С начала 60-х гг. Гинзбург приступил к работе над большим массивом документов второй половины XVI - первой половины XVII в., представляющих собой материалы инквизиционных процессов над людьми, обвиняемыми в ереси или в связях с нечистой силой. Стоит обратить внимание на то, что изучаемые Гинзбургом процессы имели место на северо-востоке Италии, во Фриули, гористой области, где встречались романские, германские и славянские обычаи народной жизни и верования, которые в ее пределах, на периферии тогдашнего христианского мира, не в полной мере были утрачены под воздействием официальной религии и высокой культуры. Итогом первых изысканий Гинзбурга стала опубликованная в 1966 г. монография "Бенанданти. Ведовство и аграрные культы на рубеже XVI и XVII вв." Посвящена она вызвавшему пристальное внимание инквизиции комплексу широко распространенных в сельских местностях Фриуля верований в то, что существует определенная категория людей, так называемых "бенанданти" (benandanti - букв.: благоидущие) из числа тех, кто рождается "в рубашке", обладающих, как считалось, сверхъестественными способностями вести борьбу за плодородие и урожай, сражаясь со злыми силами, колдунами и ведьмами, сообщниками дьявола; происходит это, по показаниям самих "бенанданти", в определенное время (четыре раза в год) на тайных ночных сходках, на которые они, точнее их души, покинувшие во сне тело, съезжаются, подобно их противникам, верхом на животных. Такого рода воззрения, считает Гинзбург, свидетельствуют о сохранении в народном сознании элементов древнего аграрного культа, восходящего к почитанию некоего женского божества, вроде Перхты, Хольды, Дианы, о реликтах первобытной магии, позволяющих усматривать связь между "бенанданти" и шаманами. Со временем, однако, по мере того, как главная сфера применения своих способностей "бенанданти" стали находить не в обеспечении плодородия полей, а в знахарстве и заклинании бесов, они сами начинают восприниматься окружающими как сообщники дьявола, а их ночные собрания в целях борьбы за урожай - как сатанинский шабаш. Вера в ведовство, имеющее своей основой союз с дьяволом, распространяется во Фриуле, по мнению Гинзбурга, в результате деформации прежнего аграрного культа.
Такое объяснение широкого распространения в Европе XV-XVII вв. демономании и - как ее следствия - охоты за ведьмами представляется, если не исчерпывающим, то, по крайней мере, проливающим новый свет на проблему, которая является в историографии предметом острых дискуссий. В самом деле, еще недавно наши отечественные исследователи самых разных специальностей активно обсуждали причину захватившей все слои общества и страны католической и протестантской Европы на переходе к новому времени веры в ведьм и колдунов, массового преследования и истребления тех, кого обвиняли в сношениях с нечистой силой, в ком находили орудие дьявола. Одни предлагали видеть в этом проявление "упадочной религиозности" позднесредневекового католицизма, вызванное к жизни преследованием еретиков и вскормленное народными суевериями, другие - порождение ренессансной эпохи, оказавшейся, несмотря на превознесение величия человеческого разума, во власти самых изуверских предрассудков. Гинзбург, отказываясь от оперирования такими понятиями, как "суеверия" или "предрассудки", не вполне адекватными для тех подходов к изучению миросозерцания простонародья, которые он предлагает, в ряде последующих своих трудов, в частности, в монографии "Ночная история. Истолкование шабаша", наиболее крупном из них, вскрывает за характерными чертами сложившихся в ученой среде (демонологов, инквизиторов, судей) образов ведьм, колдунов, их сходок, их поведения и деяний подспудную, жившую в глубинах народного сознания, в его древнем, фольклорном культурном слое веру в необыкновенные дарования некоторых людей выступать посредниками между разными мирами, в их способности заклинать мертвых, воздействовать на природные явления, дабы обеспечить благополучие своей общине, своим близким. Вмешательство инквизиции, по мнению Гинзбурга, способствовало демонизации в общественном мнении подобных верований, на которые был наложен выработанный церковью стереотип их восприятия как ереси, как враждебного христианству культа, подразумевающего поклонение Сатане. Стоит заметить в данной связи, что пик гонений на них не случайно приходится на период с середины XVI по середину XVII в., то есть на время наиболее острой борьбы старой и новой конфессий в Западной и Центральной Европе, каждая из которых, пытаясь на подопечных им территориях подчинить полному контролю духовную жизнь людей, и особенно ее религиозную сторону, стремилась уничтожить все, что не соответствовало даваемой ею трактовке истин веры и поэтому не могла мириться с духовной автономией народной культуры, преследовала ее фольклорную традицию, ритуалы, магическую практику.
Одной своей стороной книга "Сыр и черви" тесно связана с изучением этих проявлений народной культуры, отраженных в зеркале материалов ведовских процессов; другой - с историей реформационных идей и религиозных движений середины-второй половины XVI в., которым Гинзбург также посвятил ряд работ. В 1970 г. он выпустил обстоятельное исследование о так называемом "никодемизме", скрытом религиозном вольнодумстве, которое, не принимая конфессиональную замкнутость и нетерпимость католической и протестантских церквей, сохраняло в новых условиях критический дух ренессансного гуманизма и было близко к наиболее радикальным в идеологическом отношении течениям Реформации, вроде анабаптизма. Многие аспекты религиозных исканий в Италии XVI в. были затронуты Гинзбургом в подготовленной совместно с А. Проспери работе, предметом изучения которой стал важнейший памятник итальянской Реформации, анонимный трактат "Благодеяние Христа" (Beneficio di Cristo).