На следующий год Франсиско Писарро и Диего де Альмагро, на двух кораблях с двумястами человек вооруженной команды снова высадились в устье реки Жуан. Земли оказались брошенными, не обнаружив там достаточного количества продовольствия, испанцы продолжили исследование континента и, в конечном итоге, один из их кораблей достиг далеко на юге района современного города Тумбеса. Испанцы увидели там засеянные поля. Это были земли инков. Инки в отличие от индейцев реки Жуан радушно приняли испанцев и показали им свои богатства. Писарро, остался доволен увиденным, и поспешил вернуться в Панаму. Вскоре он отплыл в Испанию и на аудиенции у испанского короля и императора Священной Римской империи Карла V рассказал об открытых им новых землях. Бывшего свинопаса Карл V возвел в дворянское сословие и назначил его аделантадо (исп. adelantado первопроходец), данный титул носили конкистадоры, официально уполномоченные испанским королем на завоевание новых земель. Титул аделантадо получил и Диего де Альмагро.
***Походы 15241526 годов, предпринятые Франсиско Писарро и Диего де Альмагро, были, таким образом, лишь разведывательными походами. Кампанию, имевшую своей целью завоевание инкской империи испанцы под предводительством Писарро, предприняли в 15311533 годах. Это их предприятие носило, по-преимуществу, военный характер, хотя и не исключало элементов дипломатии. Несмотря на то, что эта экспедиция также была предпринята весьма ограниченными силами, завершилась она быстрым и громким успехом. Гигантская империя инков обрушилась под ударами испанцев, а многотысячная инкская армия не оказала достойного сопротивления. Для этого, как оказалось, было достаточно с помощью хитрости захватить инкского императора Атагуальпу. Атагуальпа пообещал за свою свободу наполнить для испанцев одну комнату золотом, а две другие комнаты серебром. И все это действительно было сделано (в историю данное событие вошло как «Выкуп Атагуальпы»). Однако, по приказу Писарро инкского императора все равно умертвили, задушив гарротой.
От инков отложились покоренные ими ранее индейские племена. Дали знать о себе и старые трения внутри инкской правящей верхушки. После убийства Атагуальпы конкистадоры беспрепятственно захватили столицу империи город Куско. Писарро желая использовать конфликт внутри инкской правящей семьи, назначил новым верховным инкой Манко. Манко был братом Гуаскара, другого инкского вождя, убитого до этого Атагуальпой. Манко, несмотря на то, что был обязан испанцам «короной», в 1536 году возглавил индейское восстание против конкистадоров. Он облачился в испанские доспехи и разъезжал в таком виде на коне, пока его люди забрасывали осажденный Куско, обернутыми просмоленной ватой подогретыми камнями, чтобы вызвать в городе пожары. Испанцы отбились. Манко убили. Это окончательно сломило силы индейского сопротивления, началась наиболее драматичная фаза испанской колонизации, сопровождавшая повсеместным разграблением и насилиями. Писарро принадлежит честь основания новой столицы Перу города Лимы (1535). Лима «город королей», была построена с использованием невольничьего труда десятков тысяч индейцев. Город возвели в рекордно короткие сроки. Уже через несколько лет после ее основания, Лима превратилась в главную базу испанцев на всем западном побережье Америки.
Следует добавить, что, не сумев поделить захваченного, Писарро и Альмагро поссорились. Да так, что Писарро убил Альмагро. Однако, в скором времени был убит и сам Писарро, пал от рук близких Альмагро заговорщиков. Выиграла от всего этого испанская корона. Обнаруженные в Перу месторождения драгоценных металлов на протяжении полутора-двух столетий наполняли королевскую казну легким золотом и серебром. Богатства из Лимы вывозились на кораблях (вдоль западного побережья Южной Америки). Они доставлялись в Панаму, затем посуху переправлялись на противоположную сторону Панамского перешейка и уже оттуда на океанских галеонах через Карибское море уходили в далекую Испанию. Некоторые из груженных серебром и золотом испанских галеонов потерпели крушение, и вплоть до настоящего времени лежат со всем содержимым на дне океана. Некоторые из «золотых» галеонов, несмотря на вооруженную охрану, были захвачены в Карибском море пиратами. Выходило так, что испанцы грабили индейцев, в то время как другие европейцы (французы, голландцы, англичане) грабили испанцев. Участившиеся нападения европейских пиратов на одиночные испанские корабли заставили испанское правительство для защиты своих коммуникаций от корсаров в 1561 году ввести систему конвоев.