Скит святого пророка Илии был основан в 1757 году известным подвижником - преподобным Паисием Величковским. О. Паисий выпросил у монастыря Пантократор, на территории которого проживал в то время с восемью учениками в келье святого равноапостольного князя Константина, другую, совсем ветхую келью пророка Илии, где создал скит с общежительным уставом, то есть, по сути, общежительный монастырь (киновию), но подчиняющийся главенствующему, кириархиальному монастырю Пантократор. Вскоре в скиту проживают уже около 60 человек и уже устроены и храм, и кельи, и трапезная. Затем в 1763 году о. Паисию приходится покинуть Афонскую Гору с большей частью братии (64 человека) и перебраться в Валахию. Это происходит из-за оскудения в средствах, причиной чего были частые русско-турецкие войны. Период расцвета этого братства лучше всего характеризует тот факт, что о. Паисий со своими учениками по предложению греков собирался занять запустевший монастырь Симонопетр. Было получено согласие Кинота, но старец убоялся, что восстановление монастыря потребует слишком больших вложений. И Симонопетр не стал русским, вернее, малороссийским. Надо отметить, что в те времена духовная жизнь в скиту была весьма высока. Преподобный Паисий был духовником многих афонских монахов, в том числе и патриарха Серафима, жившего тогда на покое на Святой Горе, а незадолго до этого давшего благословение на открытие скита. Патриарх часто приходил в скит, чтобы побеседовать на духовные темы с о. Паисием. Но почет и уважение не только не избавили о. Паисия от стрел лукавого, а, напротив, породили в иных насельниках Святой Горы зависть и ожесточение. Так, один молдавский монах, живший неподалеку на Капсале, публично называл преподобного льстецом и обманщиком. По просьбе братии о. Паисию пришлось даже писать ответ на эту клевету. Это дало результат: клеветник вразумился и покаялся. Итак, в скиту осталось всего 17 человек братии. Надо было ждать другого Паисия, он и явился, но только в 1841 году.
Надо отметить, что в ту пору скит пополнялся в основном черноморскими казаками. В 1806 году был построен собор в честь пророка Илии. С этим периодом связан любопытный случай в истории скита. Скитский иеромонах Парфений в 1820 году увез через Триест в Россию частицу Животворящего Креста Господня, мощи, церковные сосуды, ризницу, книги. С ним отправились скитские иноки Савва и Дамиан. В Ильинском скиту не осталось тогда ни одного человека. О. Парфений поселился в Лебяжьевском Николаевском монастыре на Черном море. И вот он зачем-то отправился в Петербург и был принят самим Государем Императором Александром I. О. Парфений полагал, что турки навсегда пришли на Афон, и хотел передать все скитские святыни Государю, но тот отказался их принять со словами: "Сохраняй это у себя. Бог даст, с турками скоро будет заключен мир, и тогда ты возвратишься на Афон в свой скит, для которого эта святыня драгоценна и необходима!" Так и случилось: в 1830 году был заключен мир с Турцией, и иеромонах Парфений вернулся на Афон. Нашел он в скиту 8 человек, возвратившихся из Молдавии, которые в смутное время скрывались преимущественно в лесах и неприступных ущельях. Запустение было столь велико, что о. Парфений долго не мог найти скит: все дороги и тропинки к нему заросли лесом и кустарниками. Кстати, и ныне это проблема. В наш век прогресса иноки и паломники стараются передвигаться не самым простым способом - на двух ногах, а с помощью техники. Соответственно иные тропинки остаются без внимания и зарастают.
