После этого события Парацельс вновь вернулся к бродячей жизни, странствуя по стране, как в юности, останавливаясь в деревенских харчевнях и ночуя на постоялых дворах. За ним следовали многочисленные ученики, привлекаемые или жаждой познания, или желанием овладеть его искусством и использовать последнее в своих целях. Самый известный из них - Иоганн Опорин, который в течение трех лет был его секретарем и ассистентом, а впоследствии стал профессором греческого языка и знаменитым издателем, книготорговцем и печатником Базеля. Парацельс более чем неохотно раскрывал свои секреты, и Опорин позже весьма неодобрительно отзывался о нем в связи с этим, чем сыграл на руку его врагам. Но после смерти Парацельса он жалел о своем неблагоразумии и выражал преклонение перед учителем.
В 1528 г. Парацельс приехал в Кольмар, а в 1529 и 1530 гг. посетил Эсслинген и Нюрнберг. "Настоящие" врачи из Нюрнберга ославили его как мошенника, шарлатана и самозванца. Чтобы опровергнуть их обвинения, он попросил городской совет доверить ему лечение нескольких пациентов, чьи болезни считались неизлечимыми. К нему направили несколько больных слоновой болезнью, которых он излечил за короткое время, не прося никакой платы. Свидетельства этого можно найти в городском архиве Нюрнберга.
Но этот успех не изменил жизнь Парацельса, которому, казалось, была предначертана судьба скитальца. В 1530 г. мы видим его в Нердлингене, Мюнхене, Регенсбурге, Амберге и Мерано, в 1531 г. - в Халле, а в 1535 - в Цюрихе. После этого он побывал в Мерене, Каринтии, Крайне и в Венгрии и в итоге осел в Зальцбурге, куда был приглашен герцогом Эрнстом, пфальцграфом Баварским, большим любителем тайных наук. Там Парацельс наконец смог увидеть плоды своих трудов и обрести славу.
Но ему не суждено было долго наслаждаться столь заслуженным покоем: 24 сентября 1541 г. после непродолжительной болезни он умер (в возрасте 48 лет и трех дней) в маленьком номере гостиницы "Белая лошадь", что на набережной, а его тело было похоронено на кладбище св. Себастьяна. Обстоятельства его смерти до сих пор не ясны, но самые последние исследования подтверждают версию его современников, согласно которой Парацельс во время званого обеда подвергся вероломному нападению бандитов, нанятых кем-то из лекарей, его врагов, и в результате падения на камень проломил череп, что спустя несколько дней и привело к смерти. Немецкий врач С.Т. фон Земмеринг обследовал череп Парацельса, который благодаря его необычному строению невозможно спутать ни с каким другим, и заметил трещину, проходящую через височную кость (череп часто трогали, и с течением времени она увеличилась и стала хорошо заметна). Он уверен, что такая трещина могла возникнуть только при жизни Парацельса, поскольку кости твердого, но старого и высохшего черепа нельзя было бы разделить подобным образом.
Останки Парацельса были эксгумированы в 1572 г. во время перестройки здания церкви св. Себастьяна и перезахоронены за стеной, что окружает двор перед часовней св. Филиппа Нери, пристроенной к церкви, там, где сейчас стоит памятник ему. В центре разрушенной пирамиды из белого мрамора имеется углубление с его портретом, а выше - надпись на латинском языке:
Philippi Theophrasti Paracelsi qui tantam orbis farnam ex auro chymico adeptus esf effigies et ossa donee rursus circumdabitur pelle sua. - Ion. cap. xix.
Под портретом написаны следующие слова:
Sub reparatione ecclesiae MDCCLXXII. ex sepulchrali eruta heic locata sunt.
На основании памятника имеется надпись:
Conditurhic Philippus Theophrastus insignis Medicinae Doctor qui dira ilia vulnera Lepram Podagram Hydropsin aliaque insanabilia corporis contagia mirifica arte sustulit et bona sua in pauperes distribuenda locandaque honoravit. Anno MDXXXXI. Die XXIV. Septembris vitam cum morte mutavit.
Под этой надписью виден герб Парацельса в виде серебристого луча, на котором расположены один за другим три черных шара, а внизу стоят слова:
Pax vivis requies aeterna sepultis.
