Вслед за Геннадием в борьбу вступил игумен Волоцкого (т. е. Волоколамского) монастыря Иосиф Волоцкий, написавший множество сочинений против еретиков. По приказу Геннадия некоторых еретиков наказали в Новгороде кнутом. В 1490 г. церковный собор в Москве осудил ересь, отправленных в Новгород для наказания еретиков облачили в шутовские одежды, подвергли издевательствам, после чего у них на головах сожгли лубяные шлемы с надписями: "Се есть сатанино воинство".
Но ересь оказалась живучей и даже проникла во дворец великого князя. В московский круг еретиков входили видные дипломаты - Дьяки Федор Васильевич и его брат Иван Волк Курицины, государев переписчик книг Иван Черный, наконец, невестка Ивана III - дочь молдавского господаря Елена Стефановна. В ереси обвиняли и Митрополита Зосиму. Сам великий князь до поры до времени покровительствовал еретикам. Разумеется, он не вникал в богословские споры. Для него важнее было другое: монастыри увеличивали свои владения за счет вотчин служилых людей. Иосиф Волоцкий и его сторонники (иосифляне) доказывали, что церковь не только имеет право, но даже обязана владеть населенными землями. Противоположную позицию занимали нестяжатели во главе с монахом одного из окраинных монастырей Нилом Сорским, но они были скорее мыслителями-созерцателями, чем борцами. Проповедь еретиков против церковной иерархии и монашества дала бы оправдание для конфискации церковных земель. К тому же иосифляне, воинствующие церковники, порой заявляли, что церковная власть превосходит светскую, а это беспокоило великого князя. Вот он и держал еретиков "про запас" против иосифлян.
И все же в 1502 г. Иван III окончательно отвернулся от еретиков. Его страшили их независимость в суждениях, элементы социальной критики в их учении. Елену Стефановну и ее сына Дмитрия арестовали. На церковном соборе в 1503 г. иосифляне решительно выступили против попыток Ивана III конфисковать часть церковных земель. Правительству пришлось отступить. Но отныне Иосиф Волоцкий и его сторонники все чаще стали поддерживать великих князей. В декабре 1504 г. новый собор осудил еретиков на смерть; многих из них сожгли, Елену Стефановну умертвили в тюрьме. В обмен на сохранение монастырских вотчин и инквизиционные костры власть получила полную поддержку иосифлянских иерархов, превратившихся в "дворян великого князя", как их насмешливо называли.
Но идеи еретиков не сгорели в пламени костров. В середине XVI в. снова появились вольнодумцы. В 1553 г. был осужден московский дворянин Матвей Семенович Башкин. Этот прихожанин придворного Благовещенского собора принадлежал к верхушке столичного дворянства. Башкин пришел к выводу, что церковные обряды не нужны, отрицал иконы и даже "таинство" исповеди. Пришел он и к социальному вольнодумству: считал, что холопство противоречит христианским идеалам, нельзя своего "брата" держать в неволе: "У меня что было кабал полных (т. е. документов на полное холопство), то есми все изодрал", - говорил Башкин. После пыток Башкин был сослан в Иосифо-Волоколамский монастырь, оплот воинствующих церковников.
Еще более радикальные позиции занимал постригшийся в монахи беглый холоп Феодосий Косой. Он отрицал не только обряды и священство, но даже христианскую символику, заявлял, что крест - орудие казни Христа - негоже обожествлять. Он пошел и дальше: говорил, что у христиан не должно быть властей, а потому призывал не платить налогов и не повиноваться феодалам. Феодосий проповедовал равенство всех народов, что резко противоречило характерной для средневековья религиозной и национальной обособленности. Идеи Феодосия разделяли многие его ученики.