Собор пережил войны, землетрясения и перестройки. Первое сведение о реставрации относится к XII веку: согласно лапидарной надписи этого времени в западном углу южного фасада, некий Георгий во время царствования сына святого благоверного царя Давида Строителя царя Димитрия (1125–1156) возобновил Бодбийский храм. Следующее восстановление поврежденного персидским нашествием комплекса, по имеющимся историческим источникам, было проведено царем Теймуразом I около 1631 года, когда здание по всему периметру было обнесено кладкой.
После этого восстановительные мероприятия проводились по инициативе епископа Бодбийского Иоанна в 1823 году, о чем свидетельствует надпись над западным входом церкви. Церковь была снабжена новой утварью, были возобновлены врата монастыря, возведены купольные портики и ложный купол церкви, удаленные во время реставрации 1986–1989 годов (тогда же были сбиты и обливные кирпичи XVII века по западному фасаду), храм был расписан сценами из Ветхого Завета, Страстей Господних, чудес и притч Христа, Страшного Суда, житийными циклами святого Георгия и святой Нины, изображениями отдельных святых и портретом Бодбийского епископа Иоанна. Сцены из цикла Господних праздников (кроме Сошествия Святого Духа) были перенесены на созданный в то же время иконостас.
В том же 1823 году епископом Иоанном было построено новое двухэтажное каменное здание, где была устроена небольшая домовая церковь с иконостасом, возобновленным попечением архимандрита Макария на средства с. Сараджова в 1859 году. В 1857 году архимандритом Макарием была перекрыта крыша церкви, а стены побелены снаружи. В 1862 году была начата постройка трехэтажной кирпичной колокольни, которая была завершена настоятелем церкви иеромонахом Николаем (Микеладзе) в 1885 году. Колокола, а также много ценных икон старанием М. Сабинина были пожертвованы разными лицами Москвы и других городов России.
В церкви под спудом почивают мощи святой просветительницы Грузии – одна из величайших святынь Грузинской Церкви. Видимо, наряду с проведением реставрационных работ в 1823 году было создано и надгробное изображение святой Нины, скрытое в конце XIX века мраморным надгробием с изображением святой, созданным попечением М. Сабинина. Возведенный на этом месте 27 января 1997 года, в день святой Нины, на средства грузинских футболистов братьев Арвеладзе и благотворительной организации "Тетри Мандили", новый надгробный мраморный памятник из Каппадокии, родины святой, вновь открыл эту роспись.
Надгробие могилы с древности украшало покрывало с изображением святой, изящно вышитое золотом. Одно из лучших таких покрывал – дар своей тезоименитой святой от княжны Нины Чавчавадзе-Грибоедовой.
В Бодбийском храме также хранился утерянный на сей день мизинец святого первомученика Стефана в малом золотом ковчежце. На ковчежце было выковано изображение святого Стефана. Существует предание, согласно которому эта святыня была принесена в Грузию одним из тринадцати сирийских отцов святым Стефаном Хирским (VI в.), основавшим Хирский монастырь.
Бодбийский храм является усыпальницей: здесь погребены царевна Елена († 1786), митрополит Бодбийский Кирилл (Джорджадзе), убитый лезгинами в 1792 го ду, Экзарх Грузии Феофилакт (Русанов), заболевший при обозрении церквей Кахети († 1821), митрополит Бодбийский Иоанн (Макашвили) († 1837).
В 1995–1997 годах в храме были проведены исследовательские работы, выявившие фрагменты окрашенной штукатурки и расписанный престол XVII века в юго-восточном приделе. Кроме того, в массиве престола главного алтаря был обнаружен каменный резной престол IX века.
В настоящее время собор нуждается в правильно проведенной реставрации.
Монастырь святой Нины Самтавро
Самтавро-Преображенская церковь и женский монастырь святой Нины расположены при слиянии Мтквари и Арагви. Монастырь находится в ведении католикос-патриарха всея Грузии, архиепископа Мцхет ского и Тбилисского Илии II. Мцхета в старых источниках называли вторым Иерусалимом.
