Идея создания сибирского университета вполне вписывалась в децентрализационную программу областников. Нужно было не только покончить с абсентеизмом (оттоком) талантливой сибирской молодежи, но и разрушить непомерную централизацию во всем, в том числе в научной и общественной жизни. Потанин с возмущением писал своему волжскому другу А.С. Гацисскому в сентябре 1874 года о сверхцентрализации науки, когда "все свозится в столицы". Университет должен стать не только средоточием высшего образования, но и центром научных исследований в крае.
Однако безынициативность сибирского общества, которое было погружено, по горькому признанию Ядринцева, "в животную жизнь и не чувствует никакой потребности в умственной пище", порождала особый род административного мессианства. Общественность, не надеясь на собственные силы, погрязшая в бесплодном прожектерстве, ждала нового прогрессивного генерал-губернатора типа М.М. Сперанского, как ждут мессию. В данных условиях университет мог появиться только в результате союза, пусть даже и вынужденного, либеральной бюрократии и активной части местного общества.
Такого государственного деятеля сибирская областнически настроенная интеллигенция обрела с назначением в 1875 году генерал-губернатором Западной Сибири Н.Г. Казнакова. Это был администратор, который попытался глубоко вникнуть в насущные проблемы вверяемого ему в управление края. Он не побоялся привлечь к сотрудничеству знающих Сибирь людей, в том числе и имеющих репутацию политически неблагонадежных. Очень скоро ближайшим помощником Казнакова стал недавно вернувшийся из архангельской ссылки Н.М. Ядринцев. Знакомством с Казаковым Ядринцев был обязан золотопромышленнику, исследователю Севера, меценату М.К. Сидорову, который уверил его, что новый генерал-губернатор заинтересован в решении многих сибирских проблем. Через того же Сидорова зимой 1875 года Ядринцев подал Казнакову записку об университете, после чего и состоялось их личное знакомство. В автобиографии об этой первой встрече он вспоминал: "Я был в восторге, что нашел администратора, который так живо интересовался сибирским вопросом". Вскоре Ядринцев получил от Казнакова предложение поступить на гражданскую службу и отправиться в Омск.
Еще до прибытия в Омск Казнаков представил Александру II свои предложения об устройстве университета в Сибири, на что и получил принципиальное согласие. К марту-апрелю 1875 года относится знакомство западносибирского генерал-губернатора с В.М. Флоринским, будущим первым ректором Томского университета. Флоринский проявил осведомленность и напомнил Казнакову о неудавшейся попытке А.С. Норова дать Сибири высшее учебное заведение, а также предложил свои услуги в подготовке проекта сибирского университета.0 том, что университетское дело удалось двинуть, Г.Н. Потанин 28 апреля 1875 года с радостью сообщал А.С. Гацисскому. Писал он и том, что министр финансов М.Х. Рейтерн выказал готовность дать на университет 250 тысяч рублей. Заручился Казнаков и поддержкой в университетском вопросе у министра народного просвещения Д.А. Толстого. Подбадривала генерал-губернатора в его прогрессивных начинаниях и либеральная пресса. Газета "Голос" предсказывала Казнакову добрую славу, полагая, что его управление Западной Сибирью составит целую эпоху в ее истории:
основание предложенного им университета будет началом нового периода – периода возрождения, на котором воздвигнется дальнейшее развитие Сибири.
Даже далекий от Сибири "Одесский вестник", сообщал в июле 1875 года Потанин Ядринцеву, перепечатал из столичных "Новостей" известие, как его назвали, фантастического свойства, что некоторые петербургские профессора готовы отправиться в Сибирь и что в сибирском университете планируют открыть целых три отделения: естественно-историческое, медицинское и промышленное.
Для Н.Г. Казнакова подготовка местных чиновников, врачей и учителей в самой Сибири становится решающим аргументом в пользу университета. Отток молодой сибирской интеллигенции из края так же, как и для областников, не внушал серьезные опасения Казнакову, и он был готов допустить, в разумных пределах разумеется, сибирский "патриотизм". Насколько такие настроения были в то время распространены, свидетельствует отчет томского губернатора:
Пока наши молодые сибиряки не будут привязаны к своей стране в силу привычки, пока они не будут изучать ее на школьной скамье, пока не в состоянии будут получать живых и никогда неизгладимых впечатлений университетской жизни на месте их будущей деятельности, до тех пор они плохие слуги своей страны.
