Феогносту с огромным трудом удалось сохранить единство митрополии и низвергнуть "самозваных" митрополитов Юго-Западной Руси. Однако было ясно, что с образованием двух центров, соперничавших между собой за главенство в объединении древнерусских земель, раскола митрополии не избежать.
Преемником Феогноста стал митрополит Алексей (1354 - 1378), о деятельности которого шла речь выше. Это был редкий случай, когда константинопольский патриарх утвердил на митрополичий престол "русича", ставленника московских князей. В грамоте патриарха Филофея о назначении было подчеркнуто, что подобное сделано в виде исключения. В Золотой Орде, поддержавшей Алексея, надеялись, что его возвышение вызовет негативную реакцию литовских князей: в Орде делали все, чтобы столкнуть между собой Литовское и Московское княжества, разрушить любое единство, даже хрупкое церковное. В первые годы своего митрополичества Алексею пришлось напрячь все силы, чтобы подобного не случилось. Это раздражало литовских князей. По приказу Ольгерда Алексей, который объезжал свою епархию, был схвачен в Киеве и заточен. Лишь спустя два года, в 1360 г. ему удалось бежать, после чего Алексей уже опасался появляться в литовской части своей митрополии. Позднее это дало повод Ольгерду обвинять митрополита в пренебрежении своими пастырскими обязанностями. Под давлением князя константинопольский патриарх поставил на Литву отдельного митрополита Киприана с условием, что после смерти Алексея он останется на вновь объединившейся русской митрополии.
В годы правления Алексея ситуация на северо-востоке Руси существенно менялась. Золотая Орда была потрясена жестокими междоусобицами. На глазах росло могущество Великого княжества Литовского. Москва после смерти князя Ивана Красного переживала внутренние неурядицы, которые некому было пресечь твердой рукой, - князю Дмитрию шел лишь десятый год. Воспользовавшись этим, суздальский князь Дмитрий Константинович получил в Орде ярлык на великое княжение. Но именно в это трудное для Москвы время и определилось политическое лицо Алексея. Он не устранился, подобно своему предшественнику, от политической борьбы, а, напротив, активно в нее вмешался.
Митрополит Алексей неофициально возглавил правительство Москвы. Соединение в его руках светской и духовной власти способствовало торжеству дела потомков Калиты. Москва, руководимая искушенным правителем-митрополитом, очень скоро не только вернула утраченное, но и стала завоевывать новые позиции. Характерно, что для достижения своих Целей Алексей прибегал даже к таким сомнительными способам, как арест политических противников, поверивших "слову" митрополита. Так, в 1368 г. был брошен в темницу Михаил Тверской, приехавший под митрополичьи гарантии в Москву.
Использовал митрополит и высокий духовный авторитет Сергия Радонежского. По-видимому, не без участия Сергия, подкрепленного движением московской рати, было сломлено стремление ростовского князя Константина Васильевича обрести независимость. Появление знаменитого игумена в 1364 г. в Нижнем Новгороде, где им были запечатаны все церкви, заставило князя Бориса Константиновича в конце концов покинуть захваченный им город и пойти на мир со своим старшим братом Дмитрием Константиновичем. Но подобные услуги дорого стоили: князь Дмитрий принужден был в том же году "добровольно" уступить ярлык на Великое княжение подросшему московскому князю. Следует, однако, подчеркнуть, что эта победа - не только итог расчетливой политики митрополита, заставившей суздальского князя принять подобное решение. Москва уже определилась в роли руководящей силы Великороссии.