В этих местах находится "ежевичник" (Маквловани), где святая Нина проповедовала веру Христову. После преставления святой Нины вернувшийся из Бодбе равноапостольный царь Мириан пожелал выстроить здесь храм Самтавро: "… пошли царь и весь народ, и строили верхнюю церковь из камня и закончили на четвертом году". Участие "всего народа", желание царя и четыре года строительства – это признак того, что храм был довольно масштабный.
"Картлис цховреба" словами святого царя Мириана говорит: "… и построил церковь на этом "ежевичнике" (подразумевается малая церковь в Маквловани), и построил верхнюю церковь (Самтавро) для себя и народа грузинского, потому что нижняя церковь (Свети-Цховели) называлась Святая святых, и не дерзал всегда прикасаться к дверям ее".
По свидетельству Вахушти Багратиони, "Мириан построил церковь с каменным куполом, великолепную, и сам был там похоронен". Церковь Самтавро стала усыпальницей: "… и похоронен был Мириан к югу от Святая равноапостольная Нина – просветительница Грузии.
Икона конца XX века среднего столпа, и на четвертый год умерла царица Нана и похоронена к западу от того же столпа, где был похоронен царь".
Из-за того, что святая обитель со дня своего основания стала усыпальницей предстоятелей Церкви, ее и назвали Самтавро (Мтавари-глава). Из сохранившихся летописей видно, что благодаря крупным пожертвованиям храм был одним из богатейших в Грузии.
Известно, что на протяжении веков Самтавро был центром христианской церковной жизни и духовного подвига. В первой половине XI ве ка, во времена царствования Георгия I, по указу католикоса Мелхиседека храм расширили, пристроили южные врата и украсили оригинальным орнаментом. Также украсили храмовый интерьер. Во второй половине XIX века, во времена экзархата, храм обновила игуменья женского монастыря святой Нины, Нино Амилахвари. Также было основано женское духовное училище (4 классная прогимназия), которую потом перенесли в Тбилиси.
В храме Самтавро находится множество святынь, часть Животворящего Столпа, чудотворная Иверская икона Божией Матери, на ней читается: "Свято-Иверский грузинский монастырь 1919 г.", чудотворная икона святой Нины, пожертвованная из Петербурга царем Георгием XII своим внукам в 1870 году, могилы святых царей Мириана и Наны, мощи святого Авива Некресского (VI), под святым престолом в алтаре мощи преподобного Шио Мгвимского (VI в.), часть камня с могилы святой Нины из Бодбе и др.
Канон из службы святой равноапостольной Нине,
просветительнице Грузии
Тропарь, глас 4
Слова Божия служительнице, во апостольстей проповеди первозванному Андрею и прочим апостолам подражавшая, просветительнице Иверии и Духа Святаго цевнице, святая равноапостольная Нино, моли Христа Бога спастися душам нашим.
Канон, глас 1
Песнь 1
Ирмос: Спасе люди чудодействуяй Владыка, мокрую моря волну оземленив древ ле; волею же рождься от Девы, сте зю проходну небесе полагает нам. Егоже по сущес тву, равна же Отцу и человеком славим.
Святая равноапостольная Нино, моли Бога о нас.
Отверзи устне мои, Христе Боже, да восхвалю деву равноапостольную и проповедницу Нину воспою, и просвети ум мой, да достойную цветы словес украшу по достоянию.
Святая равноапостольная Нино, моли Бога о нас.
Речи чуждых ти племен уразумела еси, прехвальная Нино, и от Духа Свята умудрена бывши, в видении Самаго Г оспода узрела еси. Темже в земли неплодней, богомудрая дево, люди Иверския ко Христу привела еси.
Слава: Жестосердыя варвары, кумиром служащия, яко голубица от запада воспарившая, любовию твоею обратила еси ко Творцу, и благодатию обновленныя, невесто Христова непорочная, Жениху твоему обручила еси.