Seuraavana vuonna 1662 istui jury-oikeus jälleen Bedfordissa, mutta paikkakunnan viran-omaisten vaikutuksesta häntä ei nytkään päästetty puolustamaan itseänsä. Ja näin sulkeutui vankihuoneen ovi hänen perässänsä, ja hän pysyi siellä kuin pysyikin, pientä väliaikaa lukematta, yhtämittaa kaksitoista vuotta, kunnes hän kokonaan vapautettiin salaisen neuvoskunnan (Privy Council'in) käskystä 17 p. toukokuuta 1672.
Vankeudessa häneltä valmistui Kristityn Vaelluksen ensimmäinen osa. Teoksellensa on hän itse kirjoittanut runopukuisen apologian eli puolustuksen. Runollisessa katsannossa se tosin on peräti heikko, niinkuin Bunyanin kaikki muutkin runot, mutta kirjallishistoriallisena todistuskappaleena se ei ole arvoa vailla, siitä kun ilmenee, mitä hän tästä teoksestansa itse ensi alussa arveli. Hän pelkäsi, että raamatun totuuksien esittämistä vertauskuvaisen kertomuksen muodossa pidettäisiin liian kevyenä, liian jokapäiväisenä. Hän epäili, tokko moisen kertomuksen kirjoittaminen lainkaan on soveliasta evankeliumin saarnaajalle. Siksipä hän piti sitä laatikossaan kokonaista kuusi vuotta sen valmistumisen jälkeen, kunnes se vihdoin julaistiin painosta v. 1678. Samana vuonna ilmestyi toinenkin painos, johon tekijä oli lisännyt Maailmanviisaan, Sivutien ja hänen ystävänsä ja muutamia muita huomattavimpia henkilöitä. Kirja tuli kerrassaan populaariseksi. Painoksia ilmestyi sittemmin ilmestymistään, ja menekki oli vallan erinomainen.
Jo ennenkin oli häneltä ilmestynyt teoksia. Ensimmäinen niistä oli: "Evankeliumin totuuksia raamattujen mukaan", jossa hän armotta ruoskitsee harhaoppeja (1656). Sitä seurasi "Evankeliumin totuuksien puolustus", jonka hän kirjoitti kväkareita vastaan (1657). Seuraavana vuonna ilmestyi "Muutamia huokauksia helvetistä" ja senjälkeisenä "Mitä laki ja evankeliumi opettavat". Molempain viimeksi mainittujen tekijäksi on merkitty "köyhä ja viheliäinen olento, John Bunyan Bedfordilainen". Kaikki nämä ilmestyivät ennen hänen vankeuttansa. Vankeudessa ollessaan ja siitä päästyänsä hän kirjoitteli ahkeraan hartauskirjoja, mietelmiä, väittelyjä ja runoja, joita hän ainakin itse piti runoina. Näitten luku nousee yhteensä kuuteenkymmeneen. Tämän kirjoituksen alussa mainittu teos "Ylitsevuotava armo" tuli painosta 1666. Sittenkuin Kristityn Vaelluksen ensimmäinen osa, niinkuin jo sanottu, oli nähnyt päivänvalon v. 1678, ilmestyi v. 1682 "Pyhä Sota", tekijän paras teos edellisen jälkeen, ja kaksi vuotta myöhemmin Kristityn Vaelluksen toinen osa, "Kristityn lesken vaellus", joka, suurella taidolla kirjoitettu sekin, ei läheskään ole ensimmäisen veroinen.
"Kristityn Vaelluksen" omintakeisuudesta ei saata olla pienintäkään epäilystä. Kaikki yritykset, joitten tarkoituksena on ollut riistää Bunyanilta hänen piirrostensa, itsenäinen suunnittelu ja muovailu tai syyttää häntä salaisesta jäljittelemisestä, ovat rauenneet omaan mitättömyyteensä ja todistavat vaan arvostelukyvyn puutetta yrityksen tekijöissä. Tosin oli vertauskuvissa kirjoitettu ennen Bunyaniakin. Mutta jospa otaksuisikin, että kiertävä kattilanpaikkaaja olisi saanut käsiinsä näitä kirjoja, joista muutamia ei ollut kuin Franskassa ja Hollannissa, niin on niitten ja hänen kuolemattoman allegoriansa välillä niin vähän yhtäläisyyttä. ett'ei huomaa jäljittelemisen merkkiäkään. Silmäänpistäviä yhdennäköisyyksiä kohtaa kyllä "Kristityn Vaelluksessa" ja Spenserin "Keijukaisten kuningattaressa", mutta niinkin nerokas kritikoitsija kuin lord Macaulay, sanoo, että "epäilykset siinäkin suhteessa hälvenevät kokonaan, kun tarkemmin vertaa vastaavia kohtia toisiinsa." Sama arvostelija sanoo myös sattuvasti: "Bunyan ei aavistanutkaan, millaisen mestariteoksen hän oli luonut. Hän ei osannut arvata, kuinka huomattava sija hänen allegoriallaan oli oleva englantilaisessa kirjallisuudessa, sillä englantilaista kirjallisuutta hän ei tuntenut ensinkään." Kaksi kirjaa hänellä vankeudessansa vaan olikin, kertoo muuan silminnäkijä: Raamattu ja Fox'in "Acts and monuments". Bunyan itse todistaa teoksensa olevan kokonaan omintakeisen, ja jos kukaan halveksi kavallusta ja inhosi pelkkää ajatustakin toisen vasikalla kyntämisestä, niin juuri John Bunyan.
