Из-за разногласий с послом по поводу руководства экспедицией пребывание корабля в Петропавловске-Камчатском задержалось на полтора месяца. Дело было в следующем. В общей инструкции Н.П. Резанову, утвержденной императором Александром Павловичем 10 июля 1803 г., специально выделялись слова: "Сии оба судна [т. е. "Надежда" и "Нева" . – Авт. ] с офицерами и служителями, в службе компании находящимися, поручаются начальству вашему". Правда, эти инструкции были даны перед самым выходом кораблей из Кронштадта, и Крузенштерн оправдывался позднее тем, что до плавания он, хотя и получил соответствующие документы, "продержал их, но не читал", хотя это довольно странно звучит по отношению к документу, утвержденному самим императором.
К тому же в инструкции Главного правления РАК, даже с учетом специально выделенных слов, о которых сказано ранее, сохранилась некоторая неясность, так как общие полномочия посла сопровождались оговоркой о предоставлении "полному распоряжению" И.Ф. Крузенштерна "управление во время вояжа судами и экипажем, и збережением онаго, как частию единственному искуству, знанию и опытности вашей принадлежащей" [5, с. 90].
Факт, что с самого начала плавания между Крузенштерном и Резановым установились неприязненные отношения. А весной 1804 г. во время пребывания "Надежды" у о. Нуку-Хива все это вылилось в открытый конфликт. Резанов приказал приказчику РАК Ф.И. Шемелину "выменивать для Императорской Кунсткамеры" у островитян "разные вещи относительно их одежды и обычаев". А ведь Крузенштерн регулировал торговлю с островитянами единовластно и считал это правом старшего командира корабля экспедиции. Он потребовал объяснений, собрал офицеров "Надежды" и пригласил с "Невы" Ю.Ф. Лисянского и В.Н. Берха. Резанов представил свои документы, о которых упомянуто ранее, и даже зачитал "Высочайшее …поручение начальства". В ответ все офицеры (кроме лейтенанта П.Т. Головачева) закончили собрание высказыванием: "Ступайте, ступайте с вашими указами, нет у нас начальника, кроме Крузенштерна". При этом старший офицер "Надежды" лейтенант М.И. Ратманов, "ругая по-матерну, кричал: "Его, скота, заколотить в каюту"". "Я едва имел силу уйти в каюту, – сообщил Резанов после прибытия в Петропавловск-Камчатский 15 июля 1804 г., – и заплатил жестокой болезнью, во время которой доктор ни разу не посетил меня, хотя все известны были, что я едва при конце жизни находился. Ругательства продолжались, и я принужден был, избегая дальнейших дерзостей, сколь ни жестоко мне было проходить экватор, не пользуясь воздухом, высидеть, никуда не выходя, до самого окончания путешествия и прибытия в Камчатку вышел первый раз из каюты своей" [5, с. 95, 96].
По прибытии в порт Резанов вызвал туда для производства судебного расследования губернатора, находившегося постоянно в Нижнекамчатске, отстоящем от Петропавловского порта на 700 верст. Губернатор генерал-майор Кошелев прибыл в порт только 12 августа. Его сопровождали адъютант, младший его брат поручик Кошелев, капитан камчатского гарнизонного батальона Федоров и 60 солдат, которых губернатор взял по требованию посла.
По словам историка флота капитана 1-го ранга Александра Степановича Сгибнева, приведенных в статье "Резанов и Крузенштерн (Эпизод из первого кругосветного плавания русских)" // Древняя и новая Россия.1877. № 4, с. 387–389, "как ни старался Крузенштерн оправдать свои поступки, но когда дело дошло до очных ставок и намерения Кошелева отрешить его от командования судном, он сознался в своей виновности и просил Кошелева принять на себя посредничество в примирении с Резановым". Пользу отечества Н.П. Резанов поставил "выше всех личных… оскорблений" и согласился оставить свои бумаги без действия, но с "непременным условием, чтобы Крузенштерн и все остальные офицеры… извинились перед ним в присутствии Кошелева". Это предложение было принято.
20 августа И.Ф. Крузенштерн и все офицеры "Надежды" явились в полной парадной форме и принесли официальные извинения. "Сей день, – сообщал Шемелин, – был день радости для всякого подчиненного, развязавшего судьбу многих". Затем последовали торжественные обеды и ужины. Особенно торжественно происходил обед 2 сентября. За здравие Резанова и Кошелева несколько раз гремели пушечные выстрелы [5, с. 96].
