Неудивительно, что в таких условиях практически вся внутренняя и внешняя политика ВЛР сводилась, начиная с 2001 года и, возможно, раньше, к противостоянию внутри ее руководства между несколькими группировками, отстаивавшими каждая – собственные интересы и не превышавшими по числу участников 2-4 человек, к которым в разное время с разными целями примыкало то или иное количество других братьев, если интересы группировки требовали привлечения масс к разрешению конфликта. Так, например, как общие победы всей ВЛР преподносились братьям руководством выборы нового Великого Мастера в 2002 г. и удаление руководства Верховного Совета 33 градуса от управления внешней политикой великой ложи, а затем – возвращение тех же лиц из Верховного Совета к тому же самому внешнеполитическому "рулю". Расслоение между высшим руководством ВЛР и остальными братьями нарастало, и этот процесс достиг закономерной точки кипения в 2006 г.
Необходимо отметить, чтобы у читателя не сложилось превратного впечатления о работе в масонских ложах России в описанный временной период. На протяжении всего этого времени в российских ложах шли обычные, нормальные масонские работы, посвящались новые ученики, зачитывались и обсуждались зодческие работы, собирались взносы, выбирались и исполняли свои обязанности офицеры и Мастера лож. Однако к сожалению, нормальная, по-настоящему регулярная работа отдельных лож невозможна в условиях постоянного противостояния друг другу внутри руководства организации и идущего сверху разрушения братского духа единения. Российское современное масонство крайне немногочисленно, и дела великой ложи не могут быть настолько же отдельны и сторонни для рядовых членов лож, как это бывает в более многочисленных организациях. А поэтому все процессы – положительные и отрицательные – идущие в руководстве, напрямую затрагивают работы каждой ложи и каждого отдельного каменщика, мешая ему сконцентрироваться на собственно масонской работе. А если при этом у рядового члена ложи складывается впечатление, что руководство занимается какой-то деятельностью в рамках масонства, но в тайне от рядовых членов Братства, атмосфера становится поистине трудно переносимой.
Не в силах противостоять руководству Верховного Совета и таким образом окончательно испортив контакты с дополнительными степенями Шотландского устава, новое руководство ВЛР наладило прямые контакты с представителями, а затем – с руководством английских институтов дополнительных степеней, в первую очередь, с Верховным Великим Капитулом степени Святого Царственного Свода (Holy Royal Arch), и на протяжении 2003-2004 г. были организованы поездки российских братьев в Лондон, где двадцать два человека были приняты в степень Царственного Свода в английских капитулах с тем, чтобы впоследствии они могли организовать работы капитула этой степени в России. К сожалению, последующие события поставили крест на перспективах развития степени Царственного Свода в России, однако российские члены английских капитулов продолжают оставаться их законными сотоварищами (таково наименование членов капитулов этой степени, в отличие от принятого в символических степенях наименования "брат" ), а те из них, кто обладает необходимыми возможностями – и посещать капитулярные собрания.
Тогда же в ВЛР стала насаждаться атмосфера жесткого авторитарного управления, была принята новая редакция Общего регламента ВЛР, наделявшая Совет великих офицеров новыми чрезвычайными правами, из которых наибольшее возмущение в отдельных мастерских вызвало право великих офицеров голосовать в любой ложе по любому вопросу, что делало возможным создание целевого перевеса в голосовании по любому вопросу внутренней жизни любой ложи, в противовес известным принципам самоуправления лож.
В конечном итоге создавшаяся атмосфера в совокупности с сохранившимся противостоянием в руководстве ВЛР привели к смещению Д. Денисова с поста Великого Мастера в 2004 г. и избранию нового Великого Мастера – брата В. Д.