Наступили лучшие времена, но на смену черноморским казакам пришли запорожские и выходцы с Дуная и из Валахии. В 1836 году иеромонах Аникита (Шихматов-Ширинский), знаменитый князь-монах, построил на свои средства храм в честь святителя Митрофана Воронежского, слава которого достигла и Афона. Напомним, что и в Пантелеимоновом монастыре был построен Митрофановский храм, и везде, где жили русские иноки, писали они иконы великого святителя. О. Аникита похоронен в построенном им храме, в нише правой стены, где была установлена доска с надписью. Забегая вперед, могу сказать, что могилы его мы так и не нашли. Слава о. Аникиты была велика, имел он влияние и на греков, об этом можно прочитать в истории Пантелеимонова монастыря. Неожиданная смерть его весьма огорчила русскую общину Афона. Промыслом Божиим Русский Афон получил точное свидетельство о святости этого мужа. В 1871 году Ильинский скит посетил Николай Васильевич Елагин, лично знавший князя Шихматова-Ширинского. По его настоянию могила князя была открыта, и все ощутили сильное благоухание.
Затем скит переживал не лучшие времена. Явилась даже чума - явное наказание Божие скитянам, так как уносила она жизни только в Ильинском скиту. В то время произошла страшная распря с великороссами, составлявшими меньшую часть скита, и они были изгнаны вместе с иеромонахом Павлом, выдающимся подвижником, ставшим вскоре духовником русского братства в Пантелеимоновом монастыре. Мне уже приходилось писать об этой позорной истории и о том, как недолговечна человеческая память. Забыли ильинцы свой позор и снова стали ругать этого поистине святого мужа. И, увы, читая историю скита, я снова натыкаюсь на пристрастное описание этой истории: "При слабохарактерном и малоопытном игумене Павле в Ильинском скиту произошли несогласия между братиями". Далее повествуется о том, что этим воспользовались пантократоровцы и отобрали документ, выданный Протатом в 1766 г., с подписью 20 монастырей о том, что они предоставляют скиту полную независимость. Украдены были также: договор 1798 года с игуменом Афанасием о выделении скиту земли, царская грамота императора Никифора Фоки 964 года некоему Успенскому ставропигиальному монастырю о даровании частицы Животворящего Креста Господня, грамота о приобретении в 1809 году у этого монастыря Ильинским скитом частицы Креста, а также части левой стопы святого апостола Андрея Первозванного. И все это будто бы из-за о. Павла, который во время чумы в скиту не принимал никаких мер предосторожности, служил литургии, причащал заболевших, отпевал умерших и при этом остался живым. Виновата не распря, из-за которой утрачены документы, а о. Павел. И вот останки предводителя восставших были откопаны. Эта история хорошо известна и приводится в летописи Свято-Андреевского скита.
Русский скит святого пророка Илии
Изгнание из Ильинского скита подтолкнуло великороссов к созданию собственной обители, которой вскоре стал Андреевский скит. А Ильинский потом долго еще лихорадило. Ни один игумен не мог долго быть в монастыре. Досаждали ильинцы даже русским дипломатам. Константин Леонтьев, будучи на дипломатической службе, весьма жаловался на свободолюбивый нрав запорожских казаков-монахов.
Вот тогда-то в эту духовную и физическую разруху и явился уроженец Бессарабии Паисий II, болгарин по национальности, и братия снова стала умножаться. Два раза бросали ильинцы жребий, и дважды он указывал на келиота Паисия, жившего на Капсале, и не случайно. В этом же 1841 году он закончил постройку храма святителя Митрофана, который был тут же освящен. Построил он еще два скитских храма в честь святителя Николая и Архистратига Божия Михаила. В 1846 году был построен большой двухэтажный корпус с пекарней, кухней и кельями. В 1847 году - еще корпус для канцелярии и келий. Умер подвижник в 1871 году. Достаточно привести слова одного из историков скита: "Редко можно встретить в одном человеке столько добродетелей, как в лице о. Паисия II, настоятеля Ильинского скита и, по сути, его основного строителя. Горячая вера, любовь к Богу, доверие и простота в отношении к людям, высокие хозяйственные качества сделали его одной из известнейших личностей на Афоне. А за тридцатилетнее управление он превратил скит в обитель, известную далеко за пределами Афона. Еще при жизни он был порадован многими знамениями и даром предвидения".