Поскольку как рядовые братья ВЛР, так и практически весь ее Совет великих офицеров к тому времени осознавали, что не способны оказывать влияние на деятельность своей организации внутри страны, на ее положение и мнение о ней на международном уровне, для них также стало ясно, что все они находятся под угрозой выпадения из регулярной братской цепи. Началась массовая масонская "эмиграция", когда братья, используя свои возможности посещать другие страны, подавали прошения о приеме и становились членами зарубежных юрисдикций, иногда оставляя за собой также членство в ВЛР, а иногда отказываясь от него. Так целый ряд братьев вошел в лондонскую ложу "Хирам" под юрисдикцией ОВЛА, а также были налажены контакты для аффилиации (присоединения) в ложах г. Авиньона (юрисдикция ВНЛФ), в ложах США и Израиля. Помимо этого, в Совете великих офицеров зрела уверенность в необходимости установления параллельных контактов с мировыми юрисдикциями и созыва чрезвычайной ассамблеи, на которой необходимо было дать должную оценку действиям Великого Мастера ВЛР и руководства Верховного Совета, переизбрать руководство ВЛР и постараться восстановить утраченные позиции. Эта позиция Совета разделялась подавляющим большинством братьев.
Толчок к переходу кризиса из вялотекущей подготовительной стадии к открытой конфронтации дала поездка Заместителя Великого Мастера брата Р. Г. в Англию для сепаратного совещания с руководством ОВЛА и деятельность тогдашнего Первого Великого Стража ВЛР брата А. К., незаконно сконцентрировавшего в своих руках активы ВЛР и функции сбора членских взносов. Также кризис был спровоцирован и очередной попыткой отстранения от должности Великого Секретаря ВЛР брата В. Н. Для урегулирования конфликтов был созван масонский Суд чести, однако после принятия им решения, неугодного правящей в ВЛР группировке, суд был распущен декретом Великого Мастера и его полномочия приостановлены. Вопиющая противозаконность такого решения вызвала возмущение среди российских каменщиков. Оппозиционная группа, возглавляемая Заместителем Великого Мастера Р. Г., в которую вошли пятнадцать из девятнадцати великих офицеров ВЛР, настояла на проведении чрезвычайной ассамблеи, которая была назначена на 29 мая 2006 г. 14 мая в Москве было созвано неритуальное собрание великих офицеров и досточтимых мастеров лож, где была составлена петиция о начале процедуры досрочного переизбрания Великого Мастера, подписанная всеми присутствовавшими. На ассамблею группа под руководством Р. Г. и Великого Секретаря В. Н. пришла с твердым намерением настоять на перевыборах Великого Мастера.
Однако собрание ассамблеи не могло быть открыто ритуально, потому что до его открытия Великий Мастер В. Д. огласил декрет, согласно которому своим решением сместил почти всех великих офицеров с их постов и назначил на их должности своих ставленников. Этот декрет также не мог быть признан законным, поскольку права Великого Мастера в области назначения офицеров ограничены, согласно Общему регламенту, многими условиями, здесь не соблюденными. Вновь назначенные великие офицеры заняли место на Востоке зала собраний, в то время как великие офицеры, действовавшие до тех пор, отказались посчитать себя смещенными и также направились к своим местам. В данных условиях, когда каждое офицерское плато занимали по двое великих офицеров от двух противоборствующих групп, собрание не могло перерасти ни во что иное, кроме грандиозного скандала, чем оно и обернулось. Помимо всего прочего, двое Великих Секретарей вели параллельно два листа регистрации посетителей, поэтому адекватного списка участников ассамблеи так и не сохранилось. Г. Дергачев покинул зал собраний через полчаса после начала ассамблеи, и через час за ним последовал Великий Мастер В. Д. в сопровождении руководства Верховного Совета, напоследок назвав собравшихся российских братьев "сбродом" и "хулиганами". Одним из камней преткновения для собравшихся стало оцепление дома, где проводилась ассамблея, отрядом спецназа, организованное Первым Великим Стражем и руководством Верховного Совета. Ввиду полной невозможности провести полноценное собрание каменщики около полуночи решили разойтись по домам и собраться снова на следующий день, хотя обеим сторонам уже было ясно, что конфликт неразрешим.
