Снейк и Наташа отправляются на поиски Марва. Вскоре они находят Петровича, и вместе идут к Марву через канализацию. Петрович вдруг останавливает компанию и говорит, что ему надо отойти по естественным делам; пока его нет, Снейк и Наташа имеют возможность приватного разговора. Наташа говорит, что странно то, что три таких разных человека оказались здесь, в канализации, вместе. Она вспоминает свою мать, которая пряталась во время Варшавского восстания в канализации, в грязи; до сих пор мать помнит ужасы войны. Герои говорят о статусе своих личных отношений; они оба являются одинокими. Но Наташа вспоминает роман с высоким, сильным, красивым парнем с Запада, которого звали Фрэнк Егер (Frank Jaeger). Она собиралась эмигрировать, но ее в последний момент не пустили на Запад. В результате Наташе пришлось бросить коньки, и она перешла на работу в спецслужбы; однажды ей даже пришлось убить человека. А Фрэнка она до сих пор не видела; между ними, по ее словам, до сих пор возвышается Берлинская стена
Далее троица подходит к мосту. Первым через него идет Петрович он говорит, что если упадет, то это не страшно, поскольку он уже старый. Петрович переходит; за ним идет Наташа. На середине перехода происходит взрыв, и ее отбрасывает назад. Наташа передает Снейку некую брошь и перед смертью говорит о том, что может только парить на льду, но не ходить по этой земле Она вспоминает Фрэнка и умирает.
Встреча со старым другом
Петровича забирают занзибарские солдаты; появляется сам Метал Гир с Греем Фоксом на борту. Фокс говорит, чтобы Снейк убирался, и дает ему последний шанс это сделать, потому что когда-то они были друзьями. Змей говорит в ответ, что сдаваться не собирается
Продвигаясь дальше, в лифте Снейк получает звонок от Серого Лиса; тот не рад тому, что Снейк его ослушался. Серый Лис посылает к Змею четырех элитных солдат из отряда «Ультрабокс» (Ultrabox); после боя с ними будет очередной сеанс помощи от неизвестного Фаната.
Следующий босс Хищник (Predator), который совершенно обезличен, как и предыдущий. За ним идет Ночной Взгляд (Night Sight) босс, которого нельзя увидеть (в том числе и на радаре), а его оружие очень тихое, но можно услышать его шаги. О его присутствии Снейка предупреждает Фанат.
Злой гений
Так или иначе, Снейк добирается до Петровича с Марвом. «Слишком поздно, его сердце не выдержало», говорит Петрович о состоянии Марва. Марв геймер, спрятавший планы OILIX в старом картридже для MSX от Konami (тут мы видим специфический металгирный юмор); Петрович не может достать его из шкафа, вокруг которого в большом количестве снуют крысы. Картридж находит герой, и он открывает шкаф с ним с помощью Наташиной броши. Вдруг Снейку звонит Холли: она раздобыла информацию о Петровиче. Она сообщает, что Петрович не был счастлив после того, как выбрался из Аутер Хэвена: ученые Запада, куда он переехал, критиковали его, не принимали его взгляды, считали безумцем. Он был забыт, но тут Занзибар пригласил его. Снейк начинает подозревать Петровича в похищении Марва
Петрович говорит, что все так и было; он хотел устроиться на Западе, но ему не дали этого сделать. Петрович говорит, что хотел заниматься робототехникой и завершить Метал Гир (в это время экран сверкает молнией, демонстрируя недоброту намерений ученого); с помощью Занзибара Петрович усовершенствовал его, в прошлой части мы видели всего лишь прототип. Из-за Петровича на мосту погибла Наташа, потому что он заранее проинформировал Грея Фокса о подходе, когда в канализации якобы отходил по нужде.
Петрович набрасывается на Снейка и начинает душить героя, но в итоге погибает, получив порцию живительных радиоуправляемых ракет в спину (или какую-нибудь другую заднюю часть тела). Перед смертью он вспоминает свою дочь; он раскаивается и говорит, что не смог пересечь границу между Западом и Востоком у себя в голове, и рассказывает о том, как следует уничтожить Метал Гир: надо атаковать его ноги, являющиеся слабым местом.
