В нем, единственном удельном князе на Руси, Иван IV видел главную опасность для своего наследника: и раньше удельные князья становились претендентами на великокняжеский престол, и кандидатура самого Владимира Андреевича едва не возобладала в 1553 г. над кандидатурой сына Ивана IV. Поэтому, когда сидевший в старицкой тюрьме дьяк Савлук Иванов сумел переслать в Москву донос на своего господина, Иван IV был рад поверить, что удельный князь и его мать Ефросинья замышляют "многие неправды". Ефросинью летом 1563 г. постригли в монахини и отправили в далекий Горицкий монастырь на Шексне. Бояр и служилых людей у Владимира Андреевича отобрали, а двор его наполнили царскими соглядатаями. Часть удела, расположенную вблизи от литовской границы, царь взял себе, а Владимиру Андреевичу "пожаловал" в компенсацию уезд на Волге.
Но все эти разрозненные мероприятия были лишь подготовкой к тому решительному повороту в политике, который позволил бы царю проводить в стране беспощадный террор.
В декабре 1564 г. Иван IV в сопровождении заранее подобранных бояр и дворян отправился из Москвы на богомолье. Но из Троице-Сергиева монастыря он поехал дальше - в свое охотничье село Александровскую слободу (ныне г. Александров Владимирской обл.). В начале января 1565 г. гонец привез в Москву два послания царя, оглашенные на Красной площади. В первом царь сообщал, что он "положил гнев и опалу" на высшее духовенство и всех феодалов (он тщательно перечислил все категории класса феодалов): на бояр и детей боярских - за их нежелание воевать против недругов и насилия над народом, на духовенство - поскольку оно заступается за "изменников". Царь, "не хотя их многих изменных дел терпети", решил оставить государство и "вселитися, идеже его, государя, Бог наставит". В грамоте, обращенной к посадским людям Москвы, Иван IV заверял их, что "гневу на них и опалы никоторые нет". Это был рассчитанный демагогический жест: царь ловко противопоставил феодалов и посадских людей, выдавая себя за защитника простых людей от насилий феодалов. Московские черные люди потребовали, чтобы бояре и духовенство уговорили царя вернуться на престол, угрожая, что они "государьских лиходеев и изменников" сами "потребят".
Через несколько дней царь принял в Александровской слободе делегацию духовенства и бояр и согласился вернуться на престол, но лишь за тем, чтобы казнить "изменников" по своему усмотрению и учредить опричнину. Опричниной издавна назывался удел, который выделялся вдове князя, "опричь" (т. е. кроме) всей земли. Теперь опять же "опричь" всей Русской земли выделялась государева опричнина, своеобразный личный удел государя всея Руси. Остальная часть государства именовалась земщиной. Земли, которые были взяты в опричнину, можно разделить на три группы. Во-первых, это были уезды с давно развитым феодальным землевладением, служилые люди которых были исконной опорой великокняжеской власти (Суздальский, Ростовский, часть Переславль-Залесского, возможно, Костромской); во-вторых, уезды, пограничные с Великим княжеством Литовским, где земли были отданы в значительной степени верным слугам московских государей (Вяземский, Козельский, Белевский, Медынский, Малоярославецкий, Можайский); в-третьих, черносошные земли в Поморье, дававшие большой доход: поступавшие оттуда налоги стали финансовой базой опричнины. Опричную часть Иван IV выделил и в Москве. Указ предусматривал, чтобы феодалы, не принятые в опричнину, лишались поместий и вотчин в опричных уездах и получали возмещение в земских.