На черной доске в левой части памятника имеется перевод этих слов на немецкий язык. Две последние надписи явно были перенесены с первоначального памятника, а та, что относится к портрету, была добавлена в 1572 г.

Такова судьба бренных останков Парацельса. Но древняя легенда говорит о том (и это же подтверждают мудрые), что его астральное тело уже во время земной его жизни стало самосознающим и независимым от физической формы и что ныне он является адептом и живет вместе с другими адептами того же ордена в некоем месте в Азии, откуда все еще (незримо, но, тем не менее, реально) влияет на умы своих последователей, появляясь перед ними иногда даже в видимом и осязаемом обличьи.
Умирая, Парацельс почти не оставил земных сокровищ, однако его наследие, воплощенное в книгах, огромно и нетленно. Этот выдающийся человек, один из самых удивительных представителей человечества всех времен, имел множество восторженных последователей. Но завидовавших и потому ненавидевших его было все же больше. У него было много врагов, ибо он ниспровергал косность и консерватизм лекарей-ортодоксов и представителей спекулятивной философии своей эпохи, провозглашал новые и потому нежелательные идеи и защищал свой образ мысли в манере скорее резкой, нежели мягкой.
Предвзятый взгляд мог увидеть в Парацельсе лишь исступленного фанатика и шумного гуляку, а его ярые приверженцы воспринимали его как бога и короля всех мистерий, как повелителя духов. Ему суждено было быть неправильно оцененным как друзьями, так и врагами; одни преувеличивали его достоинства, другие - недостатки. Его осуждали и обливали грязью одни невежды и превозносили другие, и обе стороны доводили друг друга до бешенства безудержными восхвалениями и низкими обвинениями в его адрес, чрезмерность которых была очевидна всем, кроме них самих. Те историки, которые резко критиковали характер Парацельса, забывали учесть обычаи и традиции современной ему эпохи, особенности его окружения и его бесконечные странствия. Теперь, когда ожесточенная борьба мнений утихла, мы можем беспристрастно взглянуть на прошлое и, изучив труды Парацельса, а также работы его критиков и биографов, прийти к выводу, что он является одной из величайших и грандиознейших фигур всех времен. Его работы - неисчерпаемый кладезь знаний, в них заложено огромное количество семян, из которых, попади они в руки достойных садовников, могут произрасти великие истины; многое из того, что сегодня толкуется превратно и отрицается, грядущие исследователи извлекут на свет и, придав достойную форму, поместят в основание духовного храма Мудрости.
Произведения Парацельса отличает краткость и четкость выражения мысли. В этом их можно сравнить с некоторыми трудами Фалеса, Гераклита, Пифагора, Анаксагора, Гиппократа. Его высказывания лишены двусмысленности, и, если мы последуем обозначенными им путями, в то же самое время продвигаясь вперед вместе с естественными науками, в тех местах, куда он указывал своей волшебной палочкой, мы обнаружим драгоценнейшие сокровища.
Парацельс был христианином в истинном смысле слова и всегда стремился подтвердить свои доктрины цитатами из Библии. Он спрашивает:
"Что есть философия, не подкрепленная духовным откровением? Моисей не пытался учить физике (науке о природе); он писал в теологическом ключе, стремясь воздействовать на чувства и пробудить веру простых людей, и, быть может, сам не понимал физики. Ученый, в противоположность богослову, вовсе не доверяет своим чувствам, а верит лишь в свои опыты, ибо естественные науки имеют дело с явлениями, а не с верою. Иудеи, сверх того, были мало сведущи в естественных науках: народ этот всегда был невежественнее других в этом отношении".
"Вера есть сияющая звезда, ведущая честного искателя к тайнам природы. Ты должен искать свою точку опоры в Боге и уповать на святую, искреннюю, чистую и сильную веру, быть верным ей всем сердцем, душою, чувствами и мыслями, исполненными любовью и доверием. Если есть у тебя такая вера, Бог (Мудрость) не лишит тебя Своей истины, но обнаружит пред тобою Свое присутствие достоверно, зримо и ободряюще".
