3 июля на заседании ЦК решался ряд важнейших военных вопросов, среди которых обновление состава РВСР и передислокация штаба в Москву (переезд состоялся в первых числах августа). 4 июля ЦК принял решение об укреплении Особого отдела ВЧК; Оргбюро обязывалось заслушать доклад С.И. Гусева о Регистрационном управлении ПШ "после рассмотрения этого вопроса в Реввоенсовете Республики" - в обновленном 3 июля составе РВСР. Естественно, приняли решение о необходимости чистки РУ от военспецов. 4 июля одна вооруженная рота 9-го запасного стрелкового батальона была направлена в Серпухой к начальнику ПШ - М.Д. Бонч-Бруевичу, "вкравшемуся" в доверие самому Дзержинскому, для несения караульной службы. В агентурной сводке МЧК (№ 21 от 1 июля) сказано, что большинство красноармейцев батальона находилось "на стороне Советской власти", состояние дисциплины признавалось удовлетворительным. На следующий день (5 июля) направилась в Козлов команда пулеметчиков из 20 человек - вероятно, для усиления охраны Реввоенсовета Республики. В комплекте агентурных сводок Особого отдела при МЧK за 1919 г. аналогичного усиления охраны указанных военных органов нет - скорее всего, в Полевой штаб отправили верные большевикам части вследствие вполне понятных опасений активных действий со стороны генштабистов после "ходатайства" за Теодори.
3 июля Ленин продавил в ЦК нанесение окончательного удара по сторонникам Троцкого в Реввоенсовете: И.Н. Смирнова, А.П. Розенгольца и Ф.Ф. Раскольникова заменили в РВСР на старых недоброжелателей наркомвоена - С.И. Гусева и И.Т. Смилгу, а также А.И. Рыкова, назначенного, очевидно, из чисто прагматических соображений (он должен был координировать деятельность военведа и ВСНХ). ЦК постановило дать Вацетису "почетное военное назначение с приличным окладом". И. Дойчер пишет, что Сталин назвал Главкома изменником, но, судя по резолюции, об измене Главкома на заседании речь не шла: скорее всего, это было сказано в запале вследствие несогласия руководства Восточного фронта с главным командованием Республики по стратегическим вопросам. Ленин на заседании пометил, что необходимо приложить все усилия, чтобы не допустить "духовной демобилизации военных работников" - скорее всего, Троцкому в очередной раз напомнили, что большевики не старое офицерство и имеют право (и даже обязаны, разумеется, для пользы дела) на военной работе обжаловать сомнительные, с их точки зрения, решения в партийных органах. 5 июля Троцкий направил заявление в ЦК, в котором, ссылаясь на условия работы на фронтах, просил об освобождении от членства в Политбюро и председательства в Реввоенсовете, а также утверждении в звании члена Реввоенсовета Республики. Ряд шагов Центра Троцкий назвал "раскованными и прямо опасными нарушениями военной системы…установившейся и одобренной VIII съездом партии (курсив мой. - С.В.)". Выделенная фраза достаточно показательна: в своих баталиях с ЦК Троцкий сослался на решение высшего партийного органа. Ленин составил проект постановления Орг- и Политбюро ЦК с отказом от отставки Троцкого, в соответствии с которым ОБ и ПБ обязались "сделать все от них зависящее", чтобы урегулировать работу на "самом важном в настоящее время" Южном фронте, которой Троцкий занялся лично. Признав политику председателя РВСР на Южном фронте вполне законной, ОБ и ПБ обязывались предоставить Троцкому "возможность всеми силами добиваться того, что он считает исправлением линии в военном вопросе, и, если он пожелает, постараться ускорить съезд партии"! Троцкому предоставили возможность принимать участие в работе ПБ и РВСР в том объеме, который он сам себе определит. Заметим, что это как раз было нетрудно: теперь в РВСР было столько сторонников Ленина, что Старик уже мог не опасаться за судьбу "престола" и проводить в военном ведомстве свою политику. В качестве показателя "неограниченной моральной доверенности" (так это назвал в 1929 г. Троцкий) к председателю РВСР в июле 1919 г. Ленин даже выдал ему документ, аналогичный по форме "охранному листу" кардинала Ришелье, выпрошенному леди Винтер в легендарном романе Александра Дюма. С поправкой - по сути это был всего лишь красивый жест, граничащий с издевкой.
В воспоминаниях К.Х. Данишевского говорится, что 5 и 6 июля положение дел в Полевом штабе оценивала специальная комиссия ЦК РКП(б); 7 июля сам Данишевский в своей записке Центральному комитету партии настаивал на "срочной смене главного командования" и отстранении "от работы ряда ответственных штабных работников". Данишевский вспоминал: "Я считал, что штаб в данном его составе не заслуживал больше политического доверия и что ему нельзя было доверить ведение крупнейших операций при колоссально развернувшихся фронтах". Это вполне вероятно: Данишевский никогда не доверял Вацетису; к тому же между 30 июня и 13 июля РВСР не собирался - Данишевский вполне мог находиться в Москве. К остальному пассажу воспоминаний Карла Христиановича следует относиться с особой осторожностью: они вышли в одной книге с мемуарами другого участника описываемых событий - С.С. Каменева: "Надо было поставить во главе вооруженных сил… командующего и начальника штаба, уже непосредственно, на опыте фронтового командования, доказавших умение ориентироваться в Гражданской войне и на деле изучивших стратегию и тактику противника и успешно противопоставивших этой стратегии и тактике - советские, революционные стратегию и тактику, с учетом всей особенности классовой войны". Очевидно, чтобы уловить отличие "революционной" стратегии и тактики от буржуазной, надо быть таким великим военным теоретиком, как С.И. Гусев и иже с ним, но дело не в этом - такими людьми Данишевский признал С.С. Каменева и П.П. Лебедева. Факт поездки Карла Данишевского в Серпухов для изучения обстановки подтвердил в своей статье А.А. Зданович. Исследователь в докладной записке Данишевского в ЦК: "Смену Главкома необходимо произвести в срочном порядке… Сугубо необходимо следить за всеми проживающими в квартире Вацетиса. Ремера, Стаднера и Катковича необходимо отстранить от должности коменданта и его помощников. Катковича необходимо арестовать… Обратить внимание на поездки для поручений Дылана и Эрнста Вацетиса в Москву, Костяева убрать из штаба. Изъять из ведения Главкома фонд РСФСР. Ни в коем случае нельзя допустить Костяева в Управление РВСР, а Главкома Вацетиса хотя бы консультантом в Совет Обороны или другое высшее военное учреждение. Особый отдел Полевого штаба подлежит чистке".