21 июня 1919 г. на заседании МК РКП(б) Гусев обратил внимание "на Ставку в Серпухове", где скопилось "много негодного элемента", создающего "крайне скверную атмосферу". По впечатлениям Гусева, коммунистов в ПШ было "крайне мало", лучших С.И. Аралов забрал на Западный фронт, доставшаяся в наследство "ячейка не имеет ровно никакого влияния"; серпуховские военные специалисты позволяли себе "совершенно недопустимое обращение с… коммунистами"; местная же организация коммунистов вела агитацию против Полевого штаба среди рабочих; в отделах ПШ не везде были комиссары, к тому же отдельные комиссары находились "не на высоте положения". Гусев предложил Военной организации при МК РКП(б) "твердых и надежных" коммунистов для установления строгого контроля за сотрудниками ПШ и налаживания партийной работы в серпуховском уезде, где часто происходят восстания дезертиров. Закончил Гусев обещанием переговорить о необходимости чистки Полевого штаба с Ф.Э. Дзержинским. Результатом "беседы" не могли не стать аресты: прошло менее полугода с момента изъятия чекистами контрразведки из Регистрационного управления Полевого штаба, и страсти по поводу ареста Г.И. Теодори еще не стихли. Дзержинский получил casus belli. После ареста однокурсников и соратников Теодори альтернатива ОО ВЧК была окончательно уничтожена. Связь дела Теодори с делом его коллег прослеживается по докладу И.П. Павлуновского В.И. Ленину. Павлуновский связал воедино дела генштабистов 1917 г. выпуска: "оказывается", еще в Петрограде (т. е. до мая 1918 г.) состоявших в "различных белогвардейских организациях союзнической ориентации": так, - докладывал Павлуновский, - генштабисты Н.Н. Доможиров и Б.И. Кузнецов совместно с Теодори и "Хитрово" входили в состав организации с генштабистом Поляковым во главе; "Исаев участвовал в какой-то организации, в которой состояла Кузьмина-Караваева, находившаяся в связи с Поляковской организацией".
23 июня 1919 г. Троцкий, критикуя Особый отдел Южного фронта, не отказал себе в удовольствии "приложить" Кедрова. Председатель РВСР обратил внимание ЦК через своего заместителя Склянского (тот должен был передать сообщение Е.Д. Стасовой В.И. Ленину и Л.П. Серебрякову) "на полную и безусловную негодность и даже вредность особых отделов в нынешнем составе. Во главе их стоят лица безусловно непригодные. В качестве агентов фигурируют сомнительные элементы, карьеристы, бездельники, невежи. Поскольку Особый отдел считает себя независимым от столь авторитетных органов, как Реввоенсоветы, особые отделы впадают в оппозицию, занимаются мелким интриганством. Мне неизвестны случаи раскрытия изменников, шпионов, заговорщиков особыми отделами, зато они занимаются усиленной слежкой за членами Реввоенсовета, старыми партийными работниками". К 24 июня Дзержинский уже сговорился с Бонч-Бруевичем, произведшим на него "хорошее впечатление" относительно "чистки и сокращения Полевого штаба" с 1 200 до 300 человек. Дзержинский доложил, что в связи с сокращением служащих ПШ "стоит вопрос о передислокации штаба из Серпухова в Москву". При этом уже 24 июня объединенное заседание Полит- и Оргбюро ЦК обсуждало рапорт об отставке Бонч-Бруевича, которого упавшая как снег на голову должность крайне тяготила. Генерал своим нежеланием работать "достал" и И.И. Вацетиса, и С.И. Гусева. Последний 25 июня или несколько позднее набросал и направил Ленину своеобразные "тезисы" (так окрестил текст Ленин) о Полевом штабе, в которых резко критиковал Вацетиса, выделившего себе 1 промилле работы ПШ и недостаточно умного даже для понимания невозможности "дать правильные директивы фронтам". Сам ПШ характеризовался Гусевым как "чисто бумажное учреждение", внезапное исчезновение которого фронты "даже не почувствовали бы". Досталось в "тезисах" и М.