Игра сильно выросла в плане дизайна посмотрите, например, на начальный ролик с Метал Гиром, и геймплея, но особенно сильно были углублены сюжет и сценарий. В итоге получилась практически «взрослая» Metal Gear Solid, такая игра серии, какой ее сейчас принято представлять.
Обзор сюжета
Вступление
В альтернативном будущем игры идет 1999 год. Холодная война закончилась, и, кажется, угроза ядерной войны ушла навсегда Однако где-то между СССР, Ближним Востоком и Китаем образуется новое государство страна Занзибар (Zanzibar Land). Занзибаром руководят военные, которые приказывают своим подчиненным захватить все (!!!) хранилища с ядерным оружием по всему миру. Это, как ни странно, им удается проделать.
Попутно в мире разворачивается энергетический кризис, и нефть оказывается на исходе. Но чешский ученый Кио Марв (Kio Marv) разрабатывает микроорганизм под названием OILIX, который позволит легко синтезировать высококачественное топливо. Однако и его похищают наемники Занзибара еще до того, как он смог бы обнародовать свои результаты. Таким образом, Занзибар становится единственной ядерной державой, к тому же обладающей OILIX, и поэтому возникает величайшая угроза всему миру, в связи с чем западные страны отправляют оперативника «Фоксхаунд» Солида Снейка на спасение Марва. Такова завязка игры.
На этот раз главному герою оказывают помощь по кодеку вполне конкретные специалисты отряда «Фоксхаунд», каждый из которых имеет собственную частоту (которая у многих со временем меняется, иногда не один раз). Вместо Биг Босса отрядом командует полковник Рой Кэмпбелл (Roy Campbell, частота 140.85), который станет одним из заметных персонажей серии MGS. Он дает советы по прохождению.
Общие и иногда довольно абстрактные советы по выживанию например, не пить много воды дает МакДонелл Миллер (McDonell Miller, 140.38), который также заметно отметится в MGS. Советы по борьбе с боссами дает Джордж Кесслер (George Kessler, 140.93), который, в отличие от первых двух персонажей, канет в Лету; он знает каждого стоящего представителя мира наемников.
В начале игры Кэмпбелл проводит короткий брифинг, описывает устройство радара, представляет других помощников. Затем со Снейком связывается Холли Уайт (Holly White, 140.15), попавшая в Занзибар месяц назад в качестве журналистки; она осведомлена о многом происходящем здесь и предлагает свою помощь «в случае чего».
Боец Сопротивления
Снейк проникает на базу и вскоре находит ученого, подозрительно похожего на Петровича, но это оказывается, как и в предыдущей игре, не он. Лжепетрович Второй оборачивается Черным Ниндзей (Black Ninja) первым боссом игры. Победив его, Снейк узнает, что Черный Ниндзя это тот самый Кайл Шнайдер из Аутер Хэвена, который находился в движении Сопротивления режиму Биг Босса и, как ни странно, выжил. Однако теперь он перешел на сторону Занзибара; в традициях будущей серии MGS Шнайдер перед смертью задвигает пафосную речь. Оказывается, что после того, как Снейк уничтожил Метал Гир, Аутер Хэвен был разбомблен самолетами НАТО; тогда было убито много женщин и детей. Шнайдер обвиняет во всем страну нашего героя и пророчит ему аналогичную судьбу: «его страна» в будущем попытается избавиться от Снейка. Кайл говорит, что дети войны из Аутер Хэвена были сиротами с войн со всего мира, которые ведет Запад; так их наличие пытались скрыть. При этом Шнайдера и многих других спас «он»; увидев данную картину, Шнайдер перешел к «нему»; Ниндзя говорит, что скоро Снейк увидит «его» величие. Несмотря на свое поражение от Снейка, Ниндзя сообщает ему о том, что ученый находится в камере, которую охраняет Зеленый Берет (the Green Beret); «он», как говорит Шнайдер, не против такого совета Что именно за «он» имеется в виду, догадаться нетрудно.
Проследив за Зеленым Беретом, Снейк попадает на пустой склад; там он слышит стук, в котором имеется определенная последовательность. Если позвонить по кодеку, то для его расшифровки Кэмпбелл может посоветовать воспользоваться руководством к игре; это еще один пролом четвертой стены.
Метал Гир?
