В конце XV – начале XVI века в связи с усилением католиков в Литве происходит эмиграция части русской православной знати из Литовской Руси в Московию, что способствовало захватам Москвой литовско-русских земель. В 1514 году после долгой войны Москва захватила у Литовской Руси Смоленск, а также Вязьму, Чернигов, Гомель, Брянск, Путивль. Василий III также лишил земель и городов князей верхнеокских княжеств, немного ранее добровольно присоединившихся со своими территориями к Московии. Многие из них теперь горько пожалели о том, что изменили Литовской Руси, польстившись на московские посулы, но было поздно! При Василии III главными врагами Московии остаются Литва и Крым (бывший до того полвека стратегическим союзником Московской Руси против Вильно и Сарая), с которым идёт борьба за влияние в Поволжье и, в частности, в Казани. Решается вопрос о том, кому – Бахчисараю или Москве – быть главным преемником и наследником Золотой Орды. По повелению Василия III на дальних южных рубежах Московской Руси строятся крепости, призванные защитить столицу от набегов крымцев и казанцев: Калуга, Тула и Зарайск.
В отношении церкви, своих братьев и бояр Василий III вёл себя, как настоящий необузданный деспот. Своих противников он безжалостно казнил или постригал в монахи. Обычным делом стали "опалы" – удаление того или иного князя или боярина от двора с конфискацией его имущества в пользу великого князя. Церковь уже почти не рисковала пользоваться своим древним правом "печалования" за опальных или осуждения неправедных поступков кровожадного государя.
Когда Василий III, страстно желая произвести на свет наследника, развёлся со своей женой Соломонией Сабуровой, с которой до того прожил в счастливом браке двадцать лет (обвинив её в бездетности), принципиальные священники нестяжатели: Вассиан Патрикеев и Максим Грек выступили с осуждением государя, грубо поправшего церковные каноны. Нестяжатели были немедленно разгромлены, многие бояре казнены – государь показывал свои крутой нрав. Теперь уже никто и ни в чём не должен был перечить ему. Его братья, которым он, сам дважды женатый, воспретил жениться, робко сидели на своих последних уделах, ожидая репрессий. Всякая возможность диалога между государем и боярами окончательно исчезла. По словам боярина Берсеня Беклемишева, неосторожно сказанным в частной беседе с Максимом Греком, ныне "государь, запершись сам третий у постели, всякие дела делает" (то есть решает всё с парой приближённых), не желая более советоваться с боярами и не терпя возражений. За такие речи против государя Беклемишеву отрубили голову. Назревали новые конфликты между недовольными боярами и великим князем (опиравшимся на иосифлянскую церковь и дворянство).
Когда Василий III в 1533 году умер, его вторая молодая жена, ставшая правительницей Московии, Елена Глинская (1533–1538) начала своё правление вполне традиционно: с ареста и убийства двух последних братьев своего мужа (князей Андрея Ивановича и Юрия Ивановича) и уничтожения их удельных княжеств. Жестокая логика борьбы за самодержавную власть неумолимо вела к самоистреблению членов московского княжеского рода (а затем – к его вырождению и угасанию). Правительство Елены Глинской провело денежную реформу, введя на Руси единую денежную систему и ликвидировав монетные дворы по чеканке денег в отдельных землях, захваченных Москвой, Главной денежной единицей Руси надолго стала копейка (на ней был изображен всадник с копьем), равная двум деньгам и четырём полушкам.
Итак, начатое Иваном Калитой в начале XIV века дело было в общем закончено двести лет спустя его прапраправну-ком и тёзкой Иваном III. Окончательно определился новый вектор русской истории. Москва полностью подчинила себе всю Северо-восточную Русь, освободилась из-под обломков рухнувшего татарского ига, осознала себя "Третьим Римом" и начала наступательное движение против Литовской Руси, претендуя на все русские земли. Успеха усиливающегося и централизующегося Московского государства были оплачены разрушением общества, разорением страны и порабощением населения. Вся история возвышения Москвы и создания Московского государства – это история последовательного насильственного разрушения существующих общественных структур и их замены государственным управлением "сверху вниз", история движения от древнерусских традиций общественной жизни – к ордынским (и, отчасти, византийским), история введения новых обычаев под видом восстановления "старины".