Onko "Kristityn Vaellusta" pidettävä uskonnollisena allegoriana vai uskonnollisena romaanina? Lord Macaulay sanoo: "Bunyan on epäilemättä suurin allegoristeista, niinkuin Demosthenes oli puhujista suurin, ja Shakespeare suurin dramaturgeista." Muissakin allegoristeissa ilmenee paljon neroa, mutta ei kenkään pysty niin liikuttamaan sydäntä ja herättämään siinä pelvon ja sääliväisyyden ja rakkauden tunteita. Epäilemätöntä kumminkin on, ett'ei se pelkkänä allegoriana olisi saavuttanut kuuluansa ja kunniaansa. Sen yleis-inhimillinen viehätys, sen draamallinen kuvaus, siinä sen pysyvä voima. Se on kauttaaltansa uskonnollinen kirja ja sen-aikuiselta kannalta punniten sittenkin englantilaisista romaaneista ensimmäinen.
Kaikessa suuruudessaan on Bunyanin nero enemmän muovailevaa kuin luovaa. Sen voima asuu vilkkaassa kuvailussa eikä keksinnössä. Hän näyttää meille sen, minkä hän itse on nähnyt. "Kristityn historia on hänen omaa historiaansa." Ja tämä se luo elämätä jok'ainoaan riviin, minkä hän kirjoittaa. Hänen kuvaustensa taustat ja ympäristöt paitsi silloin kuin hän lainaa Raamatun suuresta aarreaitasta ovat sellaisia, mitä hän itse oli nähnyt, kierrellessään käsityöläisenä kylästä kylään. Nuo laitumet ja purot ja kartanot kaupungeissa ja maalaistalot, ne ovat vain uskollisia kuvia siitä yksitoikkoisesta sisämaasta, jossa hän oli syntynyt ja elänyt. Hänen mahtavammat kuvansa on otettu Raamatusta, jossa "tuskin lienee seikkaa taikka metaforaa, jota ei olisi esitettynä Kristityn Vaelluksessa."
Sama on hänen henkilöittensä laitakin. Ei ole heissä kahta samanlaista; niin tarkoin piirtein hän ne on esittänyt, mutta ne ovat muotokuvia, ei mielikuvituksen luomia. Hän oli nähnyt ja tuntenut ne jok'ainoan, ja niitä lukijakin elämässään alinomaa näkee. Ja siksi ne ovat niin ehjiä, niin tenhoavia, nuo hänen henkilönsä. Niitä on pystynyt esittämään ainoastaan se, joka syvälti tunsi ihmis-elämän ja ihmisluonnon. Mutta samalla ne ovat tavallisia ihmisiä, jokapäiväisessä asussaan.
Mutta puhukoon kirja puolestansa.
* * * * *
Vankeudesta päästessänsä oli Bunyan 44 vuotta vanha. Saatuansa järjestetyksi maallisen ammattinsa hyvään kuntoon hän hoiti sitä elämänsä loppuun, ryhtyi hän myös kaikella sielunsa tarmolla lempitoimeensa, saarnaamiseen ja kirjallisiin töihin Herransa kunniaksi. Sielunpaimenena hän oli väsymätön oppimaan sairaita, käymään talosta taloon pitämässä hartaushetkiä ja voimainsa takaa edistämään Kristuksen valtakuntaa. Pian hän olikin baptistien joukossa saanut leikillisen kunnianimen "piispa Bunyan". Lontoossa hän kävi säännöllisesti kerran vuodessa. Siellä pidettiin hänen saarnojaan niin suuressa arvossa, että usein arkipäivinä pimeänä vuoden aikana jo kello 7:ltä aamusilla oli toista tuhatta henkeä hartaita sanankuulijoita koolla.
Bunyanin viimeinen elinvuosi oli erittäin runsas tuloksilleen. Kokonaista kuusi uutta teosta ilmestyi häneltä sinä vuonna, ja toista kuusi hän jätti jälkeensä painokuntoisina. Vallankumousta ei Bunyan nähnyt. Kristityn maallinen vaellus päättyi. Vaeltaja kutsuttiin kulkemaan pimeän virran poikki, jonka yli ei siltaa ole. Hän kutsuttiin pois kesken uskonnollista toimintaansa, ja hänen viimeinen elämäntyönsä oli rakkauden työ. Muuan hänen ystävistänsä Readingin kaupungissa oli uhannut tehdä poikansa perinnöttömäksi, ja jo oli isä viimeisillään, eikä vieläkään ollut sovintoa hänen ja pojan välillä saatu aikoin. Poika oli tuosta hyvin huolissansa ja pyysi Bunyania puhumaan hänen puolestansa isälle ja saamaan sovintoa toimeen. Mielellänsä läksikin tämä uskollinen Herran palvelija ratsain pitkälle matkalle Readingiin, ja hänen onnistui kuin onnistuikin saada isä ja poika sovitetuiksi keskenään. Sieltä hän palasi Lontoosen takaisin, mutta tiellä kohtasi häntä rankkasade, jossa hän kastui läpimärjäksi. Vilusta kohmeissaan hän saapui erään ystävänsä taloon Lontoossa ja sairastui siellä ankaraan kuumeesen. Tautia kesti kymmenen päivää, mutta koko sen ajan hän oli selvässä järjessä. Hänen viimeiset sanansa, kun kuolonkamppaus jo oli alkanut, olivat seuraavat: "Älkäät minua itkekö, vaan itkekäät itseänne. Minä lähden Herramme Jesuksen Kristuksen Isän tykö, joka Poikansa ansion tähden minut vastaan-ottaa, vaikka olenkin suuri syntinen. Siellä me toivoaksemme tapaamme toinen toisemme, ja siellä me veisaamme sitä uutta virttä iankaikkisesti autuaina."