В 1858 году именно Муравьев помешал министру народного просвещения А.С. Норову сдвинуть с мертвой точки вопрос о сибирском высшем учебном заведении. Не помогло и то, что Норов заручился поддержкой Александра II и был уже готов заняться "начертанием плана сего высшего учебного заведения, которое, не теряя своего университетского характера, должно быть числом, составом и направлением своих факультетов приспособлено к потребностям страны".
Новый этап в развитии университетского вопроса в Сибири начался в 1860-е годы, и не только совпал с эпохой "великих реформ", но и стал частью пробуждающегося общественного сознания самих сибиряков. В борьбу за открытие высшего учебного заведения за Уралом вступила сибирская общественность, сделав это частью своего рода программы за уравнение в правах Сибири с Европейской Россией. Из разговоров в тесных кружках сибирской интеллигенции или в сибирских землячествах в столицах и Казани университетская тема выходит на страницы журналов и газет. Примечательно, что в данном вопросе общественные инициативы, как правило, находили, пусть и осторожную, поддержку местной высшей администрации. В 1860 году в Иркутске вокруг чиновника Б.А. Милютина, брата известных реформаторов Н.А. и Д.А. Милютиных, сложилась небольшая группа единомышленников (братья Павлиновы, С.И. Турбин и др.), которые живо обсуждали перспективы открытия сибирского университета. В Главном управлении Восточной Сибири их поддерживал В.Д. Карпов, игравший, по свидетельству Б.А. Милютина, при генерал-губернаторе М.С. Корсакове важную роль. Воспитанник Царскосельского лицея Карпов и в Сибири мечтал создать что-то вроде альма-матер, где бы готовились образованные чиновники. Милютин впоследствии писал, что в 1860 году состоялся торжественный обед, на котором произносились в духе времени речи, обращенные к иркутскому губернатору П.А. Извольскому. Последний выразил готовность поддержать идею создания университета в Восточной Сибири, но интриги не дали ему развернуться, и он вскоре вынужден был оставить свой пост. Сменивший его Н.Ф. Щербатский с еще большим энтузиазмом поддержал это начинание: был разработан проект учреждения университета с медицинским и юридическим факультетами. Но и этот проект не дожил до стадии серьезного обсуждения. На смену ему, по свидетельству Милютина, был составлен еще более грандиозный план создания "целой системы народного образования в крае, которую предполагалось осуществить при содействии виноторговцев. Во главе системы должно было стоять нечто вроде ликея (выделено в тексте. – Л.Р.), в который с прибавкой двух старших классов (8 и 9) должна была преобразоваться иркутская гимназия".
Идею сибирского университета поддерживал и тобольский губернатор А.И. Деспот-Зенович, известный своими либеральными взглядами. Для финансового обеспечения иркутского плана им предлагалось установить 10%-ный сбор с ведра водки, выкуриваемой в Сибири, и ввести дополнительный налог с золотопромышленников. Но и этот план, по словам Милютина, "заглох где-то". Правда, в 1864 году сибирским казенным стипендиатам было разрешено наряду с Казанским поступать и в столичные университеты, а в 1872 году в Петербургском университете было учреждено несколько специальных сибирских стипендий.
К тому же 1860 году относится обсуждение университетского вопроса на собраниях студентов-сибиряков в Петербурге. В числе участников этих собраний Н.М. Ядринцев называл Н.М. Павлинова, братьев А. и И. Черемшанских, А.К. Шешукова, С.С. Шашкова, инициатора создания сибирского студенческого землячества в Петербурге казака Сидорова, поэта И.В. Федорова-Омулевского, художника Пескова, будущего бурятского просветителя И. Пирожкова и др. В известной степени областническая идея как раз и формировалась вокруг таких вопросов, как университетский вопрос. В юном воображении влюбленных в свою родину сибиряков уже рисовались дивные картины будущего:
Портик должен быть из белого мрамора с золотой надписью "Сибирский университет". Нет, лучше на черном, внутренность из малахита, яшм, кругом сад, в котором сосредотачивается вся сибирская флора. В кабинеты доставлены коллекции со всей Сибири, общественная подписка дала огромные средства. Аудитории кишат народом, где мы встречаем рядом с плотными коренастыми сибиряками наших инородцев, наш друг Пирожков, изучающий философию Гегеля, был для нас примером, университет привлечет японцев и китайцев, – говорили другие. Так развивалась мечта.