Разгадав код, Снейк набирает соответствующую частоту по «кодеку»; тут он неожиданно натыкается на Петровича, и происходит классический сюжетный поворот. Петрович сообщает герою, что Марва уже перевели отсюда в здание на севере, а сам Петрович был похищен вместе с ним. Важнейшая новость состоит в том, что в Занзибаре разрабатывается новый Метал Гир, а стоит за всем кто бы вы думали? сам Биг Босс! Петрович говорит, что Марва пытают, используя различные препараты, и он может не выдержать. У Марва есть передатчик, который ему дала женщина, сопровождавшая его; Снейк может попытаться узнать ее частоту. Помимо прочего, Петрович сообщает, что его дочь Эллен не может забыть Снейка наш герой всегда будет притягателен для женщин. Змей говорит ученому, что спасет его до того, как его дочь выйдет замуж. Петрович также сообщает Снейку частоту Йозефа Нордена (Yozef Norden, 140.40), местного зоолога.
Далее Змей выходит к болоту и впервые натыкается на ребенка; тема детей-сирот войны будет особой для игры. С детьми в игре можно общаться и иногда получать от них относительно полезную информацию. Пройдя через болото, герой встречает следующего босса Бегущего Человека (Running Man); его надо победить до того, как паралитический газ в комнате убьет Снейка. Бегущий Человек является чемпионом Олимпиады в Барселоне, после которой он был отстранен за допинг, что послужило его мотивом для присоединения к террористам. «Гепард побежден змеей», в итоге констатирует поверженный босс
Один из твоих фанатов
Выйдя к пустыне, Снейк получает звонок от неизвестного информатора, который сообщает нам, что пустынное поле заминировано, и что герою нужно использовать миноискатель. На вопрос о том, кто именно звонит, информатор отвечает: «Один из твоих фанатов». Кто бы это мог быть?..
Пройдя через пустыню, наш герой встречает пресловутый вертолет Hind D; с помощью найденных ранее ракет «Стингер» Снейк уничтожает «Лань» (т. е. Hind). Если позвонить Кесслеру во время боя, то можно получить подробное описание вертолета. Описания различного рода техники со стороны радиопомощников правда, в основном не несущие существенной смысловой нагрузки, затем станут типичными для серии MGS.
От Холли доходят новости, что ее поймали, но она дает зацепки на тему того, как ее можно найти. Найдя Холли, Змей тут же начинает с ней флиртовать. Холли полагает, что Марв в безопасности, так как она видела, как тот выпустил голубя. Девушка не хочет быть обузой нашему герою и поэтому уходит. Снейк намекает на то, что хотел бы иметь с ней близость перед лицом смерти, но осуществить эти намерения у него не получается.
Далее Снейк натыкается на большое количество миловидных детей в коридорах одного из зданий, после чего встречает следующего босса, которого зовут Ред Бластер (Red Blaster); он ползающий по стенам эксперт по убийствам из советского Университета им. П. Лумумбы.
Агент тайной полиции
Поборов абсолютно безликого Ред Бластерa, Снейк попадает на крышу, над которой летает голубь. Зоолог Норден может дать подсказку, что голубя надо приманить с помощью рациона, так Снейк достает записку с просьбой о помощи, а также код, с помощью которого можно дозвониться до Марва. Но Змей не может понять его; Петрович сообщает, что Марв знает только чешский и словацкий, а сам Петрович только русский и английский. Понять Марва сможет Наташа, их проводник. Наташа каким-то образом смогла убежать, украв вражескую униформу; но Петрович говорит, что ее легко заметить, ведь она все равно является женщиной, а других женщин здесь нет.
Герою надо найти Наташу. Как это можно сделать? Петрович говорит, что искать ее надо в женском туалете (здесь проявляется знаменитый японский сексизм и сексизм лично Кодзимы, неприемлемый по современным западным стандартам).
Снейк находит Наташу; она называет себя агентом StB. Герой говорит, что где-то видел ее, на что она отвечает, что это слишком клишированный способ подкатить к девушке. Но Снейк вспоминает олимпийскую чемпионку зимней Олимпиады-88 в Калгари, фигуристку Наташу Маркову (Natasha Markova), «фею на льду». «Забудь», говорит ему Наташа. Затем Наташа связывается с Марвом и общается с ним на чешском; выясняется, что Марв находится в тюрьме к северу отсюда. Также он интересовался состоянием дел у Петровича, своего старого знакомого