В 1168 году на настоятеля Печерской обители, преподобного Поликарпа, была наложена епитимья митрополитом Константином II. Архимандрит Поликарп был устранен от управления обителью и отправлен в заточение. Это явилось следствием их спора о посте по Господским праздникам, если этот день выпадает на среду или пятницу, разгоревшегося сразу после вступления митрополита на кафедру в 1167 году. В 1168 году Рождество Христово пришлось на среду – архимандрит Поликарп благословил своих духовных чад и печерскую братию разговляться в этот день и был наказан митрополитом. Однако церковно-общественное мнение было на стороне преподобного Поликарпа. Поэтому последующее в 1169 году разорение Киева (в том числе и Печерской обители) было признано наказанием за "неправду митрополичью". Впоследствии это признал и Константинопольский патриарх, отозвавший митрополита Константина II в Константинополь.
В 1170 году Печерская обитель пострадала от набега половцев. В том же году архимандрит Поликарп был возвращен в Печерскую обитель, которой он управлял до своей кончины в 1182 году.
В 1182 году, по кончине преподобного Поликарпа, в Печерском монастыре произошли нестроения – братия никак не могла выбрать нового настоятеля. В конце концов было решено собраться в Успенском храме и соборно молиться Пресвятой Богородице, дабы Она указала достойного. Ответ пришел в виде мысли, посетившей одновременно многих иноков: "Пошлем к священнику Василию, что на горе Щековице, да будет он нашим игуменом". Тут же собравшись, все печерские иноки пришли к священнику Василию и, поклонившись, сказали ему: "Мы, все братья-черноризцы, кланяемся тебе и хотим иметь тебя своим отцом и игуменом". В ответ он также поклонился печерским инокам и сказал: "Отцы и братия! Признаюсь, что сделаться черноризцем я уже помышлял в сердце своем, но как вы вздумали предлагать мне, недостойному, игуменство?" Долго он отказывался, наконец братья взяли его и силой увели в Печерскую обитель. Вскоре туда прибыл митрополит Никифор с собором епископов. По благословению владыки священник Василий был пострижен и стал настоятелем Печерской обители.
В 1206 году Печерский монастырь был разорен войсками Рюрика Ростиславича, Ольговичей и половцев. Многие иноки были уведены в плен.
К 1225–1255 годам относится составление первой редакции Киево-Печерского Патерика епископом Владимиро-Суздальским Симоном и печерским иноком Поликарпом.
В 1235 году, во время очередной междоусобной войны, Печерская обитель была разорена.
1240 год – нашествие монголов под предводительством хана Батыя. Печерская обитель подверглась ужасному разорению. Стены и кельи были разрушены до основания. От великолепных храмов остались одни руины. Большая часть печерских иноков была убита, другие уведены в плен, немногим удалось укрыться в окрестном лесу. Они жили в землянках и лишь изредка пробирались в руины храма для служения Божественной Литургии. Более чем на десятилетие обитель запустела. Из-за непрекращающихся ордынских набегов на Киев восстановление обители шло крайне медленно. Но тем не менее иноческая жизнь теплилась и на руинах Печерской обители.
О том, что, несмотря на полное внешнее разорение, духовная основа монашеской жизни, заложенная преподобными Антонием и Феодосием, не оскудела в Печерской обители, свидетельствует следующее летописное упоминание об этом монастыре. В 1274 году архимандрит Печерского монастыря, святитель Серапион, был рукоположен во епископа Владимирского.
Однако жизнь во всем бывшем Киевском княжестве оставалась крайне тяжелой и нестабильной из-за непрерывных ордынских набегов. Монахи по-прежнему не могли наладить нормальной жизни на территории обители и укрывались в лесах. В конце концов даже митрополит Киевский, не выдержав такого положения, в 1500 году переехал во Владимир.
С 1521 года Киевское княжество находится под покровительством великого князя литовского Гедимина. Несмотря на его равнодушно-отрицательное отношение к Православию, его правление и правление его сына Ольгерда дало и Киеву, и Печерской обители передышку от ордынских набегов. Монахи вновь смогли собраться на руинах Печерского монастыря, отстроить кельи, начать восстанавливать храмы и вести монашескую жизнь, не опасаясь постоянных нападений.
Благодаря более или менее упорядоченной жизни, Киево-Печерский монастырь снова становится одной из образцовых обителей. Со всей Руси, как Южной, так и Северо-Восточной, сюда вновь потянулись ищущие монашеского жития. И, как во времена Киевской
Руси, митрополиты снова стали выбирать кандидатов на епископские кафедры из печерских иноков. Среди них святители Дионисий Суздальский и Арсений Тверской. Еще один постриженник Киево-Печерской обители того времени – преподобный Стефан Махрищский – стал основателем нескольких обителей в Северо-Восточной Руси.