С тех пор политика руководства ВЛР приобрела ярко выраженный криптократический характер, поскольку почти все более или менее значимые вопросы внешней и внутренней политики организации решались Великим Мастером исключительно по результатам консультаций с руководством Верховного Совета, а именно двумя его руководителями, представляющими крупное российское агентство, работающее в области политического пиара, а информация об этих решениях доносилась до остальных членов российских лож только в форме слухов и непроверенных сообщений, а также публикаций в иностранной прессе или пресс-релизов, не более двух раз в год выпускавшихся великим секретарем для рассылки секретарям отдельных лож. Сам Великий Мастер по нескольку месяцев оказывался недоступен для общения ни с кем из российских братьев, как личного, так и телефонного, не говоря уже о корреспонденции. Связаться с Великим Мастером не могли не только "простые" братья, но и великие офицеры ВЛР, за исключением руководства Верховного Совета. В те редкие моменты, когда Великий Мастер появлялся на собраниях лож, братья выслушивали торжественные отчеты об основании новых лож по всей стране, налаживающихся контактах с российскими властными структурами и международными масонскими конференциями, об участии делегаций ВЛР в масонских съездах и ассамблеях по всему миру и росте численности братьев внутри страны, о целевом расходовании бюджета ВЛР и его прозрачности. При условии, что члены российских лож располагали собственным опытом и своим видением реалий развития масонства в России в данный период времени, пропасть между Великим Мастером и Верховным Советом, с одной стороны, и остальными братьями ВЛР, с другой стороны, разрослась до катастрофических масштабов. В особенности вызывали раздражение сообщения об учреждении новых лож, поскольку всем было отлично известно, что большого роста численности ВЛР не наблюдается, новые ложи создаются из числа ранее посвященных братьев – членов других лож, и основание новых организаций служит одной-единственной цели – увеличению количества делегатов с правом голоса (делегаты на ассамблеи избираются из расчета по двое от ложи, не считая ее Досточтимого Мастера и Первого Стража) для создания критического перевеса голосов при любом голосовании.
К этому же периоду относятся неудавшиеся попытки сместить с должности Великого Секретаря ВЛР брата В. Н., чтобы вернуть руководству Верховного Совета пост, вокруг которого концентрируются международные связи организации, а также вынудить масонский Суд чести при ВЛР навечно исключить из Братства бывшего Великого Мастера Д. Денисова. В вину ему вменялось установление контактов с иностранными братьями в обход руководства ВЛР. Ввиду повсеместно принятой в Братстве свободы личного общения братьев любых стран мира данное обвинение как нельзя лучше характеризует стиль руководства ВЛР того времени.
По словам очевидцев, В. Д. на одном из совещаний заявлял (обратный перевод с английского) : "Мы можем нарушить все регламенты и конституции, кризис с расколом ВЛР и выделением Русской Великой Регулярной Ложи убедил нас в том, что никто не будет на это смотреть".
Также отмечены случаи внесения в ряды российских масонов межконфессиональной розни, в частности, имел место негласный запрет на продвижение на руководящие должности братьев мусульманского вероисповедания.
Вероятно, бесконечная лживость отчетов руководства ВЛР и проведение им двусмысленной международной политики на грани масонства и иных сфер постепенно стали встречать сопротивление и на международном уровне. Контакты ВЛР с мировыми масонскими юрисдикциями значительно ухудшились, в особенности пострадали долговременные дружеские отношения с материнской для ВЛР юрисдикцией – Великой Национальной Ложей Франции, с масонскими юрисдикциями Германии и Восточной Европы. Снова был отложен в долгий ящик процесс установления более тесных контактов с великими ложами Скандинавских стран, которые на данный момент (2010 г. ) все еще не признали ВЛР, несмотря на пятнадцатилетние попытки заслужить их признание.
Закономерно, что 8 марта 2006 г. вышло постановление Совета по Общим Вопросам, главного административного управления Объединенной Великой Ложи Англии, где английским каменщикам предписывалось воздерживаться от участия в работах ВЛР и проявлять особую осмотрительность при приеме в своих ложах ее братьев. Такая рекомендация обычно означает последний шаг перед отзывом признания у масонской великой ложи. Естественно, при разрыве отношений признания с ОВЛА в мире регулярного масонства следует практически моментальный отзыв признания со стороны многих великих лож Европы, США и Канады, Австралии и затем – по принципу домино – остальных регулярных юрисдикций. Тем более, данное решение ОВЛА стало плодом неоднократных консультаций между ее руководством и администрацией великих лож Франции и США.