Тотчас же после его назначения, 12 декабря 1815 года, Александр издал указ, в котором говорилось: "Трёхлетний опыт благополучно оконченной последней войны, в продолжении коей лично присутствовал я при войсках, явил ощутительную пользу изданного в 1812 году учреждения об управлении Большой действующей армии. Находя необходимым сохранить тот же порядок и в мирное время по управлению всем вообще военным департаментом, признал я за полезное дать оному новое устройство, применённое в главных основаниях к упомянутому учреждению".
Одновременно была осуществлена реформа в управлении сухопутными вооружёнными силами. Сделана она была не без учёта расследования по делу Горчакова.
Убедившись, что министерство военных сухопутных сил чрезмерно громоздко, Александр сузил его функции, оставив за ним лишь хозяйственные дела. Всё же прочие функции передавались в ведение Главного штаба. Его начальником был оставлен генерал-адъютант князь Пётр Михайлович Волконский - друг детства Александра, прошедший с ним всю войну 1812-1815 годов.
По важности вопросов, решаемых в Главном штабе, должность его начальника была выше должности военного министра. К тому же и над Коновницыным, и над Волконским по-прежнему возвышалась фигура председателя департамента военных дел Государственного совета - Аракчеева, который единолично докладывал царю о положении дел в армии.
Произошли серьёзные кадровые изменения и в руководстве военного ведомства. Генерал-квартирмейстером стал генерал-лейтенант К. Ф. Толь, дежурным генералом - любимец Александра генерал-адъютант А. А. Закревский. На прежних местах остались генерал-инспектор инженерных войск К. И. Опперман и генерал-инспектор артиллерии П. И. Меллер-Закомельский.
20 декабря 1815 года был издан высочайший указ о немедленной высылке из Петербурга всех иезуитов. Указ появился вследствие того, что за время отсутствия Александра в Петербурге активность членов ордена Иисуса сильно возросла и некоторые воспитанники иезуитского пансиона, а также несколько аристократок перешли в католицизм.
Братьев иезуитов погрузили в крытые возки и в сопровождении жандармов отправили в Полоцк, где находилась резиденция ордена в западных русских землях.
К этому же времени относится новый взлёт Аракчеева. Престарелый Салтыков не мог руководить Государственным советом и Комитетом министров, и почти сразу по возвращению в Петербург Аракчеева все нити правления сосредоточились в его руках. Кроме Госсовета и Комитета министров в ведении Аракчеева оказалась и собственная его императорского величества канцелярия, в которой собирались прошения на высочайшее имя. А среди них немало было жалоб на чиновников и сановников всех рангов, что давало Аракчееву возможность преследования тех, кто был ему неугоден.
Именно тогда начала складываться система, получившая в русской истории название "аракчеевщина". Аракчеев с начала 1816 года стал единственным человеком, докладывавшим Александру все дела по всем департаментам и министерствам.
Император фактически перестал принимать с докладами других высших должностных лиц государства, делая исключение лишь для петербургского военного губернатора и министра иностранных дел, полностью ему послушных.
16 мая 1816 года скончался фельдмаршал Н. И. Салтыков. На его место председателем Госсовета и Комитета министров был назначен светлейший князь Пётр Васильевич Лопухин. Опытнейший бюрократ и царедворец, он последовательно занимал должности генерал-прокурора Сената, министра юстиции и председателя ряда департаментов Государственного совета.
Лопухин был во всём солидарен с Аракчеевым, и даже такие близкие к царю лица, как Волконский, Закревский, Ермолов, Киселёв и другие, считавшие Аракчеева "вреднейшим человеком" и "проклятым змеем", были бессильны что-либо сделать.
Вскоре Ермолов был отправлен на Кавказ, где занял должности командира Отдельного Кавказского корпуса и губернатора Кавказской и Астраханской губерний. Одновременно, находясь в пределах Российской империи, Ермолов исполнял обязанности чрезвычайного посла России в Персии.
Последовал и ряд других административных перемен, ещё более усиливших фаворита. Особенно возросло его влияние на царя после того, как он занялся устройством военных поселений.
Идея их создания возникла ещё за два года до начала Отечественной войны. Её авторство принадлежало адмиралу Н. С. Мордвинову, предложившему в 1810 году "создать усадьбы для полков, дабы уменьшить расходы казны на их содержание".
В мозгу Александра I эта идея трансформировалась в военные поселения, где вместе с солдатами жили бы и их семьи, чтобы тем самым облегчить участь и тех и других. Дело их устройства он поручил Аракчееву.
