Не ранее 14 мая 1919 г. на РВС Республики и его Полевой штаб нажаловался один из лидеров РКП(б) Г.Е. Зиновьев, отписавший В.И. Ленину ответ на обвинения со стороны Совета обороны в назначении незаконной эвакуации Петрограда. В мае 1919 г. решался вопрос о перестановках в высшем военном руководстве - пока при активном участии Троцкого. В этот период резко ухудшились его (и без того натянутые) отношения с И.И. Вацетисом. 9 мая Главком направил "в собственные руки" Ленина совершенно секретный доклад, в котором предложил поставить Центральное управление по снабжению армии и Всероссийский главный штаб под контроль главного командования, а самое главное - "установить периодические заседания Совета обороны по принципиальным вопросам с обязательным моим участием". При этом Вацетис писал: "Конституцией, хотя мне и предоставлено право входить с докладом в Совет Обороны, я ни разу не получил уведомление с приглашением присутствовать в Совете Обороны при решении иногда вопросов капитальной важности для военного ведомства". Фактически Главком хотел параллельного председателю РВСР представительства в СТО. Отзыв Троцкого, полученный В.И. Лениным: "ЦУС и Всероглавштаб работают только по заданиям Реввоенсовета. Все постановления выносятся при прямом участии Вацетиса. Перемены нарядов производятся всегда с его ведома, но Главком склонен вмешиваться в редактирование газет, внутреннюю работу ЦУСа и Всероглавштаба, влиять на назначения и пр. Между тем, он и так слишком отвлечен от оперативной работы, которая страдает. В Совет обороны выносятся военведом вопросы лишь всегда согласованно с Главкомом. Никаких практических расхождений я не помню. Задача состоит в том, чтобы заставить Вацетиса от тыловой "игры" перейти к чисто оперативной работе".
К лету 1919 г. о необходимости чистки ПШ твердили его комиссары. Так, в начале июля комиссар Центрального управления военных сообщений (ЦУПВОСО) В.В. Фомин писал в ЦК РКП(б) Э.М. Склянскому: "Как всюду в частях армии специалисты - мастера военного дела в военных сообщениях - расколоты революцией на 3 неравные силы. Лучшей, небогатый численно, работает с революцией за совесть. Работает, несмотря на голод, обнищание, контраст с прошлым. Их, этих людей, несущих свои знания на алтарь освобождения человечества, нельзя не окружать любовью и уважением. Таких немного в аппарате военных сообщений. Но они есть.
Вторая группа (самая многочисленная) - несущие "большевистский гнет" по тяжкой материальной необходимости. Эти ненавидят революцию и всех иже с нею. Изуродованные… капиталом, они трусливы, как на барометре на них заметны колебания политической непогоды; они пассивно враждебны и "подкладывают свинью" (иногда) трусливо, осторожно, вопреки расчетам дня, по классовой ненависти. Они ценны лишь своим опытом, знаниями, организационным и навыками. Они не творят новых форм, несут лишь с собой традиции; они формально относятся к работе; они безучастны к ее конечному результату. Но все ж они необходимы. Заменить их некем. И поучиться классу… у них все же есть чему.
Третий слой. В большинстве сильные, смелые, враждебные. Хитрые. Шпионы. Работают по поручению еще не поверженных врагов. Собирают сведения. Передают. При отстранении стратегических резервов на фронтах и необходимости ведения войны методом переброски войск по так называемым внутренним коммуникационнымлиниям - шпионаж в органах военных сообщений приобрел первостепенное значение.
Отношения к первым двум группам со стороны прокуроров революции - военных комиссаров - явствует из самой природы этих групп… Особняком стоят шпионы и предатели. В процессе текущей работы в учреждении их нет возможности уловить, уличить. На основании массы мелких наблюдений можно лишь локализовать подозрения на определенной группе лиц. Дальше уже необходим метод бесцеремонного стыка; установление, по возможности, всех связей и знакомств, потом аресты, потом улики, потом беспощадная расправа.
Сил для осуществления этой системы борьбы с предательством в распоряжении военных комиссаров нет. Необходимо привлечение сыскных органов, в данном случае - Особого отдела ВЧК".