Произошли изменения и в свите посла. Из-за "жестокой каменной болезни" живописец С. Курляндцев был отправлен в столицу сухим путем в сопровождении "кандидата медицины" Брынкина. Исключен был из миссии и отправлен назад гвардии поручик граф Ф.И. Толстой, "раздоры во всей экспедиции посеявший", "по причине беспокойного его характера" (выражение М.И. Ратманова), причем отправили его с предупреждением, "чтоб он не проживал в Москве и действительно к полку явился". Новыми членами свиты посольства стали капитан Федоров и поручик Кошелев. В качестве почетной стражи были взяты 8 солдат из числа прибывших в Петропавловск с губернатором.
С корабля выгрузили все грузы для РАК, которые были заменены несколькими тысячами пудов балласта, проведен ремонт корабельной оснастки, погружены свежие продукты, в том числе 7 быков (5 приведенных из Нижнекамчатска по распоряжению губернатора и 2 доставленных РАК), множество огородных овощей из Верхнекамчатска, несколько бочек соленой рыбы и три большие бочки чесноку дикого, называемого на Камчатке черемшой – лучшее противоцинготное средство, могущее служить заменой кислой капусты. Наливка из дикого чеснока, которую можно возобновлять в течение месяца, представляет хорошее противоцинготное средство. На корабль завезли свежего хлеба на 10 дней для всей команды. Получена была в порту и соленая оленина, соленая дичь, соленое мясо диких баранов и гусей и пр. Все это было доставлено благодаря содействию губернатора.
"Надежда" покинула Авачинскую губу 6 сентября, а уже 28 сентября показались берега Японии. Там корабль попал в страшный шторм. "Ветер, постепенно усиливаясь, – вспоминал Крузенштерн, – достиг в один час пополудни до такой степени, что мы с великой трудностью и опасностью могли закрепить марсели и нижние паруса, у которых шкоты и брасы, хотя и по большей части новые, были вдруг прерваны. Бесстрашие наших матросов, презиравших все опасности, действовало в сие время столько, что буря не могла унести ни одного паруса. В 3 часа пополудни рассвирепела, наконец, оная до того, что изорвала все наши штормовые стаксели, под коими одними мы оставались. Ничто не могло противостоять жестокости шторма. Сколько я не слыхивал о тайфунах, случающихся у берегов китайских и японских, но подобного сему не мог себе представить. Надобно иметь дар стихотворства, чтобы живо описать ярость оного. Довольно здесь рассказать только о действии его на корабль наш. По изорвании штормовых стакселей мы желали поставить зарифленную штормовую бизань, но сего сделать совершенно было невозможно, и потому корабль оставался без парусов на произвол свирепых волн, которые, казалось, ежеминутно поглотить его угрожали. Каждое мгновение ожидали мы, что полетят мачты. Хорошая конструкция корабля и крепость вант спасла нас от сих бедствий" [3, с. 218].
Но ни штормы, ни необходимость спешить в Японию не заставили Крузенштерна прекратить гидрографические исследования. Он прокладывал курс корабля с таким расчетом, чтобы проверить карты Тихого океана, составленные иностранными путешественниками. Сомневаясь в точности атласа Лаперуза, в котором значилось, что в районе 37° с.ш. и 214°20′ з.д. находится группа из четырех островов, а несколько южнее еще один остров, Крузенштерн проложил курс корабля так, чтобы "по означенному на картах положению островов придти к середине оных" [3, с. 212]. И на этот раз Крузенштерн убедился, что таких островов не существует.
Он уточнил также данные французских карт о положении Ван-Дименова (теперь Осуми у южной оконечности о. Сикоку) пролива и определил точные координаты ряда островов и мысов японского побережья, дав последним названия в честь известных русских мореплавателей и знаменитых морских сражений – мыс Чирикова, мыс Нагаева, мыс Чесмы и другие (русские названия на современных картах не сохранились).
7 октября 1804 г. "Надежда" бросила якорь на рейде Нагасаки. Переговоры посла Резанова закончились безрезультатно из-за категорического нежелания японского правительства налаживать дипломатические отношения и торговлю с Россией. Японцы отказались даже принять подарки японскому императору, доставленные на корабле, ссылаясь на то, "что в сем случае должен был бы и японский император сделать российскому императору взаимные подарки, которые следовало бы отправить в С.-Петербург с нарочным посольством. Но сие невозможно потому, что государственные законы запрещают отлучаться японцу из своего отечества" [3, с. 264].
Надо отметить, что во время более чем полугодичного пребывания "Надежды" в Нагасаки, когда посол Н.П. Резанов был фактически изолирован в доме на берегу, он не терял времени даром и стремился создать у японцев наилучшее представление о России и русских. Усердно занимаясь японским языком, он составил краткое русско-японское руководство и словарь, опубликованный затем в Петербурге, содержащий более 5 тыс. слов.
Во время пребывания в Нагасаки Крузенштерн и его офицеры впервые составили карту Нагасакской бухты с подробным ее описанием. "Для правильного составления оной измерено было более тысячи углов", – отметил Крузенштерн [15, с. 311].