Независимое централизованное русское государство во главе с Москвой было создано. "Издержками" этого процесса и платой за него явилось формирование новой – деспотической политической системы, уничтожение общественных связей и институтов, порабощение личности государством (именно в конце XV века на Руси впервые появляется само слово и понятие "государство", от слов "государь, господин", и Москва становится "русским государством", "Залесская Орда" – "Третьим Римом"), уничтожение былых корпоративных, сословных и городских вольностей и прав.
Если к началу XVI века в Западной Европе крепостная зависимость крестьян была уничтожена, на Руси она лишь начинает формироваться. Если Западная Европа этого времени представляла из себя общество "цветущей сложности", общество пёстрое, живое, динамичное – с многообразными и уравновешивающими друг друга социально-политическими субъектами (король, церковные феодалы, города, аристократия) и с более или менее чётко очерченными правами, привилегиями, необходимостью договариваться между собой (что привело к появлению сословного представительства и "аммортизировало" наступающий абсолютизм), то Московия начала XVI века представляла собой монолитное общество с одним субъектом политики – самодержавной властью государя (собственника всей земли и главы церковной власти), с подчинённой его произволу церковью, ликвидацией последних уделов, уничтожением городского самоуправления и ограничением боярской аристократии. Эта исключительная роль военно-бюрократического, освящённого церковью, самодержавного государства станет важнейшей и определяющей чертой последующей русской истории (с XIV по XX века). А созданное в этот период государство, скроенное по ордынско-византийскому имперскому образцу, встанет на путь непрерывного внутреннего и внешнего роста – завоеваний окрестных земель и усиления гнёта над собственным населением. А.И. Герцен писал в середине XIX века о процессах века XV: "События сложились в пользу самодержавия, Россия была спасена, она стала сильной, великой, – но какой ценой? Это самая несчастная, самая порабощённая из стран земного шара; Москва спасла Россию, задушив всё, что было свободного в русской жизни".
При этом в этот период начинается тотальное и роковое политическое, социально-экономическое и культурное отставание Руси от Европы, её превращение в периферию, выносящую на своих плечах (наряду с другими периферийными землями) все издержки экономического роста капиталистического Запада и поставляющую ему сырьё (зерно, меха, лён, воск, пеньку, лес). По мнению Б. Кагарлицкого, лозунг: "Москва – третий Рим" выполняет "роль идеологической компенсации. Чем более Россия становилась периферией мировой системы в реальности, тем более старалась она заявить о себе как о центре мира на уровне культуры…" Эта концепция была призвана "(вопреки сокращающимся возможностям в реальном мире) утвердить символическое значение России как ведущей европейской державы", будто бы восходящей ещё к Римской империи.
По справедливому замечанию Б. Кагарлицкого (и вопреки господствующим по сей день мифам): "Не Москва объединила "русские земли", а земли, объединённые вокруг Москвы, стали впоследствии Россией. Вот почему Россия в XIV–XV веках смещается на восток". Основой новой этнической, культурной и политической идентичности стали ордынский деспотизм, византийский мессианизм и цезарепапизм, православие (воинственно настроенное в отношении любого диалога с ненавистным "латинством"), резкое противостояние Руси Литовской, а затем и новая религиозно-политическая мифология, воплотившаяся в концепции "Москва – третий Рим".
В середине XVI века английский посол Джильс Флетчер напишет о московитах: "Правление у них чисто тираническое: все действия клонятся к пользе и выгодам одного царя и, сверх того, самым явным и варварским образом". По словам историка А.Л. Юрганова: "В формуле "яз холоп твой" отражена история становления деспотического самодержавия, становления власти, не имеющей границ. Поэтому отношение всего класса русских феодалов с великим князем (царём) можно обозначить "государь-холоп"".
Даже удельные князья часто спешили распрощаться с остатками независимости (очень небезопасной), променяв её на "тёплое местечко" в Боярской Думе, в роли "слуг" великого князя.
Сравнивая домонгольскую и послемонгольскую Русь, можно отметить, что в конце XV века европейцам открылось новое огромное самостоятельное государство, которое было мало похоже на свою предшественницу – Киевскую Русь, намного меньше, чем Русь Литовская. Домонгольская Русь – коллективное владение княжеского рода, где действует система "лествичного права". Все князья в принципе были равны (хотя имелись и "старшие"). В городах были веча и они активно влияли на ситуацию. Существовали различные региональные традиции и особенности. Бояре были аристократами, хозяевами своих вотчин. Дружина могла отказать князю в повиновении и заключала с ним договор. Всё в обществе строилось на договорных и федеративных принципах. У каждой категории населения были свои права и привилегии.