Последняя битва
Далее Снейк спускается вниз, в подземную базу, и там происходит бой с Метал Гиром, которым управляет Грей Фокс. После того, как Метал Гир уничтожен (гораздо менее затейливым способом в сравнении с первой частью), Снейк и Грей Фокс оказываются на участке, со всех сторон окруженном минным полем. Серый Лис говорит Змею, что сейчас тот познает силу носителя высшего титула «Фокс»; Снейк всегда был его основным конкурентом в «Фоксхаунд», и сейчас все выяснится окончательно Происходит рукопашный бой, который станет легендой. Во время боя Кесслер рассказывает нам по радио о том, что у Фокса были отношения с Наташей Марковой; здесь мы узнаем, что Фрэнк Егер это и есть Грей Фокс. В итоге Серый Лис повержен.
Недоуменный Снейк пытается выяснить его мотивы. Как же случилось так, что два друга, два оперативника одного спецподразделения оказались противниками на поле боя? Фокс говорит, что он, в отличие от Снейка, находится в трудной ситуации: Биг Босс спасал его дважды еще до вступления в отряд, вытаскивая из ада военного плена и трудовых лагерей во Вьетнаме и Мозамбике. Видимо, так Фрэнк возвращает ему долг? «Нет, все не так», отвечает Грей Фокс; он ненавидит войну, но не может жить вне поля битвы, в обычном обществе. Он солдат, и его место находится на войне, а Биг Босс давал ему возможность сражаться. Фокс говорит о себе и о своем друге, что они не могут делать других счастливыми, в особенности женщин. «Тебе никогда не побороть инстинкт воина», добавляет он. Снейк утверждает, что не будет таким, как его друг; Фокса радует это, и он сообщает, что Фанатом, помогавшим Змею, был он сам; его поражение, его смерть это расплата за проявленный эгоизм. Снейк говорит, что Наташа ждет его Фокс благодарит Солида, после чего умирает.
Смысл существования
В итоге Солид Снейк встречается с самим Биг Боссом во второй раз. Герой удивлен тому, что злодей действительно выжил. «Добро пожаловать в Занзибар! Я ожидал твоего возвращения», приветствует его Биг Босс. Снейк говорит, что хочет избавиться от ночных кошмаров, преследовавших его с падения Аутер Хэвена. «Ты никогда не сможешь от них избавиться», отвечает ему Биг Босс; радость и напряжение битвы таковы, что ни деньги, ни власть, ни секс не утолят их. Биг Босс продолжает тему, начатую Греем Фоксом. Бывший командир говорит, что он придает смысл жизни нашего героя; смерть уберет проигравшего с поля боя, но выживший так и останется на нем, пока не умрет бесславной смертью, как собака. Биг Босс говорит, что растит здешних озлобленных детей для того, чтобы цикл войны продолжился; этих детей он собирается отправить на будущие войны. «Мы с тобой ценны на поле боя, но в обычной жизни мы бесполезные болваны». «Война наш raison dêtre», говорит он. Цель Биг Босса мир, в котором для таких, как он, всегда найдется место Несмотря на то, что Снейк безоружен, он решает сражаться. Биг Босс сомневается в его способностях, но в итоге главный злодей сгорает в огне, уничтоженный, по-видимому, навсегда
Холли находит Снейка, и вместе они покидают Занзибар, убегая от преследующих их солдат; в последний момент, когда у них кончаются патроны, их спасает вертолет вот характерный пример голливудского клише, используемого Кодзимой.
После титров Кэмпбелл просит героя вернуться в отряд, но Снейк говорит ему, что теперь свободен от своих кошмаров
Ретроспективный взгляд
По представленному выше обзору игрового сюжета можно заметить, что объемы проработки истории по сравнению с первой частью действительно возросли на порядок (если не больше). Появились настоящие диалоги между персонажами, которых раньше практически не было. Сейчас же герои шутят, отсылают к историческим событиям и прочим подобным вещам, ведут пространные разговоры. Ценность MG2 состоит в том, что она показала, как с помощью игры можно рассказать большую историю. Сюжетную драматургию дополняет неплохое музыкальное сопровождение.