Но до ее хотя бы частичного осуществления было еще далеко. Пропаганда идеи открытия сибирского университета оказалась небезопасной, она сталкивалась с противодействием закосневшего в бюрократической рутине сибирского чиновничества и с апатией не осознавших своих потребностей местного купечества и городского мещанства.
Особую известность и широкий общественный резонанс получила речь Н.М. Ядринцева в ноябре 1864 года на литературном вечере в Омске, где он не только публично заявил о необходимости университета в Сибири, но и выдвинул развернутую аргументацию, едва ли не политическую программу. И это несмотря на то, что главный инспектор училищ Западной Сибири Попов, предварительно цензурировавший текст выступления Ядринцева, вычеркнул показавшуюся ему слишком дерзкой фразу: "…и, говорят, даже находятся тупоумные обскуранты, утверждающие, что в Сибири учреждать университет еще рано". Рукою Попова против этих строк было подобострастно приписано, что "это утверждало главное начальство Западной Сибири и некоторые государственные люди, насколько они правы – это решит правительство и потому автору… советую об этом умолчать". Ядринцев писал своему товарищу и единомышленнику Г.Н. Потанину, что при этом Попов орал на него. Основной пафос речи, произнесенной Ядринцевым, заключался в призыве поддержать сибиряков, отправляющихся учиться, ибо только эти труженики, голодающие теперь по университетам, явятся к нам общественными деятелями, внесут новый дух в наше усыпленное общество и поведут его с распущенным знаменем науки, истины и цивилизации в то заветное будущее, которое готовится стране нашей и ее народу.
Ядринцеву устроили горячие овации присутствовавшие на вечере ученики Сибирского кадетского корпуса. Однако обвинения, брошенные Ядринцевым в адрес сибирского купечества и местной администрации в их безынициативности и бездеятельности, не остались безответными. Против него начались интриги, некоторым присутствовавшим на вечере кадетам грозили расправой. Кадет Михайлов, написавший в защиту Ядринцева открытое письмо, был посажен в карцер, 11 декабря 1864 года А.Д. Шайтанову об омских событиях сообщал его брат, учившийся в то время в кадетском корпусе:
Сочувствователей Ядринцеву оказалось немного, только одна молодежь, да наши кадеты, между тем, как против него восстали почти что все и в том числе наши корпусные начальники и преподаватели, исключая только некоторых. Вследствие этого наши начальники и наблюдатели каются не раз, что отпустили нас на этот вечер. Многие из воспитанников чуть-чуть не пострадали из-за сочувствия Ядринцеву… Для большей строгости ввели снова в употребление субботницы, т. е. розги.
Ядринцеву было отказано в частных уроках, которые он имел у омского купца Кузнецова. Вдохновителем гонений стал преподаватель словесности кадетского корпуса В.П. Лободовский, кичившийся в свое время дружбой с Н.Г. Чернышевским.
Однако речь Ядринцева через некоторое время под названием "По поводу сибирского университета. Общественная жизнь наших городов" была опубликована в "Томских губернских ведомостях" (1864. № 5). Сам Ядринцев вспоминал впоследствии, что "так зарождались в эмбрионе те идеи, которым посвящено было все служение нашей жизни и 30-летняя защита этого вопроса в печати, пока мы не дождались радостного дня открытия университета в 1888 г.".
Чтобы разрушить общую апатию, Ядринцев предложил создать особое общество, которое бы пропагандировало идею сибирского университета, доказывало необходимость скорейшего его создания и собирало пожертвования. Г.Н. Потанин в 1874 году призывал начать сбор средств на университет при редакции "Камско-Волжской газеты", с которой сибирские областники тогда активно сотрудничали.
Однако для областников "идея" сибирского университета была шире только вопросов подготовки специалистов с высшим образованием, университету предуготовлялась высокая миссия по формированию собственной сибирской интеллигенции, способной повести за собой "сибирский народ". Поэтому было так важно, чтобы сибиряки пошли по тому пути, "которым недавно последовали валисцы в Англии", а университет стал бы важной идейной основой для объединения разрозненных сил формирующегося сибирского общества. Университет был для областников не только целью, но и средством пробуждения регионального самосознания сибиряков, способом воспитания их патриотизма. Наряду с борьбой за отмену уголовной ссылки, введения земства и реформирования суда, сибирский университет стал частью их широкой программы. Сибирскому обществу, писал Г.Н. Потанин,
нужно кровь свою полировать общественным делом, ему нужно для здоровья совершать денежное кровопускание из мошны на народную нужду. Это тоже отличное воспитательное средство. Нужно бы устроить, чтоб агитация вышла грандиозной, чтоб она коснулась всех мелких городишек…