В июле и августе 1943 г. английские и американские войска начали бомбардировки и воздушные налеты на удерживаемые японцами острова в южной части Тихого океана. Кроме того, союзные войска высадились и взяли остров Кыска (Алеутские острова) и остров Велья-Лавелья (Соломоновы острова). В то же время Япония продолжала закрывать глаза на движение советских судов между территорией США и крупнейшим советским портом Владивосток на Дальнем Востоке. Тем самым Япония позволяла укреплять врага своего союзника – Россию и продолжала так поступать до тех самых пор, пока этот союз не прекратил свое существование как военная сила. Официально советская сторона не делала ничего, что могло бы нарушить хрупкий нейтралитет Японии. Япония даже закрывала глаза на тот факт, что 125 судов грязно-серого цвета, регулярно совершавшие рейсы через проливы между удерживаемыми Японией Курильскими островами, а также через пролив Лаперуза (отделявший японскую южную часть Сахалина от японского же острова Хоккайдо) в советские порты, были судами, переданными Советскому Союзу по ленд-лизу, что нарушало и без того не существовавший на практике русско-японский нейтралитет. Более 940 советских и арендованных советской стороной судов покинули американское тихоокеанское побережье с июля 1943 г. по сентябрь 1945 г. Они перевезли в период работ по Третьему протоколу в советские порты через воды Японии 2 769 760 тонн грузов. Еще 4 317 600 тонн грузов было перевезено в рамках Четвертого протокола и позднее. Таким образом, общий тоннаж перевезенных здесь грузов за два последних года войны составил 7 087 360 тонн.
В декабре 1944 г., когда немецкая оборона в Италии прогибалась под натиском войск союзников, 1-я армия США временно была ошеломлена последним в конечном итоге неудачным наступлением войск Гитлера в Арденнах. Красная армия в это время вела бои за Будапешт, и у гитлеровской Европы больше не было сил продолжать борьбу за Средиземное море. Судоходство союзников через проливы Дарданеллы и Босфор протянулось в Черное море, и тем самым был открыт новый маршрут доставки в Советский Союз грузов по ленд-лизу. В январе 1945 г. сюда пришли семь транспортных судов, а до апреля их количество достигло двадцати. В мае, после победы в Европе, количество судов сократилось, так как Соединенные Штаты приняли решение продолжить в рамках ленд-лиза снабжение только советских войск на Дальнем Востоке, сосредоточенных против Японии. Всего с января по сентябрь 1945 г. в портах Черного моря пришвартовались 78 судов, которые доставили в Советский Союз 762 720 тонн грузов.
Другие суда с предназначенными для России грузами воспользовались летними месяцами с июня по сентябрь, чтобы отважиться пройти в Северный Ледовитый океан через Берингов пролив, совершив плавание через Чукотское море, Восточно-Сибирское море, море Лаптевых и Карское море. Они прибыли в полярные порты, такие как Амбарчик в устье реки Колыма, где оставили горючее для отправки за сотни миль выше по течению, в Сеймчан, через который проходил воздушный мост Алсиб, или в Тикси, к устью могучей реки Лены, откуда грузы доставлялись на сотни миль южнее (выше по течению), в Якутск, важный город Восточной Сибири, также лежавший на пути маршрута Алсиб. Некоторые транспорты, следовавшие полярным маршрутом, шли дальше на запад до Игарки, порта на другой могучей реке Енисей, чтобы оставить там грузы, предназначенные для доставки в расположенный гораздо дальше в глубине материка город Красноярск с его аэродромом. 23 транспорта преодолели этот путь в 1942 г. значительно легче, чем это делали конвои, следовавшие с Запада в Мурманск и Архангельск. В 1943 г. путешествие по Арктике совершили уже 32 судна, в 1944 г. – 34, а в 1945 г. – 31. Эти суда доставили все вместе 506 240 тонн грузов в Россию, предназначенных в основном для обеспечения деятельности воздушного моста Алсиб.
