К тому же после создания в сентябре 1918 г. нового высшего военного органа - Революционного военного совета Республики - во главе с Львом Троцким началась перетряска аппарата военного управления. В частности, высшее военное руководство планировало влить Оперативный отдел Наркомвоена во Всероссийский главный штаб (Всероглавштаб). В случае такой реорганизации генштабисты 1918 г. выпуска попадали в подчинение тем старым генштабистам, с которыми они ожесточенно боролись вот уже около полугода. 11 сентября Теодори заявил высоко ценившему ему Главнокомандующему всеми вооруженными силами И.И. Вацетису: "Я прошу категорически не соглашаться на влитие Оперотдела во Всероссийский главный штаб, ибо это равносильно уничтожению инициативной группы работников, которая растворится в массе саботантов, а потом нас постепенно рассеют или заарестуют… Особенно остро в случае передачи Оперотдела во Всероссийский главный штаб станет вопрос с разведывательным, военным контролем, оперативным и учетным отделениями… Если же все интриги и старания отдельных групп увенчаются успехом, то, безусловно, работать во Всероссийском главном штабе мы не будем, дабы не нести нравственную ответственность за тот характер работы, который там идет и будет идти. Предпочитаем тогда уйти в сторону от работы, ибо тогда фактически выяснится, насколько необходима была продуктивная работа отдела, та энергия и способность к творчеству и созидательному труду, которая за эти 2–3 месяца могла уже перейти к исполнению элементарных военных требований". Рассказ Теодори полностью подтвердил сам А.А. Свечин в "Автобиографии". Генерал в 1935 г. (!) указал, что до марта 1918 г. он был "враждебно настроен к Октябрьской революции". В марте он присутствовал на совещании в Смольном, после которого и поступил на службу в советское военное ведомство. Когда Свечин занимал должности в Смоленском районе Завесы, он столкнулся с "местными коммунистами, которые не выполняли приказов центра, которые я послушно проводил в жизнь. Напряженность этих отношений заставила меня согласиться на предложение Троцкого - принять должность начальника Всероссийского главного штаба. Эта должность занималась мной с марта по ноябрь 1918 г. Я держался по всем вопросам диаметрально противоположного мнения по сравнению с Главнокомандующим Вацетисом. Троцкий всегда поддерживал последнего. Это обстоятельство и убедило меня в безнадежности моей работы и вынудило просить меня заменить другим, более пригодным и покладистым человеком". Здесь нужен комментарий: И.И. Вацетис стал Главнокомандующим Восточным фронтом (по сути Верховным, т. к. именно на Восточном фронте решалась судьба революции) в июле 1918 г., причем в этот период сам Троцкий назвал его кандидатуру на пост Главкома "смехотворной". Дело в том, что "гений" Вацетиса был хорошо известен Троцкому: еще в начале июля 1918 г. на секретном заседании о судьбе отдела всеобщего военного обучения он предстал во всей красе. Вопреки общему решению об оставлении отдела в структуре Всероссийского главного штаба, заведующий отделом Л.Е. Марьясин, И.И. Вацетис и Туровский остались при особом мнении: отдел не должен входить в состав штаба. При этом Марьясин и Туровский, отстаивая свои интересы, предлагали непосредственно подчинить отдел наркому по военным делам, а Иоаким Вацетис, по добродушному заявлению Льва Марьясина, "настаивал даже на образовании из него особого народного комиссариата". Естественно, характеризуя кандидатуру Главкома как смехотворную, Троцкий не кривил душой: во-первых, позиция говорит о наивности Вацетиса, во-вторых, совершенно очевидном, непонимании линии наркома - на максимальную централизацию государственного (в частности, военного) аппарата. Следовательно, описываемая Свечиным ситуация, скорее всего, сложилась уже после создания Реввоенсовета Республики. Слияние Оперода со Всероглавштабом не состоялось. Теодори сотоварищи удалось отстоять свое положение в советском военном ведомстве.
