Во время Первой мировой войны, по воспоминаниям военного следователя Р.Р. фон Раупаха, "всю буржуазию приходилось силой отправлять на фронт, и не было никаких средств бороться с ее дезертирством. Она служила сторожами и писарями, устраивалась в разного рода "работавших на оборону" комиссиях и организациях и пускалась на всякие ухищрения, лишь бы избавиться от ухищрений и опасностей фронта". ПШ наследовал "славные традиции" императорского тылового организма: по наблюдениям А.А. Антонова, в нем должности регистраторов и письмоводителей занимали офицеры (капитаны, поручики), прячась на канцелярских местах от отправки на фронт (всего в начале 1919 г. в штабе служило более тысячи человек, из которых чуть более 20 - около 5 % - составляли члены партии большевиков). Причем большинство коммунистов полностью сосредоточилось на технической работе; 6–7 интеллигентов "очень часто" направлялись в служебные командировки, что не способствовало организации "регулярной партийной работы". 12 января 1919 г. А.А. Антонов предложил выход из создавшегося положения: оставить за начальником ПШ право назначать лишь на должности специалистов, право назначения на технические должности передать комиссару. Это сделает состав сотрудников Ставки менее однородным и уменьшит возможность измены: кучке в 50 военных специалистов "не на кого будет опереться, т. к. трусливая обывательская масса не пойдет на авантюру". Предложение В.И. Ленин оставил без ответа, но доклад Антонова не отправил, как он это обычно делал, с пометой "совершенно секретно" в архив, а заботливо сохранил у себя и вытащил на свет божий лишь в начале июля 1919 г. для приобщения к "следствию над Ставкой" (над "заговорщиками из Полевого штаба"). Сам факт посылки в штаб Антонова показывает, что Ленин предпринимал шаги для уничтожения возможности свержения его власти и установления военной диктатуры.
Факты по делу Троицкой свидетельствуют, что в Полевом штабе все-таки имел место шпионаж, но из них не ясно, насколько он укоренился и чем был опасен для большевистской власти. Если утечкой сведений - это одно, если возможностью военного переворота - совсем другое… На второе в принципе не похоже, однако в начале 1919 г. генерал Ф.В. Костяев отказался уволить штабную сотрудницу, фактически уличенную в шпионаже, - что оставалось думать партийным работникам? И что должен был думать В.И. Ленин, когда 17 или 18 апреля 1919 г. получил повторное "ходатайство" генштабистов об освобождении Г.И. Теодори? 12 марта 1919 г. один из старых соратников Ленина М.С. Кедров приказал арестовать Теодори по обвинению в шпионаже, основываясь на показаниях, очевидно, уже расстрелянной к тому времени Троицкой, и 6 раз допрашивал генштабиста. Еще в мартовской телеграмме однокурсника Теодори Парфения Майгура (как установил А.А. Зданович) читалась "некая угроза групповых действий… генштабистов" - выпуска академии 1917 г. А 1 апреля чекисты перехватили телеграмму из Полевого штаба однокурсникам Теодори на фронты с предложением "подписать коллективное ходатайство за Теодори, рассматривать это как коллективное действие в защиту авторитета ответственных работников". Весь выпуск дважды (24 марта и 17 апреля 1919 г.) обращался с просьбой о назначении расследования по делу их лидера непосредственно к председателю Совнаркома (!) Владимиру Ленину, причем повторное ходатайство, под личиной готовности исключить из корпуса Генштаба Теодори в случае подтверждения обвинения, фактически содержало предупреждение: отказ может осложнить и без того непростые отношения с военными комиссарами. Фактически 36 человек, занимавших важные посты в Полевом штабе, сознательно пошли с точки зрения уставных отношений на серьезнейшее их нарушение. Они допустили грубейшее нарушение субординации - подали заявление "через головы" 3-х (!) непосредственных начальников (Костяева, Вацетиса, Троцкого); более того, их заявление носило коллективный характер, что строжайше запрещается в вооруженных силах со времен Петра Великого и до наших дней. Причем они и подали "коллективку" напрямую Ленину, т. к. прекрасно понимали, что дальше Костяева это не пойдет, а сам генерал, вероятно, отдаст их за нее под суд. В принципе такое "ходатайство" вполне можно расценивать как ультиматум. Это была игра ва-банк. А такие люди, как Ленин, иногда откладывали месть в долгий ящик, но никогда не забывали подобных "ходатайств".
Вацетис подлил масла в огонь, лично вступившись 18 апреля за незаконно арестованных Теодори, "обвинение" которого (прямо заявил Вацетис со ссылкой на заместителя Кедрова А.В. Эйдука) создали по приказу М.С. Кедрова, и В.В. Хрулева, осужденного на 5 лет лишения свободы в то время, как "виновные преступления отделались только выговором". Главком доложил председателю Совнаркома о нехватке в штабах лиц с "военно-научной подготовкой"; штатный некомплект генштабистов составлял, по утверждению Вацетиса, 70 % в среднем и 82 % (!) на фронте. К тому же большевистским руководством, по заявлению Главкома, не всегда уделялось "должное внимание" подбору и расстановке военных комиссаров, многие из которых превращали контролирование в "назойливое приставание". Все комиссары Полевого штаба обвинялись Вацетисом в наклонности обличать в контрреволюционности какого-нибудь генштабиста. Вацетис в докладе Ленину предстает во всей красе: как человек, с одной стороны, кристально честный, порядочный, не сдающий преданных ему людей, с другой - не склонный к соблюдению субординации. Опять-таки Главком был обязан либо доложить вопрос Троцкому лично и ждать его письма Ленину, либо, в крайнем случае, поставить вопрос на заседании Реввоенсовета Республики и тогда от лица этого органа направить доклад Совету обороны в расчете на его председателя.
Иоакима Вацетиса можно понять. Он отмечал в 1919 г. "совершенно незаслуженное недоверие, с каким до сих пор относятся к тем бывшим офицерам Генерального штаба, которые находятся в рядах Советской (Красной. - С.В.) армии. Это недоверие сказывается на каждом шагу и создает чрезвычайно тяжелую обстановку для работы. Между тем, не все комиссары отличаются соблюдением должного такта; даже в Полевом штабе недавно был случай, что в то время когда я сам сидел… в кабинете начальника Полевого штаба, старший комиссар Полевого штаба позволил, не сказав ничего мне и начальнику штаба, грубо ворваться в оперативное отделение представителям ВЧК и в самой грубой форме, в штабе же, во время работы арестовать бывшего офицера Генерального штаба. Подобная бестактность произвела настолько сильный перебой в настроении всех, что никакая работа не могла быть продолжена… впоследствии оказалось, что этот бывший офицер Генерального штаба был арестован совершенно невинно. Мало того, здесь были явные признаки измывательства именно над офицером Генерального штаба, так как оказалось, что он должен был быть лишь свидетелем по делу другого лица и в этой роли смело мог быть вызван в ВЧК в Москву для дачи показаний в ординарном порядке, однако почему-то распорядился председатель Особого отдела (заведующий ОО ВЧК М.С. Кедров. - С.В.) непременно этого офицера Генерального штаба арестовать, посадить в тюрьму и в тюрьме допрашивать в качестве свидетеля". Несколько случаев перехода генштабистов к белым Вацетис объяснял притеснением их комиссарами: каждый офицер ПШ "находится в положении какой-то Валаамовой ослицы, которая подвергалась побоям исключительно по вине того, кого она возила".