К лету 1943 г. и началу в июле периода поставок в рамках Третьего протокола на некоторых участках моста Алсиб все еще выполнялись поставки в рамках Второго протокола. Для того чтобы подстегнуть выполнение задержанных поставок, по просьбе советской стороны в ноябре и декабре 200 истребителей были отправлены Южным маршрутом (Южная Атлантика – Африка). Поставки по Третьему протоколу шли более гладко, поскольку удалось сгладить проблему нехватки персонала, в первую очередь механиков; строительство ангаров достигло такого этапа, что механикам больше не приходилось работать на открытом воздухе, и самолеты стояли в укрытиях, благодаря чему отпала необходимость в принятии чрезвычайных мер для их запуска. Еще более облегчило положение строительство складов для хранения грузов, что обеспечило инвентаризацию и учет и предотвратило выход из строя оборудования, хранившегося ранее на открытом воздухе.
Несмотря на то что в Третьем протоколе ясно говорилось о том, что количество поставляемых самолетов во второй половине периода поставок должно было быть пересмотрено в ноябре 1943 г., 30 сентября Гарри Гопкинс напомнил генералу Арнольду, что в июне Рузвельт пообещал Сталину не сокращать в первой половине 1944 г. поставки авиационной техники. Командование ВВС США приняло решение выделить на период с января по июнь 1944 г. такое же количество самолетов, что и в период с июля по декабрь 1943 г., однако эти самолеты должны были быть других типов. В результате в первой половине периода поставок по Третьему протоколу командованием ВВС было отправлено через Сибирь 1703 самолета, а во второй половине по воздушному мосту Алсиб проследовали 1576 самолетов. Частично меньшая цифра объясняется тем, что русские настояли на том, чтобы в зимнее время самолеты шли южным маршрутом. В июне в Советский Союз вылетели первые 26 самолетов-истребителей Р-63 "Кингкобра" ("Королевская Кобра" производства компании "Белл"), которые в течение 1944 г. постепенно сменили ранее поставленные Р-39 "Аэрокобра".
Использование воздушного моста Алсиб достигло своего пика во время поставок по Четвертому протоколу. 5 июня 1944 г. новый председатель советского Комитета по закупкам генерал Леонид Руденко попросил, чтобы все самолеты поставлялись в Россию через Аляску. Таким образом, в рамках доставки авиационной техники по Четвертому протоколу обязательства американской стороны составили 2940 самолетов. Командование ВВС отправило 50 истребителей в Россию через Северную Африку; заказанные 30 "летающих лодок" не могли быть доставлены маршрутом Алсиб. С учетом новых заказов и оставшихся "долгов" по Третьему протоколу через Грейт-Фолс и Фэрбанкс должно было пройти 3597 самолетов. С июля 1944 по август 1945 г. по ленд-лизу в Советский Союз проследовали 3587 самолетов, 20 из которых были возвращены в США после свертывания программы. Окончание войны в Европе в мае 1945 г. привело к остановке обсуждения Пятого протокола поставок по ленд-лизу. Кроме того, было пересмотрено то, что оставалось допоставить в рамках Четвертого протокола. Командование ВВС отказалось от отправки в Россию тренировочных самолетов АТ-6, однако продолжало поставлять все то, что было предусмотрено Четвертым протоколом. Согласно ежемесячному "Отчету по состоянию поставок авиационной техники", до конца июля 1945 г. были полностью выполнены все предусмотренные Четвертым протоколом поставки, за исключением пяти самолетов. Последние поставки в рамках Четвертого протокола были выполнены по маршруту Алсиб. За все время использования этого пути советская сторона подтвердила получение 7925 самолетов по маршруту Аляска– Сибирь. Чрезвычайная важность воздушного моста Алсиб подтверждается сравнительным анализом поставок в Россию авиационной техники по прочим маршрутам. Поставки своим ходом через Южную Атлантику и Африку в Абадан составили 993 машины; количество разобранных самолетов, отправленных для сборки в Абадане, составило еще 3868 машин; наконец, в разобранном виде в Северную Россию было отправлено 1232 самолета. Общее количество всех полученных советской стороной до июля 1945 г. самолетов достигло 14 203 штук (в том числе 185 патрульных машин PBN и PBY "Каталина"). Еще 780 самолетов отправились на дно моря на потопленных транспортах, потерпели аварии в США, Канаде, Африке или в России, либо от них отказалась советская сторона из-за технических неполадок еще до того, как они достигли пунктов назначения.