Прекращение широкомасштабного каменного строительства в Вологде и отъезд царя с его двором объяснялись "великим мором" 1571 г., охватившим многие города севера, а ещё опустошительным нашествием крымского хана Девлет-Гирея на Москву и ряд центральных уездов в мае того же 1571 г. Со сворачиванием "вологдского проекта новой царской резиденции" в 1570/71 г. "строение в Вологде преста". Зато благодаря оставшимся неизрасходованными запасам стройматериалов на правобережье реки на протяжении 1570–1580-х гг. выросли торговые и соляные подворья крупных отечественных и зарубежных гостей – Строгановых, Юдиных, Булгаковых, В. Девогеларда, Ю. Клинка, а ещё ряда монастырей – Соловецкого, Троице-Сергиева, Антоньево-Сийского, Спасо-Прилуцкого, Кирилло-Белозерского, кольского Троице-Печенгского, Пречистенского Кандалакшского, великоустюжского Михайло-Архангельского.
В Устюге в 1571 г. "приищем и железою" (воспалением лимфатических узлов либо разновидностью сибирской язвы?) погибло ок. 12 тыс. жителей. Понес демографические потери от этой эпидемии и Сольвычегодск, ещё один опричный город на севере. В своё время сольвычегодский краевед А. Соскин отметил раннее писцовое описание этого города Ю. А. Вельяминовым, на основе которого была составлена посадская окладная книга 1567 г. Наверняка эти мероприятия стояли в связи со взятием развитого торгово-промышленного города, центра строгановских владений на северо-востоке страны, в опричнину. В это время тяглое население города размещалось почти в шестистах дворах и ещё было 76 мест дворовых. Из-за моровой язвы в 1571 г. произошло уменьшение числа тяглых дворов до 413, что было зафиксировано в специальном дозоре Ив. Мичурина 1574/75 г. В нём же был учтён масштаб местного солеварения – 18 варниц, оброк с каждой в год составлял 22 алт. 2 ден.
Смута
Какое участие приняли северные города и уезды в драматичных событиях смуты?
После майского 1605 г. восстания в Москве против Лжедмитрия I часть пленных поляков была сослана на Белоозеро, Вологду, Устюг. Управлявшие в тот момент Вологдой воевода Н. М. Пушкин и дьяк Р. Воронов собирали здесь налоги по приказу царя В. И. Шуйского, не соглашались на требование второго Самозванца присягнуть ему. Когда же всё-таки вынужденная присяга состоялась, им на смену был прислан новый воевода кн. Фёдор Нащокин, а Пушкин с Вороновым заключены в тюрьму. По приказу нового воеводы была арестована и препровождена в Ярославль группа служилых и посадских людей, а с ними ещё несколько стрельцов из Сибири. В отписке кн. Фёдора Борятинского указывались их фамилии (С. Челеев, Ф. Беседного и др., Я. Щелкунов с тов.) – с "повинными челобитными" их отправили из Ярославля к Лжедмитрию II под Москву. По-видимому, именно они противостояли переходу Вологды под власть второго Самозванца. В конце ноября, однако, вологжане восстали против Нащокина и бывших с ним поляков, посадив их в тюрьму "до государева указу" и освободив Пушкина и Воронова. В отписке об этом вологодского земского целовальника Т. Лягушкина с товарищами "и всей чернью" на Тотьму (декабрь 1608 г.) содержалась просьба "людей с оружием и с нарядом и селитру и порох тотчас прислать не издержав". Тогдашние "гражданские активисты", уважаемые лица из посадского мира известны по именам – братья Исак и Нечай Щелкуновы, Нечай Трофимов, Никита Неклюдов, Григорий Герасимов, Василий Трофимов. В течение декабря в Вологде собираются ратники из разных городов Поморья – Тотьмы, Устюга, Соли Вычегодской, Яренска. Пополняются запасы оружия и материалов (пушки, ядра, зелье).
В годы смуты велась активная переписка между городами от имени выборных властей. Благодаря ей жители отдалённых городов и мест узнавали о ратных вестях, изменении политической обстановки в Москве и даже международном положении России. Так, в отписке 27 ноября 1608 г. приказных, посадских и волостных старост и целовальников и всех земских людей Устюга в Сольвычегодск лицам тех же категорий отчётливо звучит мысль о "совете в государеве деле и в земском". Устюжане оставались верными законному правительству В. И. Шуйского в Москве и не желали целовать крест Лжедмитрию II. Они призывали жителей Соли Вычегодской приехать на Устюг "для того совету, а наша мысль то: буде вы к нам приедете и стоять с нами заодин похотите, и нам вам в том крест целовать меж собя, а вам также крест целовать, что нам с вами, а вам с нами и ожить и умереть вместе" . Силы земского сцепления оказывались мощнее распадающихся вертикалей центрального управления. Собранные в Вологде в декабре 1608 г. ополченцы были направлены к Галичу, Костроме и в Пошехонье. В течение осени 1608 г. на Тотьме было произведено три набора даточных людей – по 10 чел. с сохи. Наряду с этим второй важнейший вид помощи – это сбор денежных средств и продовольственных запасов для ратников ополчений и профессиональных служилых людей.