В подчиненных ЦУПВОСО учреждениях ситуация сложилась еще более тягостная. 10 марта 1919 г. Наркомат путей сообщения обвинил военное ведомство в "безобразно" проведенной эвакуации Уфы. В ходе расследования межведомственная комиссия установила: эвакуация "произошла действительно стихийно под влиянием сложившейся тяжелой боевой обстановки" и "медленной" реакции на происходящее начальника УВОСО Восточного фронта В.А. Жигмунта. Последний "ввиду временного формирования Особой Южной группы Востфронта, пути сообщения и перевозки которой базировались на участках Самара - Сызрань, когда обстановка требовала особо бдительного руководства… не только не считал необходимым постановить ответственное дело перевозки в определенные рамки путем назначения одного ответственного лица или точно разграничив права и обязанности четырех равнозначащих ЗА и одного 3, но на чисто деловые вопросы, требовавшие срочного разрешения или замедлял до крайности ответы или не давал таковых вовсе, стесняя в то же время инициативу деятельного, случайно находившегося в Самаре, ЗА 4-й армии партийного товарища Горескула, делая последнему необоснованные замечания и выговоры и отказываясь нередко от личных переговоров по аппарату о разрешении срочных вопросов перевозки".
По итогам Ф.В. Костяев назначил для "всестороннего обследования" работы УВОСО Восточного фронта и, в частности, начальника управления В.А. Жигмунта особую комиссию из специалистов 4-го отдела ЦУПВОСО под председательством генштаба генерал-майора В.А. Афанасьева - участника Первой мировой войны, в 1917 г. ставшего заведующим Московским районным комитетом Министерства путей сообщения по перевозкам, добровольно вступившего в РККА (в марте - апреле 1918 г. - исполняющий должность начальника восо Северного фронта, апреле - сентябре - Московского округа путей сообщения; в сентябре - октябре 1918 г. состоял для поручений при начальнике восо). В ходе расследования вскрылось, что партийный работник сделал гораздо больше будущих "контрреволюционеров" Полевого штаба для развала вверенного ему аппарата. 6 мая Костяев доложил Реввоенсовету Республики: комиссия Афанасьева, "считаясь с особенностями служебного и политического положения В.А. Жигмунта… вынуждена была в отчете изыскивать соответственные литературные формы, чтобы смягчить суровую действительность неудовлетворительной в главных чертах работы этого управления и истинную роль начальника… как в постановке дела в управлении, так и вообще в организации военных сообщений фронта". Оказалось, что лучше всего была налажена работа отделов УПВОСО, которой "наименее всего руководил" Жигмунт. Жигмунт обвинялся в "совершенно недопустимой и вредной при современных условиях" деятельности и "преступном отношении к распоряжениям Центральной власти".
Профессиональное несоответствие Жигмунта подтверждали: отсутствие его указаний отделам по ведению работы как в приказах, так и словесных; непонимание значения военной тайны и отстранение под предлогом ее соблюдения ближайших помощников от координации работы отделов "с общими задачами командования"; внесение беспорядка в приходно-расходную переписку "путем нарушения собственных отданных в приказе распоряжений"; "непонимание недопустимости… таких мероприятий, как переформирование железнодорожных продовольственных пунктов в этапы"; незнание правил ведения войскового хозяйства и отчетности; непониманием организации службы военных дорог, значения при Начальнике военных сообщений Республики Инспекции путей сообщения и т. п.
Признаки преступных деяний В.А. Жигмунта: "1) Внесение, прикрываясь политическими соображениями, настолько полной дезорганизации в работу 3 и ЗК (умышленным частым, быстрым перемещением их из одного пункта в другой, назначением на самые ответственные места ЗК лиц, не только неподготовленных, но также… полуграмотных, отсутствием поверок Управлений 3 и ЗК, неправильным распределением помощников 3 и ЗК, допущением женщин на должность конторщиков у ЗК и т. д.), что аппарат этим можно считать почти разрушенным; 2) Отсутствие какого-либо надзора за работой на головных участках ж.д.; 3) Отсутствие сколько-нибудь разработанного плана перевозок при полной возможности его подготовки, т. к. В.А. Жигмунт, судя по его словам, всегда бывает своевременно осведомлен в решениях Реввоенсовета Востфронта; 4) Отсутствие каких-либо проверок и надзора за службой на этапах в Управлениях 3 и ЗК, благодаря чему наблюдаются распущенность управлений, бездеятельность, хаос в делопроизводстве и небрежное отношение к службе… дезорганизованность службы управления передвижения войск на ж.д. была замечена предреввоенсоветом Троцким, который особой депешей отметил это явление, потребовав назначения ревизии УПВОСО Вост.