На следующий день, 30 мая 2006 г. две группы членов ВЛР собрались на параллельные ассамблеи в двух разных районах Москвы. Группа Великого Мастера В. Д. (на тот момент около 40 братьев) единогласно переизбрала его Великим Мастером на новый трехлетний срок и инсталлировала (торжественно ввела в должность) новых великих офицеров, согласно декрету В. Д., оглашенному за день до этого. Между тем группа под руководством Р. Г. и В. Н. при участии Бывшего Великого Мастера Д. Денисова (около 60 человек) на своем собрании приняла изменение в Общий регламент, ограничив срок полномочий Великого Мастера одним годом, таким образом провозгласила срок полномочий В. Д. истекшим, а затем единогласно избрала своим новым Великим Мастером брата Р. Г. Бывший Великий Мастер Д. Денисов законно инсталлировал Р. Г. на этот пост, и в России образовалось две Великих Ложи России, каждая с формально законным и должным образом избранным и инсталлированным руководством во главе. Данный прецедент уникален в современном масонском мире, поэтому в течение долгого времени зарубежные юрисдикции не могли определиться с отношением к законности российских масонских структур. Для этого им потребовался целый год, причем, в конечном итоге решение было принято без учета масонских законности и традиций.
На момент разделения Великой Ложи России список ее лож выглядел следующим образом:
– "Гармония" №1 (Р. Г. );
– "Лотос" №2 (Р. Г. );
– "Астрея-Космос" №3 (Санкт-Петербург), прекратила существование в 2001 году;
– "Гамаюн" №4 (Воронеж) (Р. Г. );
– "Аврора" №5 (Р. Г. );
– "Полярная звезда" №6 (Архангельск), фактически не существовала, взносы и отчетность в ВЛР не поступали;
– "Юпитер" №7 (В. Д. );
– "Четверо коронованных" №8 (Р. Г. );
– "Северное сияние" №9 (армянская ложа) состояла из двух человек (В. Д. );
– "Братская любовь" №0 (В. Д. );
– "Александр Пушкин" №1 (Р. Г. );
– "Тихоокеанское побережье" №2 (Владивосток), на Ассамблее не присутствовала, заявила о невмешательстве;
– Ложи №3 не существует (деятельность ДЛ "Три меча" под этим номером прекращена в 2000 году);
– "Федор Волков" №4 (Ярославль), на Ассамблее не присутствовала, работы фактически прекратила;
– "Орион" №5, существовала в течение 1 месяца в 2001 году, ее работы были прекращены;
– "Феникс" №6 (Р. Г. );
– "Изида и Озирис" №7, была распущена в 2001 году;
– "Северные братья" №19 (Мурманск), была распущена в 2001 году;
– "Доблесть" №0, существовала на бумаге, в бюджет ВЛР за все время своего существования не перечислила ни копейки;
– "Созвездие" №1, также существовала только на бумаге, в казну ВЛР не было перечислено ни копейки;
– "Под тремя коронами" №2, после лишения ее Досточтимого Мастера А. К. звания великого офицера раскололась и не заняла единой позиции;
– "Альфа и омега" №3 (Новосибирск), не присутствовала, прекратила свое существование;
– "Белый рыцарь" №5 (Р. Г. );
– Присутствовавшие на Ассамблее Второй Страж, Секретарь и Привратник ложи "Треугольник Хирама" №26 поддержали Р. Г., однако собрания этой ложи по обсуждению ситуации и по выборам делегатов на Ассамблею не проводилось в связи с отсутствием кворума.
Примечательно, что руководство ДПР не принимало непосредственного участия в конфликте, что не выходило за рамки его традиционного поведения на протяжении всей истории ВЛР. Руководство ДПР не принимало участия в ритуальных собраниях, ограничиваясь время от времени участием в ежегодных ассамблеях и частными консультациями с отдельными лицами в руководстве. Эта позиция принесла определенные дивиденды, выражавшиеся, в частности, в назначении лидера партии А. Богданова Великим Квартирмейстером ВЛР в обеих юрисдикциях одновременно, поскольку каждая из противоборствующих сторон была убеждена в том, что группа ДПР поддерживает именно ее.
После лета 2006 г. работа обеих ветвей ВЛР вошла в привычное для российского масонства русло. По всем адресам мировых юрисдикций пошел нескончаемый поток разоблачительных писем с доказательствами своей правоты и всех мыслимых грехов и преступлений оппонентов. А делегации обеих великих лож устремились на международные масонские конференции, где в кулуарах убеждали в своей правоте признанных лидеров движения в Европе и Америке. Изредка встречаясь в гостиничных фойе, они старались не замечать друг друга. Особым вниманием пользовалась конференция Великих Мастеров Северной Америки, назначенная в тот год в Портленде (Орегон). На ней – а затем на конференции Великих Секретарей в Праге – было принято решение всемерно способствовать воссоединению российского масонства и осуществить процесс объединения к лету того же года. Ответственность за мирный процесс была возложена на материнскую юрисдикцию – Великую Национальную Ложу Франции. Регулярность и законность обеих российских юрисдикций было решено считать нерушимыми, поскольку ни одна из них действительно не преступила ни одного из стандартов регулярности и признания.