Партийно-следственный дуумвират действует слаженно и в конце января, сразу по приезду с Восточного фронта, представляет Ленину отчет от имени ЦК партии и Совета Обороны. В обстоятельном отчете не только анализировались причины пермской катастрофы, но предлагались неотложные меры, необходимые для выправления положения, а также содержались выводы, касавшиеся всего процесса советского государственного управления. Затем по поручению ЦК комиссия в составе Дзержинского, Каменева и Сталина разработала проект положения о чрезвычайных органах и ревтрибуналах.
Весь оставшийся период братоубийственной междоусобицы звезда Сталина неуклонно двигалась по восходящей линии. Он находит также время для устройства своей личной жизни, женившись вторично на младшей дочери Сергея Аллилуева, молоденькой Надежде. Казалось бы, для уроженца Кавказа, Сталина, делавшего карьеру в высших партийных кругах, выбор супруги не мог быть более удачным.
В конце марта 1919 года он утверждается еще и главой Народного Комиссариата Государственного Контроля, впоследствии переименованном в Рабоче-Крестьянскую Инспекцию (РабКРИН).
А во второй половине мая того же года, Сталина отправляют в Петроград для координации мер по отражению весенне-летнего наступления белых генералов.
Еще в начале месяца глава Питера Зиновьев сотоварищи впал в паническое состояние ввиду возникновения угрозы наступления генералов Родзянко и Юденича. И без согласия Центра решил эвакуировать некоторые заводы оборонного значения и потопить Балтийский флот.
17 мая, дабы подбодрить Зиновьева и разобраться в ситуации Сталина, в качестве чрезвычайного уполномоченного Совета Обороны, отправляют в Питер. Практически одновременно с ним туда прибывает А.И. Окулов, назначенный членом Реввоенсовета Западного фронта.
В считанные часы Сталин оценил обстановку и передал по прямому проводу две записки Ленину о положении под Петроградом и мерах, необходимых для укрепления фронта. При этом дипломатично не стал обсуждать паническое поведение Зиновьева. 20 мая Ленин ответил, что договорился с заместителем Троцкого Эфраимом Склянским "о неослабном надзоре за исполнением" неотложных мер по укреплению фронта. Через несколько дней Сталин подверг критике Главкома и своеобразную Ставку - Полевой штаб, за не владение ситуацией на фронтах и неспособность организовать высылку боеспособных подкреплений. Тем самым, он почти прямо ставил Ленину под сомнение способность РВС республики контролировать положение на фронтах.
Окулов, меж тем, в свои инстанции (РВСР) трактовал сложившееся положение совсем по-другому. Возмущенные деструктивными действиями Окулова, Сталин и Зиновьев бурно протестуют и нападают на него. Настаивая перед ЦК, вплоть до созыва специального пленума "для обсуждения военных вопросов и, в частности, вопроса о военспецах". Разгорается жаркий конфликт, который при всем желании Ленина затушить не удалось. Окулов был отозван из Питера и направлен "в распоряжение товарища Троцкого".
И вскоре Сталин праздновал весьма заметный успех. Умело скоординированными действиями соединений Красной Армии и Балтийского флота снял непосредственную угрозу Петрограду.
Воодушевленный успехом на вверенном ему участке фронта Сталин направляет Ленину телеграмму, объясняя быстрое взятие стратегически важных фортов "самым грубым вмешательством со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела". Вождя не может не покоробить столь неприкрытое бахвальство, но он проглатывает пилюлю.
Не имевший официальных воинских полномочий, Сталин попутно выиграл сражение с Окуловым, за которым маячил Троцкий. При этом он одновременно, как всегда, не замыкался в узкие рамки отведенной ему роли. Из его аналитических выкладок следовало, что Колчак гораздо более существенная угроза, нежели Юденич.
После успеха под Петроградом клещи, в которые белые армии взяли было большевиков, существенно ослабли. К тому же 27 июня войска Западного фронта захватили близ селения Видлица на восточном берегу Ладожского озера большие запасы боеприпасов, снаряжения, продовольствия и обмундирования, в которых была отчаянная нужда. Шансы отбросить армию Колчака за Урал намного увеличились.
3 июля Коба вернулся в Москву и принял участие в очередном пленуме партии, на котором разгорелись горячие дебаты по военным вопросам. Троцкий подвергся сокрушительной критике за стиль руководства войсками и обращение с людьми. Однако его отставку не приняли (в основном благодаря позиции Ленина), ограничившись реорганизацией Ревввоенсовета и заменой главкома. Число членов РВСР сократилось до шести человек, а новым главнокомандующим красных назначался обладатель великолепнейших усов - С.С. Каменев. Ставка, то есть Полевой штаб, из Серпухова была передислоцирована в Москву.