Впрочем, несмотря на покровительство литовских князей, Киев и Киево-Печерская обитель не раз подвергались опасностям татарских набегов. В 1599 году хан Тимур-Кутлук, подступив с войском к Киеву, взял с него откуп 5000 рублей, а с Печерского монастыря особо 50 рублей серебром. Через 17 лет, в 1416 году, другой хан, Едигей, опустошив посады Киева, выжег и Печерскую обитель.
Около 1459 года один из князей Острожских, Федор, передав свои владения сыну Василию, принимает в Киево-Печерском монастыре постриг с именем Феодосий и делает значительный вклад в обитель.
В 1460 году уставщиком Киево-Печерского монастыря, клирошанином Кассианом, был отредактирован Киево-Печерский Патерик (так называемая Кассианова редакция).
На Пасху 1465 года с одним из иноков Печерской обители, преподобным Дионисием по прозвищу Щепа, произошло чудо в Антониевых пещерах. В этот день он, как смотритель пещер, пошел покадить тела усопших и воскликнул: "Отцы и братия, Христос воскресе!" И услышал в ответ, как гром мощный: "Воистину воскресе Христос!" После такого знамения преподобный Дионисий до конца дней своих затворился в пещере.
В 1470 году Киево-Печерский монастырь был отстроен на средства одного из потомков Гедимина, князя Семена Олельковича.
А в 1481 году по просьбе Киево-Печерского архимандрита и братии, Константинопольский Патриарх Максим, в чью юрисдикцию входила тогда обитель, прислал грамоту, подтверждающую права, данные обители еще во времена Киевской Руси. Согласно этой грамоте Киево-Печерский монастырь обладал всеми правами ставропигии – митрополит Киевский не должен вступаться в дела обители, а мог только ставить для обители, когда пожелает братия, архимандрита, игумена, пресвитеров и диаконов, и чтобы обитель знала над собою лишь Патриарха и великих господарей, владеющих великим княжением Русским и Киевом.
В следующем, 1481 году Киево-Печерская Лавра подверглась ужасному разорению. Крымский хан Менгли-Гирей устроил набег на Киев и, разорив город, разграбил и сжег одновременно и Киево-Печерскую обитель. Настоятель монастыря, архимандрит Феодосий, и множество братий были уведены в плен.
В 1494 году литовский князь Александр дал Киево-Печерской Лавре грамоту, подтверждающую ее права.
Как и прежде, Лавре покровительствовали представители княжеского рода Острожских, в 1516 году на средства одного из них – князя Константина Ивановича – был отремонтирован Успенский собор.
В 1522 году из-за произвола киевских воевод печерская братия во главе с архимандритом Игнатием вынуждена была подать жалобу королю о том, что воеводы киевские часто, по нескольку десятков раз в год, приезжают в монастырь и вымогают у братии и настоятеля подарки и что монастырским людям делается великая кривда, когда их заставляют давать подводы и кормы королевским и крымским послам и гонцам. Поначалу король удовлетворил просьбу братии и освободил их от поборов. Но вскоре он сам вмешался в дела Печерской обители, отстранив от настоятельства архимандрита Игнатия и поставив настоятелем своего человека.
Год спустя покровитель Киево-Печерской обители, князь Константин Иванович Острожский, и монастырская братия подали жалобу на нового настоятеля, прося вернуть настоятельство архимандриту Игнатию. Благодаря заступничеству Острожского король выполнил их просьбу.
В 1550 году скончался и был погребен в Великой Печерской церкви князь Константин Острожский.
В 1544 году печерская братия вынуждена вновь подать жалобу королю на притеснения воеводы, князя Андрея Соколинского.
В 1579 году в Успенском соборе был установлен памятник князю К. И. Острожскому. В том же году король Стефан Баторий выдал Печерскому монастырю грамоту подтверждающую его права и привилегии.
В 1594 году посол Эрих Лясота посетил Киево-Печерскую Лавру и составил ее подробное описание.
С 1596 года, когда по воле короля Сигизмунда III митрополит Киевский Михаил (Рагоза) принял так называемую Брестскую унию, согласившись признать главенство папы Римского, Киево-Печерская Лавра становится главным оплотом Православия на территории Речи Посполитой (Польши). Сразу же после принятия митрополитом унии печерская братия во главе с архимандритом Никифором отказала архипастырю-отступнику в повиновении.
В 1597 году возный земли Киевской Роман Овсяный, исполняя приказ короля, прибыл с двумя другими лицами в Лавру, дабы передать ее униатам. Но перед воротами обители встретили его иноки, поддержанные вооруженными казаками, и объявили ему: "Мы имеем архимандрита, иного нам не нужно; митрополита в Киеве нет, а Михаила Рагозу, которого за отступничество от Православия наши духовные низложили, мы не признаем за митрополита и увязать его в наш монастырь не дозволим". Возный пытался отворить монастырские ворота, однако монахи не пустили его в обитель.