В Гуаякиле освободители дискутировали с глазу на глаз, без свидетелей. Имеется лишь несколько кратких сообщений Боливара, направленных колумбийскому правительству, о своих беседах с Сан-Мартином. Последний же крайне мало и неохотно комментировал их. Поэтому историки до сих пор строят различные предположения по поводу содержания переговоров в Гуаякиле .
Достоверно известно лишь, что 28 июля Сан-Мартин выехал из Гуаякиля, 20 августа прибыл в Лиму, а 20 сентября сложил перед Учредительным конгрессом свои полномочия. На следующий день он покинул страну .
Боливар принимает предложение перуанского конгресса, сместившего президента Рива Агуэро и избравшего Хосе де Тагле, взять в свои руки не только военные командование, но и правление республикой. Конгресс провозглашает его Освободителем.
Положение в Перу сложилось к тому времени довольно тяжелое. Испанские войска сохраняли численное превосходство. С оказанием финансовой помощи, которую Боливар настойчиво просил у правительства Великой Колумбии, оно медлило. Креольская знать встретила "чужеземного диктатора" в штыки Постепенно слава великого полководца стала клониться к закату. 6 декабря 1830 г. он писал своей родственнице: "Я умираю от нестерпимой боли и бесконечных страданий. На мою долю выпало стать молнией, на мгновение осветившей мрак, едва блеснувшей над пропастью и снова исчезнувшей в пустоте" . Свою деятельность он сравнивал со строительством здания на зыбучих песках и пахотой моря. Группа офицеров, возглавленная Рива Агуэро, вступила в тайные переговоры с испанцами.
В феврале 1824 г. в Кальяо вспыхнул мятеж, в результате которого морские ворота Лимы оказались в руках вице-короля.
В связи с падением Кальяо перуанский конгресс сместил президента Хосе де Тагле и назначил Боливара диктатором с неограниченными полномочиями. Но поздно: быстро исправить положение уже не в состоянии был даже Боливар. Он отдал приказ оставить Лиму, которую тут же заняли испанцы.
Значительная часть страны вновь оказалась под контролем вице-короля. Но Боливар не пал духом: во временной перуанской столице Трухильо он приступил к пополнению и укреплению армии, мобилизуя все ресурсы. В атом деле ему не приходилось рассчитывать на креольскую знать и католическую церковь: обе силы выступали на стороне колониальных властей. Особенно активно действовали священнослужители, которые (за исключением низшего духовенства) организовали сбор средств для борьбы с патриотами, вели против них активную пропаганду среди населения, увещевая его воздерживаться от вступления в ряды Освободительной армии. Креолы-помещики, недовольные законом Сан-Мартина об отмене миты, естественно, не поддерживали Боливара, подписавшего декреты об отмене подушной подати с индейцев и о передаче последним в личную собственность общинных земель.
Боливар конфискует драгоценности не только у королевских чиновников, но и у церкви, пополняет армию за счет бедных слоев местного населения, особенно индейцев; на его призыв откликнулся трудовой народ страны - жители заготавливали продовольствие, шили обмундирование, изготовляли и чинили оружие. К апрелю 1824 г. Освободительная армия вновь представляла собой внушительную силу, хотя еще на 6 тыс. человек уступала испанским войскам.
Неожиданно для Боливара крайне выгодно складываются и обстоятельства. Части под командованием генерала Оланьеты, расквартированные в Верхнем Перу, отказываются подчиняться вице-королю Ла Серне, которого Оланьета считал либералом. Воспользовавшись выходом из игры 4 тыс. испанских солдат, Боливар, перейдя Анды, появляется в тылу войск вице-короля и наголову разбивает их на равнине Хунин 6 августа 1824 г.
Важную роль в этой битве сыграла конница всадников воинственного племени морочукос. Неудержимой лавиной обрушились они с гор на королевские войска, обратив их в бегство.
Пользуясь передышкой после победы при Хунине, Боливар, передав обязанности главнокомандующего генералу Сукре (сражавшемуся в Перу еще до прибытия туда Боливара), с частью войск совершает переход в район Косты и в начале декабря того же года освобождает Лиму.
Находясь в столице, он вынашивает планы формирования еще более многочисленной армии для нанесения окончательного удара по врагу. Однако испанцы сами приближают свой конец. Ла Серна предпринимает попытку окружить армию Сукре в Сьерре. Но опытный полководец, вовремя разгадав замыслы вице-короля, умелым маневрированием своих войск заметно выматывает силы неприятеля. Вскоре наступает развязка - происходит решающая битва враждующих армий в пампе Кинуа, у подножия горы Кондоркунка, неподалеку от Аякучо.
"…Силы (испанцев. - Ю. Г.) составляли 13 батальонов пехоты с артиллерией и кавалерией, всего 9310 человек. 8 декабря 1824 г. вступили в бой авангарды обеих армий, а на следующий день Сукре повел в атаку 5780 человек. 2-я колумбийская дивизия под командованием генерала Кордоба атаковала левый фланг испанской армии и сразу привела его в расстройство. Перуанская дивизия на левом фланге под командованием генерала Ла Мара встретила более упорное сопротивление и не смогла продвинуться вперед, пока не прибыли резервы под командованием генерала Лара. Когда после этого отступление неприятеля стало всеобщим, в преследование была брошена кавалерия, которая рассеяла испанскую конницу и завершила разгром пехоты… На следующий день генерал Кантерак, к которому теперь перешло командование испанской армией, подписал капитуляцию, по условиям которой не только он и все его войска становились военнопленными, но все испанские войска в Перу и все военные посты, артиллерия, склады, а также вся перуанская территория, которая еще находилась в руках испанцев (Куско, Арекипа, Пуно, Килька и пр.), передавались повстанцам. Численность войск, переданных таким путем в качестве военнопленных, достигала в целом почти 12 000 человек. Таким образом с испанским владычеством было окончательно покончено…" - писали К. Маркс и Ф. Энгельс.
После разгрома королевских сил в Перу под властью испанской короны в Южной Америке оставалось только Верхнее Перу. Поэтому именно туда были направлены войска под командованием Сукре, которые продвигались, почти не встречая сопротивления. В августе 1825 г. конгресс, собравшийся в местечке Чукисака, провозгласил суверенитет Верхнего Перу. В честь великого полководца новое государство стало называться Республикой Боливар, а позднее - Боливией.
Война за независимость практически была закончена. Она имела исключительно большое значение для судеб Американского континента. Будучи национальной революцией, война за независимость явилась важнейшим фактором формирования наций в Латинской Америке, становления суверенных национальных государств.
Не обрели свободу лишь две испанские колонии в западном полушарии - Куба и Пуэрто-Рико. Боливар попытался поставить вопрос об оказании помощи патриотам этих стран на Панамском конгрессе (июнь 1826 г.), куда съехались полномочные представители ряда латиноамериканских республик. Но этим попыткам воспрепятствовали Соединенные Штаты .
Конгресс не привел к каким-либо практическим результатам, однако он явился первым важным шагом на пути создания латиноамериканского единства.