Сразу после партийного форума Сталин, заручившись мандатом члена РВС Западного фронта (но не РВСР), отправляется в Смоленск для организации отпора противодействия зашевелившимся полякам. Спустя неделю, в обход Реввоенсовету республики, он телеграфирует непосредственно Ленину исчерпывающий доклад о положении фронта, поражающий четкостью формулировок и широтой кругозора.
Ситуация на вверенном ему участке стабилизировалась (Пилсудский не пожелал поддерживать белых генералов), и 7 сентября Сталин напоминает о себе Ленину тем, что ЦК лишь временно направлял его на военную работу. Что он чрезвычайно переутомлен и может оставаться на фронте "еще неделю, не более". Кобе была предоставлена передышка, но весьма незначительная.
К Москве приближался генерал Деникин, и Сталин в конце сентября оказался на Южном фронте. Казалось бы неудержимое продвижение войск Деникина на север и, особенно рейд кавалерийского корпуса генерала К.К. Мамонтова по тылам плохо сколоченного Южного фронта, вызвали переполох в среде политического и военного руководства большевиков.
Известно письмо видного большевика В.А. Трифонова, написанное старому партийцу А.А. Сольцу, характеризующее положение на Южном фронте того периода времени. Там, в частности, имеются следующие строки: "…На юге творились и творятся величайшие безобразия и преступления, о которых нужно во все горло кричать на площади… Южный фронт - это детище Троцкого и является плотью от плоти этого… бездарнейшего организатора… Там, где Троцкий пытался работать, там сейчас же начиналась величайшая путаница…".
Но Трифонов лишь поделился своими соображениями с Сольцем и просил у него совета о передаче их Ленину.
Позже более прямой и открытый Г.К. Орджоникидзе (Серго) столь же резко и нелицеприятно напишет непосредственно Ильичу о ситуации в штабах Южного фронта. Однако безрезультатно. Если не считать того, что у самого Серго возникнут проблемы с РВСР.
Сумятица многократно усилилась в конце августа, когда конница Мамонтова захватила Тамбов и Козлов - недавнее пристанище штаба Южного фронта. А горячий красный казак Ф.К. Миронов, возмущенный волокитой с формированием особого Донского кавалерийского корпуса, самочинно выступил из Саранска с имевшимися у него силами против Деникина.
Троцкий и его присные немедленно восприняли демарш Миронова исключительно как измену и отрядили на его поимку Буденного. Остывший после того как почти все его воинство рассеялось, бунтарь покорно дал себя арестовать. Миронов подвергся суду Ревтрибунала и вместе со своими командирами был приговорен к расстрелу. Но на первый раз помилован.
РВС Южного фронта в составе М.М. Лашевича, Л.П. Серебрякова, Т.И. Смилги представлял собою лебедя, рака и щуку. О чем последний откровенно письменно признавался Ленину, заверяя, что "теперешний состав Реввоенсовета неработоспособен".
В середине сентября по итогам сводки Склянского, Ленин свирепо констатировал, что вопреки словесным уверениям "на деле у нас застой - почти развал. На сибирском фронте поставили какую-то сволочь Ольдерогге и бабу Позерна и "успокоились". Прямо позор! А нас начали бить! Мы сделаем за это ответственным РВСР, если не будут приняты энергичные меры. Выпускать из рук победу - позор…".
Разногласия по поводу осуществления оперативных планов на Южном фронте между новым главкомом и Троцким, поддержанным комюжфронта B.E. Егорьевым и членами РВС Серебряковым и Лашевичем, достигли своего апогея, когда Деникин овладел Курском. Его кавалерия хозяйничала в районе Воронежа и, угрожая Орлу и Туле, нацеливалась на Москву. Тульской губернии, объявленной с ее военными заводами на осадном положении, ставилась задача "во что бы то ни стало, ценой каких угодно жертв и потерь отбить наступление Деникина…".
В данной ситуации ЦК партии принял кардинальные решения по укреплению юго-восточных подступов к Белокаменной новыми силами, в том числе, в среде руководства. Особая группа войск Южного фронта была преобразована в самостоятельный Юго-Восточный фронт под командованием В.И. Шорина (члены РВС: Смилга, Трифонов, С.И. Гусев (Драбкин). В числе прочих перемещений конный корпус Буденного оказывался в оперативном подчинении 8-й армии. Новым командующим Южного фронта назначался А.И. Егоров, а Сталин, соответственно, членом РВС Южного фронта. Он внес весьма весомую лепту в организацию разгрома деникинских войск.
Наивысшей точкой наступления Деникина на Москву стало взятие белыми Орла. Однако они уже выдыхались. К тому же, казачья вольница, удовлетворенная награбленным добром, предпочла вернуться в свои станицы.
В третьей декаде октября красные сумели нанести белым решающие поражения под Орлом, Кромами и Воронежем. Войска Деникина начали откатываться обратно - на юг.