Александр писал ему 28 июня 1810 года: "Чтобы не терять более времени, я приказал Лаврову ехать к тебе в Грузино для личного с тобою переговора. Я ему подробно весь план изъяснил. Военный министр извещён, что сию часть я исключительно поручаю твоему попечению и начальству. Теперь остаётся начать. Чертежи твои весьма мне понравились, и мне кажется лучше придумать мудрено. Лаврову покажи, пожалуй, всё твоё сельское устройство и, как скоро будешь свободен, приезжай в Петербург. За сим с помощью Божиею уже приступим к делу. При сём прилагаю все бумаги по сему предмету. Навек пребуду тебе искренно привязанным".
Из этого письма следует, что с самого начала Аракчеев не только был посвящён в замысел создания военных поселений, но и собственноручно вычертил избы поселян, их расположение в посёлке и проч.
Во главе первого "поселённого" батальона Елецкого пехотного полка был поставлен генерал-майор Н. И. Лавров, в то время как в обычных линейных батальонах командирами были, как правило, полковники. Батальон был поселён на территории Бабылецкого староства Климовецкого повета Могилёвской губернии.
29 июня Аракчеев отвечал царю: "Я не имею столько ни разума, ни слов, чтобы изъяснить вам, батюшка ваше величество, всей моей благодарности, но Богу известно, сколько много я вас люблю и на каких правилах я вам предан, одно оное только меня и утешает. Доставляйте мне случай доказать всё сие на опытах, тогда вы меня более полюбите. Приказание ваше застало меня готового совсем ехать в С.-Петербург... но, получа фельдъегеря от вас, батюшка, я, увидя, что генерал Лавров должен ко мне, кажется, сегодня приехать, я остался здесь, дабы, не теряя времени, показать ему всё нужное, к его сведению, и с ним же вместе немедленно возвратиться в С.-Петербург, почему и прошу приказать ему скорее ко мне приехать, если паче чаяния он ещё не выехал".
К февралю 1812 года устройство поселян в специально для них созданных усадьбах, выстроенных по чертежам Аракчеева, было завершено, но приближавшаяся война прервала начатый опыт.
В 1813 году батальон был возвращён на прежнее место. В нём была тогда тысяча солдат. Жён и детей в момент возвращения из похода у поселян не было. Однако к 1817 году в поселении жило уже 2337 человек, из них 796 жён и 540 детей.
Аракчеев докладывал царю, что все поселяне обеспечены хлебом и дома имеют его запас. В их распоряжении образовался капитал в 28 тысяч рублей, было организовано медицинское обслуживание поселян и обеспечение инвалидов. Устранены нищенство, пьянство и тунеядство. Было введено обязательное обучение детей (до 12 лет при родителях, а затем в "военном отделении" при батальоне).
Однако это было лишь видимое, показное благополучие, за которым скрывалась жесточайшая эксплуатация, принудительный труд и умопомрачительная регламентация. Жизнь поселян была расписана по минутам от подъёма до отбоя. Например, в "Правилах, как растить, кормить и обманывать младенца" было 36 параграфов. В одном из них предусматривалось, что "старшина во время хождения по избам осматривает колыбельки и рожки". "Правила сии, - говорилось далее, - должны быть хранимы у образной киоты, дабы всегда их можно было видеть".
Каждая замужняя баба должна была рожать ежегодно. Если происходил выкидыш или рождалась дочь, то родители платили штраф, а если в какой-либо из годов баба не беременела, то сдавала в склад десять лишних аршин холста.
Женихи и невесты - в один и тот же день - выстраивались в две шеренги и вытаскивали из шапок билетики с именами. И сей жребий был обязателен, ибо, как полагал граф Алексей Андреевич, "браки заключаются на небесах, и таковою была воля Божья".
К концу 1815 года идея военных поселений приобрела следующий вид: в полку трехбатальонного состава один из его батальонов состоял из поселян-солдат, в домах у которых на постое содержались два солдата из строевых батальонов. Эти два солдата назывались помощниками (и входили в семью) поселянина-хозяина.
Поселённые батальоны формировались из солдат, прослуживших в армии не менее шести лет, а также из местных государственных, так называемых казённых, крестьян, в том же возрасте, в каком были и солдаты, - от 16 до 45 лет.
Дети военных поселян с 7 лет зачислялись в кантонисты, учились в школах, а с 18 лет становились солдатами. Единственным послаблением для них было сокращение воинской службы с 25 до 20 лет.
Единообразие и муштра сопровождали военных поселян повсюду. Каждое военное поселение имело 70 домов и предназначалось для одной роты, насчитывающей по штату военного ведомства 228 человек. В домах жили по четыре семьи с единым нераздельным хозяйством.