В 16671676 г. Ферапонтов монастырь стал местом заточения ссыльного патриарха Никона. О его пребывании в Ферапонтове существует обширная литература и опубликованная, и архивная[28]. Но ни постоянные присылки продовольствия и средств из Кирилло-Белозерского монастыря, ни личная поддержка царя Алексея Михайловича не поправили плачевного положения монастыря.
В первой половине XVIII в. монастырь приходит в полный упадок. Во вкладной книге, охватывающей период с 1726 по 1760 г.[29], мы не найдем ни одного крупного вклада и ни одной знатной фамилии. Постепенно уменьшается и число монахов: в 1702 г. в обители проживает 47 человек[30], в 1722 г. 53 человека[31], в 1729 г. 38 человек[32], в 1733 г. 29 человек[33]. В период с 1740 по 1746 гг. в монастыре проживает всего лишь 11 монахов[34], а в 1763 г. 14[35].
Неудивительно, что в 1764 г. при секуляризации церковного землевладения, проведенного Екатериной II, Ферапонтов монастырь едва избежал упразднения, заняв «последнее место в списке уцелевших монастырей»: он был поставлен 100-м в списке третьеклассных и оказался последним с игуменским настоятельством[36]. С этого момента он получал ежегодно «на монастырские нужды» 240 руб.[37], чего, даже с прибавлением незначительных самостоятельных доходов, не могло хватить на содержание в порядке пяти церквей и хозяйственных построек, на ветхость которых указывают описи этого времени[38]. Не имея средств на капитальный ремонт всего монастыря, основное внимание церковноначалия было направлено на украшение храмов «в новом вкусе»: в 17501780-х гг. были перестроены иконостасы всех церквей обители[39].
Однако к концу 80-х гг. необходимость капитального ремонта стала настолько очевидной, что в решении этого вопроса самое деятельное участие принял митрополит Новгородский и С.-Петербургский Гавриил, в юрисдикцию которого было переведено Кирилловское Духовное правление. Основываясь на докладе игумена монастыря Герасима, он сделал Святейшему Синоду доношение. Отмечая, что монастырские строения «необходимо все почти вновь перестраивать, на что требуется немалая сумма денег», и желая избежать этих расходов, митрополит Гавриил предлагал Ферапонтов монастырь упразднить, превратив его в приходскую церковь, а братию и игумена перевести в заштатный Савво-Вишерский монастырь, в котором «каменное строение ни пристройки, ни починки не требует, и не только для игумена и братии, но и для прочих надобностей монастырю довольно»[40]. По неизвестным причинам это представление не было утверждено Екатериной II[41].
В 1794 г. митрополит Гавриил испросил у Святейшего Синода «на ремонт церкви Рождества Богородицы и другие пристройки» 1500 руб.[42], которые были переданы новому игумену Ферапонтова монастыря Феофилакту. Резолюцией от 31 января 1794 г.[43] в монастыре был начат самый крупный за историю его существования ремонт, продлившийся до 1798 г., в ходе которого все здания были скреплены железными связями, местами вычинена кладка, заменены покрытия и т. д.; собор и церковь Благовещения были сильно перестроены в угоду новым вкусам, а переходы между ними полностью переложены[44]. Естественно, указанной суммы не могло хватить на такой объем работ и, несмотря на регулярные присылки из Новгородской Духовной консистории денег[45], игумен Феофилакт был вынужден испросить у Святейшего Синода «соборную книгу»[46], ссылаясь в основном на незавершенность ремонта церкви Мартиниана. Это прошение поступило в Синод в конце 1797 г., и при его обсуждении возникли новые обстоятельства, которые, как справедливо считает И. И. Бриллиантов, решили судьбу монастыря.
Существовавший в Пензе Спасо-Преображенский монастырь в 1764 г. оказался за штатом, т. е. был переведен на собственное содержание, и потому пришел в полный упадок. Жители города на собственные пожертвования перенесли монастырь на новое место и обстроили его «надлежащим каменным зданием в наилучшем виде». При этом ими было послано в Синод прошение, в котором говорилось о новом устройстве монастыря и об отсутствии в таком крупном городе, как Пенза, архимандрии или хотя бы игуменства. Завершалось прошение просьбой учредить такое управление в новоотстроенном Спасо-Преображенском монастыре[47].