В конце учебного года, 6 мая 1904 года, вице-адмирала Г.П.Чухнина назначили главным командиром Черноморского флота и портов Черного моря. 19 мая он прибыл в Севастополь. Вскоре личный состав флота убедился, что адмирал Чухнин стремится развивать в офицерах и нижних чинах личную инициативу и распорядительность. Став главным командиром флота на пороге революционных волнений, обладая твердым характером и сильной волей, адмирал стремился поддерживать на флоте порядок и дисциплину, но остановить надвигающийся вал революционных событий он уже не смог. Черноморский флот непосредственно участия в шедшей на востоке войне не принимал, но постоянно питал своим кадровым составом, уходящие на Дальний Восток балтийские эскадры. Некомплект команды на кораблях пополнялся запасными и новобранцами, что резко снизило уровень боевой готовности флота и способствовало быстрому распространению революционных идей. Выводя в море Практическую эскадру, Г.П.Чухнин за три недели плавания убеждается в плохой подготовке всего личного состава. Эпизоды, с которыми ему пришлось столкнуться, совершенно не укладывались в элементарные понятия о службе: "Во время ночной тревоги по сигналу личный состав на флагманском корабле не высказал подготовленности; нижние чины, были не в духе, что их беспокоили, были апатичны и даже не все были на своих местах; правда, была дурная погода, ветрено и мокро; видимо, они к таким тревогам не приучены. Суда управлялись и маневрировали неудовлетворительно, вахтенные офицеры и сигнальщики часто неправильно понимали смысл флажных сигналов".
Зрела политическая гроза 1905 года и первый шквал ее пронесся над Севастополем 3 ноября 1904 года. Накануне гражданские власти предупреждали командира главного командира о возможных волнениях портовых рабочих, и Чухнин запретил 3 ноября все увольнения в город из казарм флотского экипажа. Однако это распоряжение вовремя не получили во всех экипажах, в результате этого произошло массовое открытое неповиновение. Когда был вызван вооруженный караул для наведения порядка, в него полетели камни. Реакция адмирала была мгновенной: к вечеру 4 ноября арестовано несколько сот человек, и 35 из них предстали военному суду. В январе 1905 года пять матросов приговорили к каторжным работам, 23 – к заключению в арестантские роты и дисциплинарный батальон, 7 человек оправдали. Мало кто на флоте считал бунт матросов организованным выступлением. Г.П.Чухнин, располагая большей информацией, не питал иллюзий в отношении его инициаторов. В телеграмме управляющему Морским министерством от 6 ноября он сообщил: "Из предварительного дознания выясняется, что беспорядки в казармах имеют серьезный характер. Были подготовлены. Принимало участие несколько тысяч. Можно опасаться при подстрекательстве революционной партии повторения в худшем виде". Адмирал оказался прав, и летом и осенью 1905 года произошла серия мощных вооруженных выступлений матросов Черноморского флота.
Восстание на броненосце "Князь Потемкин Таврический" (14–24 июня 1905 года) застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана Практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего "Потемкина" около Одессы. Под своим началом Г.П.Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших, однако "Потемкин" к этому времени уже прибыл для интернирования в Констанцу. Никакого, даже отдаленного сочувствия к командам, поднявшим красный флаг, Чухнин не испытывал. Отсюда быстрые и решительные действия по подавлению матросских выступлений.
До осени Г.П.Чухнину удавалось контролировать ситуацию на Черноморском флоте. Где уговорами, где силой вице-адмирал сдерживал натиск революционного движения. Осенью 1905 года началось Севастопольское восстание. Первыми поднялись береговые части, за ними крейсер "Очаков". Ситуация для Чухнина была крайне острой, революционная агитация парализовала целые корабли. Вот тут-то и сказался еще один талант вице-адмирала – талант оратора и полемиста. Не страшась возможных покушений, Г.П.Чухнин объезжает корабли, выступает перед командами, убеждает сомневающихся, ободряет робеющих. По отзыву слушавших его знаменитые монологи, после выступлений Чухнина матросы плакали, а самого адмирала провожали с кораблей криками "Ура!". С восставшим "Очаковым" адмирал расправился быстро, решительно и жестоко, стремясь не дать развернуться революционному брожению по всему флоту. Николай II благодарил вице-адмирала за усердие в борьбе с врагами империи, революционеры – заочно, приговорили к смерти.
Г.П.Чухнин прекрасно понимал непопулярность своей политики и ясно сознавал свое одиночество перед лицом почти, что всего русского общества. В донесении от 17 ноября он писал: "Мы победили здесь революцию, за что на наши головы посыпятся проклятья со всех сторон, во всех газетах и устно на всех перекрестках, но не возвысятся русские голоса в одобрение или поддержку борцов за целостность государства". Абсолютная неспособность понять противоположную сторону была характерна не только для сторонников старого режима, но и для защитников "Новой жизни", в полной мере обнаруживших свою непримиримость двенадцать лет спустя. Именно в Севастополе в 1905 году впервые столкнулись в грозном поединке две русские правды, именно здесь – начало гражданской войны, то утихавшей, то вновь разливавшейся морем крови до самого 1920 года.
После расправы и судов над восставшими Центральный комитет партии социалистов-революционеров приговорил адмирала Г.П.Чухнина к смертной казни. На адмирала началась настоящая "охота", к которой подключился и "первый террорист России" Борис Савенков. Рассматривались варианты покушения на адмирала в городе, в штабе Черноморского флота и в летней резиденции командующего – даче "Голландия" на Северной стороне, на берегу бухты, где с начала зарождения Черноморского флота и с основания города находились склады корабельного леса. Дача принадлежала Морскому ведомству, при ней находился большой фруктовый сад. Г.П. Чухнин был разносторонним человеком: хорошо рисовал, знал английский язык и очень любил садоводство.
Первое покушение на Г.П.Чухнина было неудачным. По приговору Боевой Организации партии социалистов-революционеров, 23-летняя Екатерина Измайлович, дворянка, дочь русского генерала, младшая сестра другой известной революционерки Александры Измайлович. За две недели до выстрелов младшей сестры, 14 января 1906 г., Александра стреляла в минского полицмейстера Норова: пуля пробила воротник главного минского жандарма, но сам он остался невредим. 27 января Екатерина Измайлович, назвавшись дочерью адмирала Чалеева, записалась на прием к командующему. Она просила выслушать ее по делу о пенсии вдове капитана II ранга Славочинского, бывшего командира минного транспорта "Буг", погибшего во время ноябрьского восстания в Севастополе. Кратко изложив просьбу, она неожиданно достала браунинг и четырежды выстрелила в Г.П.Чухнина, но только легко ранила его.
После первого выстрела адмирал сумел отвести от себя пистолет, схватив женщину за руку, и остальные пули прошли мимо.