Под этими строками вполне могли подписаться и областники.
Однако эйфория от быстрых успехов и радужных ожиданий прошла, и на повестку дня выдвинулись вопросы реализации намеченных планов. У сибирского университета оказалось много не только союзников, но и противников, и не только в стане консерваторов. Сомнения в целесообразности высшего учебного заведения в Сибири высказал один из ведущих публицистов "Отечественных записок" Г.З. Елисеев, сам по происхождению сибиряк. Елисеев не понаслышке знал сибирские реалии: позади у него были голодные годы детства в Таре, семинарская жизнь в Тобольске, а после окончания Московской духовной академии и краткого периода преподавания в Казанской духовной академии – служба в окружных и губернских учреждениях Западной Сибири. Он фактически повторил старые доводы, заявив, что в Сибири слишком мало средних учебных заведений, которые бы дали студентов для университета. Сомневался Елисеев и в том, что удастся поставить преподавание в университете на достойном уровне. Да и вряд ли сибиряк, получивший высшее образование, добавлял он, останется жить в душной атмосфере провинциальной Сибири, где талантливые люди до сих пор затираются. Очевидно, собственная судьба Елисеева убеждала его и в этом. Вместе с тем, не замечая противоречия в своих доводах, он утверждал с присущим критическим ему настроем, что до тех пор, пока в Сибири все важнейшие административные посты будут заняты приехавшими из Европейской России "искателями карьеры, легкой наживы и просто проходимцами", государственная служба в родном крае для образованных сибирских уроженцев останется непривлекательной. Нужно дать служебные привилегии именно сибирякам, привлечь снова в Сибирь тех, кто ее когда-то покинул, увеличить число сибирских стипендий в университетах Европейской России, и через каких-нибудь десять лет Сибирь получит такое количество образованных элементов, каких она не приобретет в течение 50 лет не только с одним, а с пятью университетами, основанными в Сибири. В противном случае сибирский университет станет лишь одной обузой для платящего подати мужика.
Опровергая такое мнение, областники считали, что студенты в Сибири найдутся, да и сам университет в сибирских условиях будет более демократичным по своему составу, нежели прочие российские учебные заведения. Г.Н. Потанин прогнозировал, что сама жизнь сделает "мужичьим" сибирский университет. К тому же расчет, что стипендии и льготы будут менее тягостны для податного населения, чем сибирский университет, как утверждал Потанин, вряд ли верны. Патриотическое воспитание, развитие местной общественной жизни создадут условия к тому, чтобы образованные сибиряки оставались на родине. С этим связывалась другая, кардинальная для областников задача – формирование своей сибирской интеллигенции. Для областников университет был больше, чем обычное высшее учебное заведение, и этого, видимо, не захотел увидеть Г.З. Елисеев. Еще в своей омской речи Н.М. Ядринцев провозглашал: "В университете вся наша будущность".
Следующей преградой на пути к основанию сибирского университета стала проблема выбора для него города. И это имело не только географический интерес. Специфика общественно-экономической жизни сибирских городов могла предопределить будущее университета. О важности выбора города свидетельствовала не только страстная полемика на страницах сибирских газет, но и набор аргументов, которые выдвигали члены специальной правительственной комиссии, созданной для этой цели в Петербурге.
На звание университетского города претендовали Омск, Томск и Иркутск. Омск как административный центр Западной Сибири, казалось бы, имел преимущество: именно здесь сосредоточилась основная масса военных и гражданских чиновников края, за устройство университета в Омске стоял сам генерал-губернатор Н.Г. Казнаков, его поддерживало в этом и Министерство народного просвещения. По инициативе Казнакова омским архитектором Эзетом был уже подготовлен проект университетского здания для Омска. В глазах местной и столичной администрации Омск мог выглядеть предпочтительнее, нежели Томск, наполненный ссыльными (в том числе и политическими), или удаленный Иркутск. Г.Е. Катанаев в статье "Томск или Омск?", отстаивая интересы Омска, вопрошал: "Но чем же хуже административно-казенное влияние Омска ссыльно-купеческого влияния Томска?" В пользу Омска был еще один весомый довод: университет мог бы распространить свое влияние и на степные области, где проживали не только казахи и казаки, но куда направлялась мощная волна русских переселенцев.