Д. Бонч-Бруевичу с его вечным нытьем по поводу назначения начальником ПШ. В результате уже 13 июля постановлением РВСР новым начальником Ставки стал генерал-майор П.П. Лебедев, которому Бонч-Бруевич сдал должность 22 июля. Павел Павлович Лебедев получил образование в Нижегородском графа Аракчеева кадетском корпусе, Александровском военном училище (1892), Николаевской академии Генерального штаба (1900, по 1-му разряду). Участник Первой мировой войны. На военной службе находился с 1890 г. (стаж в 1919 г. - 29 лет) - помощник столоначальника (с февраля 1904), и.д. столоначальника (с апреля 1904), помощник начальника отделения (с ноября 1904) Главного штаба; помощник начальника отделения (с июня 1905), делопроизводитель (с мая 1906) ГУГШ; делопроизводитель мобилизационного отдела Главного штаба (с марта 1909); делопроизводитель Мобилизационного отдела (с марта 1909); начальник отделения (с сентября 1910) ГУГШ; отбывал цензовое командование батальоном в 4-м Финляндском стрелковом полку (май - сентябрь 1912); начальник отделения Главного штаба (с января 1913);. начальник отделения управления генерал-квартирмейстера штаба Юго-Западного фронта (с сентября 1914); генерал для поручений при Главнокомандующем армиями Юго-Западного фронта; помощник генерал-квартирмейстера (с июля 1915), затем генерал-квартирмейстер штаба Северо-Западного (с сентября 1915); и.д. начальника штаба 3-й армии (с апреля 1917). Добровольно вступил в РККА. С апреля 1918 г. возглавлял мобилизационный отдел Всероссийского главного штаба, с февраля занимал должность начальник штаба Восточного фронта. После назначения начальником Полевого штаба, 12 августа 1919 г., Лебедев издал приказ об установлении нового порядка хранения секретных документов, который, без сомнения, должен был улучшить положение дел в штабе: фактически контроль за его выполнением отныне возлагался прежде всего на комиссаров штаба. Генерал сразу принялся жестко наводить порядок: 20 августа он уведомил сотрудников об увольнении телеграфистки Телеграфной конторы № 23 В.М. Козловой со службы и предании в распоряжение Особого отдела ВЧК за распространение ложных слухов о выезде ПШ из Москвы.
В июне 1919 г. генерал Федор Костяев, с подозрением относившийся к выпуску академии Генштаба 1917 г., как установил А.А. Зданович, дал следующие показания на следствии: "Вначале, по выходе из академии, этот выпуск не имел определенного лица, но впоследствии, с марта… 1918 г., в нем появилось течение, возглавляемое Теодори, с идеей создания молодого Генерального штаба… в противовес старого… Когда у Главкома появилась мысль о назначении некоторых молодых генштабистов выпуска 17 г., малоопытных, на ответственные места, я всячески этому противодействовал. Так было с назначением Исаева… на командную должность на Восточном фронте… и Доможирова… Отношение Вацетиса к выпуску 17 г. было доброжелательное, т. к. первые его сотрудники были именно из этого выпуска, и он на них смотрел, как на своих людей…"
К июлю 1919 г. генеральное наступление на военное ведомство вступило в финальную стадию: 2 июля Ленин достает "из закромов" январский доклад Антонова и передает в Реввоентрибунал. Любопытно, что в подлиннике доклада Антонова В.И. Ленин поставил - отправить в РВТР, при этом в фонде Реввоентрибунала дела о заговоре в Полевом штабе отсутствуют. Оказывается, при исполнении текст резолюции В.И. Ленина был изменен: "Отправить ВЧК к следствию над Ставкой". К.Х. Данишевский получил тем не менее копию доклада А.А. Антонова - вопрос в том - когда?