматривались в Синоде одновременно, причем был принят во внимание доклад о состоянии Ферапонтова монастыря, поданный митрополитом Гавриилом в 1790 г., т. е. еще до проведения ремонта. Принятое решение оказалось не в пользу Ферапонтова монастыря. Синод постановил упразднить Ферапонтов монастырь «за ветхостью оного, с обращением его в приходскую церковь, а состоящего же в городе Пензе заштатного Спасо-Преображенского монастыря о включении в число третьештатных, с перенесением на оный штата того Ферапонтова монастыря». Монахов Ферапонтова предлагалось «поместить на вакансии по другим во вверенных (митрополиту Гавриилу В. С.) епархиях монастырям», а игумену Феофилакту, «в случае неимения по званию его вакансии, остаться до открытия оной, с получаемым ныне жалованием»[48]. 23 апреля этот указ был утвержден Павлом I[49]. Вакансия для игумена Феофилакта скоро открылась: прошение игумена третьеклассного Белевского Преображенского монастыря Иакова об увольнении за старостью и слабостью здоровья было удовлетворено, а Феофилакт занял его место[50]. Так, через 400 лет после своего основания, практически полностью отремонтированный (незаконченной осталась только церковь преп. Мартиниана), монастырь прекратил свое существование. Имущество, в котором не нуждалась организованная в обители приходская церковь, было распродано, а выручка поступила на хранение в казну Кирилло-Белозерского монастыря[51].
Упразднение монастыря имело как отрицательные, так и положительные стороны. Конечно, приходская церковь из-за ограниченности в средствах не могла обеспечить должного ухода за всеми церковными строениями, но именно поэтому остался неискаженным самый драгоценный памятник Ферапонтова монастыря фрески Дионисия. Кроме того, ремонт 17941798 гг. создал своего рода «запас прочности», благодаря чему многие здания монастыря, в том числе и собор, простояли до начала ХХ в.
Книга И. И. Бриллиантова «Ферапонтов Белозерский, ныне упраздненный монастырь» (Санкт-Петербург, 1899)
За бота о сохранении всех зданий монастыря, вошедших в введение приходской церкви, целиком ложилась на плечи настоятеля собора и в известной степени зависела от его инициативы. Здесь следует отметить деятельность священника Арсения Разумовского (конец 1830 начало 1860-х гг.), много сделавшего для упрочения материального положения своего прихода. Его стараниями собор Рождества Богородицы дважды получал от Консистории книги для сбора пожертвований на ремонт храма[52]. Оказавшись в 1845 г. временно исполняющим обязанности благочинного, А. Разумовский пытался даже в ущерб другим храмам изъять из их казны деньги для проведения ремонтов в церквах своего прихода[53]. Благодаря деятельности настоятеля экономическое положение упраздненного монастыря заметно стабилизировалось, что позволило провести ряд работ довольно крупного масштаба. Так, в 18361838 гг. ремонтируется церковь Мартиниана[54], в 1840 г. монастырь обстраивается каменной стеной[55], в 18511853 гг. церковь Благовещения значительно расширяется за счет соединения ее с трапезной[56], а в 18621864 гг. обновляется внутреннее убранство Никольского придела и надвратных церквей[57], до этого использовавшихся как склад для ветхой церковной утвари[58].
В конце XIX столетия положение Ферапонтовской церкви заметно ухудшается. Если в первой половине-середине века на ремонт расходовалось ежегодно в среднем около 300 руб., а порой эта суммы заметно увеличивалась (в 1849 г. 716 руб., в 1833 г. 1388 руб.), то в последней четверти столетия указанная статья расхода редко превышала 6070 руб.[59]. При этом некоторые монастырские постройки, в первую очередь собор, оказались на грани разрушения.
В 1898 г. начинается новый период в истории Ферапонтова монастыря период его изучения и реставрации. Отправной точкой для этого явилось издание книги замечательного исследователя русской старины И. И. Бриллиантова, посвященной истории монастыря и его памятников. Деятельность этого человека, всю свою жизнь отдавшего делу сохранения Ферапонтова монастыря как памятника истории и культуры, по достоинству оценена в работе С. Н. Павлова, в которой приводится много ценных сведений по периоду восстановления монастыря в начале ХХ в.[60]