В конце лета - начале осени 1918 г. из центрального военного аппарата офицеров и военных чиновников в больших количествах отправляли на фронт. Казалось бы, чаша должна была не миновать и Красную Ставку. Но бюрократическая логика оказалась сильнее распоряжений военно-политического руководства. 30 сентября приказом по Штабу Реввоенсовета Республики - одному из двух составляющих будущего Полевого штаба - на фронт отправили по 9 кадровых (в чинах от прапорщика до капитана, в т. ч. племянника Управляющего делами Совнаркома Владимира Бонч-Бруевича подпоручика Константина Михайловича Бонч-Бруевича) и "военного времени" офицеров, 12 писарей, 2 унтер-офицеров и 1 "совершенно не служившего" (всего 33 человека). Но при этом оговорили, что по штату полагается иметь в штабе 211 человек и потому можно "командировать обратно в Штаб 24 бывших офицеров и чиновников и 24 бывших унтер-офицеров и лиц прочих категорий", а потому все призванные на основании 1 пункта приказа "подлежат возвращению на службу в. Штаб, так как уход этих лиц может неблагоприятно отразиться на работе… Штаба". Приказание исполнено, а люди остались на своих местах.
14 октября Реввоенсовет телеграфировал Л.Д. Троцкому, что вследствие болезненного состояния капитана, выпускника ускоренных 6-месячных курсов Генштаба 1918 г. Парфения Майгура, его неопытности и недостатка знаний Иоаким Вацетис избрал на ответственную должность начальника Штаба РВСР генерала Федора Костяева. Последнего срочно вызвали в Арзамас (место дислокации РВСР) для получения указаний. РВСР обсудил кандидатуру Костяева и "всецело" согласился на его назначение, "преследуя пользу делу". Реввоенсовет просил Троцкого дать свое согласие на назначение и получил в ответ: "Я указывал на малую подготовленность Майгура на должность начальника Всероссийского Полевого штаба, но не желал стеснять Главкома в выборе ближайших сотрудников. Того же правила держусь и сейчас. Против Костяева не возражаю. Его политическая физиономия мне неизвестна, и с этой стороны ответственность возлагается на тов. Данишевского, Кобозева и Смирнова. Одновременно обращаю внимание на то, что предписания комиссарам, касающиеся их назначения и перемещения, посылаются приказами, подписанными на первом месте Главкомом. Предлагаю устранить. Непосредственная ответственность за комиссаров лежит на тов. И.Н. Смирнове как заведующим Политическим отделом. Ему и надлежит первым подписывать подобные телеграммы. Обращаю далее внимание на то, что Аралов назначен комиссаром Полевого штаба и вопрос о заведующем Разведывательным управлением остался открытым. Тов. Механошин выдвигал кандидатуру тов. Склянского. Между тем везде и всюду начальником и за начальника Управления делами подписываются Аралов, Павулан, Гиршфельд и всякий, кому не лень. Предлагаю прекратить этот маскарад, компрометирующий высшее военное учреждение в Советской Республике". Таким образом, подбор и расстановка руководящих кадров Ставки происходили в условиях, когда еще не были определены основные руководители аппарата Реввоенсовета Республики.
Итак, начальником Штаба РВСР, а затем и Полевого штаба стал 40-летний генерал-майор старой армии Ф.В. Костяев - из дворян, выпускник Оренбургского Неплюевского кадетского корпуса, Николаевского инженерного училища (1899) и Николаевской академии Генштаба по первому разряду (1905), находившийся на военной службе с 1896 г. (стаж - 22 года). Участник Русско-японской войны 1904–1905 гг. Добровольно вступил в РККА в марте 1918 г., скорее всего рассчитывая на возобновление войны с Германией - начальник штаба Псковского района, затем начальник 2-й Петроградской дивизии (май - июнь 1918), инспектор по формированию и помощник военрука Петроградского района (июнь - сентябрь 1918 г.), до назначения начальником ПШ - начальник штаба Северного фронта.
Георгий Теодори приступил к организации Полевого штаба 16 октября 1918 г.