В увещевательной грамоте царя Василия Шуйского на Устюжну от 23 декабря 1608 г. содержался призыв постоять за веру христианскую и за государство Российское. Царь щедро обещал служилым, уездным и посадским людям денежную и поместную придачу, льготы на многие лета, беспошлинную торговлю "и во всём велим вас отарханить… чего у вас и в разуме нет". В январе 1609 г. был перенесен чудотворный образ св. Димитрия Прилуцкого из Спасо-Прилуцкого монастыря на городскую площадь. Здесь вологжане целовали крест пришедшим в город иногородним ратникам, а те – вологжанам, чтобы "всем стояти крепко и друг друга не подати и с города без совету мирского не сойти". В феврале 1609 г. в грамоте из Москвы царь В. И. Шуйский сообщал о назначении воевод Ф. Полтева, Г. и Ф. Свиньиных, составлении именных списков воинов, укреплении города и Обнорского яма, привлечении в ополчение торговых людей и гостей и даже иноземных купцов.
В ряде майских грамот царя В. И. Шуйского 1609 г. отчётливо рисуется значение Вологды как одного из центров освободительной борьбы против интервентов на севере России в 1609–1610 гг. ("…А из поморских городов изо всех воеводы наши прислали к вам на Вологду многих ратных людей и стоят с вами единомысленно"). Горожане, крестьяне, служилые люди под руководством воеводы Н. М. Пушкина и дьяка Р. Воронова возвели засеки, людей по засекам поставили, укрепили острог, из Вологды посылаются отряды в Пошехонье, Романов, Кострому, Галич "со многими ратными людьми", и те города очищаются от неприятелей, "и мы, слыша о том, обрадовались…". 23 мая 1609 г. белозерцам, вологжанам, тотьмичам, устюжанам и жителям ряда других городов ("старостам и посадским и всяким ратным людям") была направлена похвальная царская грамота за верность законному правительству и противостояние второму Самозванцу. В мае воевода кн. С. В. Вадбольский собрал со Спасо-Прилуцкого монастыря на жалованье ратным людям и найм иностранцев 300 руб. плюс драгоценная посуда, ковши, чарки. В том же 1610 г. монастырь отдал ещё 50 руб. и добровольные пожертвования игумена и братии.
По образному выражению С. Б. Веселовского, "Белоозеро переживало смуту, как город мужицкого земского самоуправления". Это можно сказать и о других северных городах, в которых в тревожные годы смуты в условиях ослабления и дезорганизации центральной власти активизировались "городовые советы", земско-общинные основы народного самоуправления. Рядом с воеводами и приказными людьми во главе местной администрации вставали обычные земские выборные власти и особо избранные "советные люди". Они брали на себя сбор денежных средств, даточных людей, устройство защитных лесных засек. В 1609–1610 гг. белозерцы не только не перешли на сторону Тушинского вора, но помогали Устюжне бороться против его приверженцев, послав туда отряд из 400 чел. под руководством Фёдора Подщипаева. Правда, в этом столкновении с поляко-литовцами они потерпели поражение. В первых числах февраля 1609 г. М. В. Скопин-Шуйский прислал для усиления обороноспособности Устюжны "пороховую казну", и 100 чел. пришло из Чарондской округи.
В ополчение Поморья, сконцентрированного зимой 1609 г. в Вологде, входили три группы: белозерско-каргопольская (Богдан Трусов), двинская (Фёдор Стафуров), вологодско-устюжская (Василий Дербышев). 9 февраля 1609 г. от кн. М. В. Скопина-Шуйского на Вологду прибыло военное подкрепление, а всё ополчение возглавили воеводы Никита Вышеславцев и Григорий Бороздин. В составе галицкого и ярославского подразделений вологжане участвовали в борьбе за снятие польско-литовской осады с Троице-Сергиева монастыря. В летние месяцы 1609 г. они получили из Троицкой казны по 3 руб. на человека. В числе бывших на приступе 29 июня 1608 г. называется сын боярский Андрей Петров с. Трусов, представитель известной на Белоозере и Вологде служилой фамилии. Прекращение осады Троице-Сергиева монастыря в январе 1610 г., в свою очередь, ускорило распад Тушинского лагеря под Москвой.