Московская навигацкая школа состояла из трёх раздельных, но территориально объединенных школ: русской, цифирной и навигацкой. В русской школе с помощью букваря, часослова и азбуковника учили грамоте и письму. В цифирной школе Леонтий Магницкий обучал началам арифметики, геометрии, тригонометрии. После окончания этих наук ученики переводились в другую школу - навигацкую, где преподавал профессор математики Андрей Данилович Фархварсон. Здесь изучались "высшие степени наук"- навигация, ведение корабельного журнала, сферическая тригонометрия, практическая астрономия, элементарная геодезия и география.
Из астрономических и геодезических инструментов в школе имелись: квадранты, секторы, градштоки, ноктурналы, астролябии, буссоли, мерные цепи, пропорциональные циркули.
В школе имелись и пособия по географии. Это были географические карты, частью изданные для школы В. О. Киприяновым, а частью приобретенные Петром Первым за границей, и "книги морских картин" (атласы морских карт).
Навигацкая школа имела свою астрономическую обсерваторию, где ученики старших классов практически учились обращению с инструментами и астрономическим наблюдениям. Выпускались ученики обычно по окончании математической и навигацкой школ. Из-за недостатка специалистов и просто грамотных людей многих забирали из школы, не дав закончить полный курс. Окончивших математическую школу направляли для обучения артиллерии, в инженерную школу, к "архитектурным делам", для работы в Сенате и в других государственных учреждениях. Часть учеников, окончивших математическую школу, переводилась в навигацкую, где они получали специальное образование. По окончании навигацкой школы большая часть направлялась в распоряжение морского ведомства. Некоторые из окончивших школу посылались для выполнения геодезических работ. Навигацкая школа готовила первых отечественных учителей для русских, цифирных, адмиралтейских, навигацких и других технических школ, а в дальнейшем лучшие выпускники этой школы составили основной педагогический коллектив Морской академии. В то. время не хватало кадров, поэтому ученики использовались в самых различных областях государственной службы, и требовалось от них многое - подчас чтобы каждый из них был и "швец и жнец и на дуде игрец". Человек, окончивший Московскую навигацкую школу и позднее Морскую академию, был по своему времени не просто узким специалистом, но человеком всесторонне образованным, обладал способностью быстро ориентироваться при любых обстоятельствах, был энергичным и инициативным - деятелем "петровского склада".
В 1715 году началась подготовка к открытию Морской академии в Петербурге. К этому времени флот России стал могучей силой и продолжал расти. Однако Московская навигацкая школа уже не могла обеспечить потребность в специалистах для флота и адмиралтейских служб, кроме того, она находилась далеко от моря, что существенно затрудняло практическое обучение будущих навигаторов.
3. В сентябре боярину Ф. А. Головину, в ведении которого находилась Навигацкая школа, поступило распоряжение "объявить учителям: Фархварсону и Гвину, чтоб с учениками ехали в Петербург немедленно, а из нижних наук учеников отдать Магницкому". Таким образом, навигацкая школа была превращена в Морскую академию, а цифирная осталась в Москве и стала называться Московской академией, Математической школой на Сухаревой башне и даже просто Московской школой. Средства, отпускавшиеся на содержание Московской математической школы, были значительно сокращены, внимание к ней со стороны правительственных учреждений заметно уменьшилось. Она теперь предназначалась главным образом для подготовки будущих учеников в Морскую академию и другие специальные учебные заведения.
Осенью 1715 года на Адмиралтейском острове Петербурга в доме, принадлежавшем ранее адмиралтейскому советнику А. В. Кикину, была открыта Морская академия.
Учитывая большую потребность в специалистах флота, вначале принимали в академию детей всех сословий, возрастом 12–17 лет, с обязательным знанием грамоты, письма и арифметики. После "разбора" всех неграмотных отчислили из академии и многих из них направили учиться в школы словесных и цифирных наук других городов, а часть в Московскую школу. В этот год приняли в академию 389 человек.
В первый набор учеников Морской академии попало немало будущих участников камчатских экспедиций Беринга.
В списках принятых числились: Алексей Чириков, двоюродные братья Харитон и Дмитрий Лаптевы, Степан Муравьев, Семен Челюскин, Михаил Павлов. Несколько позднее поступили в академию Иван Сухотин, Иван Чихачев, Дмитрий Стерлегов, Иван Елагин, Андрей Великопольский. Из Московской школы в 1717 году перевели Василия Прончищева, Степана Малыгина, Петра Чаплина, а в 1719 году Михаила Щербинина, Марка Головина, Дмитрия Овцына.
В академии, как и в Московской навигацкой школе, были подготовительные классы, так называемые русская и цифирная школы, куда старались брать недорослей до двенадцатилетнего возраста. В эту школу в 1718 году поступили восьмилетний Иван Кошелев и девятилетний Алексей Скуратов, также будущие участники камчатских экспедиций Беринга.
С 10 октября 1715 года приступили к учебе. Уже с первых дней ученики почувствовали себя моряками. Распорядок дня подчинялся морскому уставу, и все кругом напоминало о море и морской службе. Рядом с академией, справа и слева находились пристани, постоянно заполненные народом, едущим на Васильевский остров и Петербургскую сторону. Здесь же стояли большие корабли и легкие яхты.
В этой оживленной части Петербурга, походившей на предместье, так как центр города был на противоположной стороне Невы, жили только моряки, офицеры флота, рабочие и служащие Адмиралтейства.
Здесь все напоминало о флоте, даже названия улиц: Морская, Галерная и другие. Да и весь Петербург напоминал спущенный со стапелей новый корабль, на котором еще стучал топор мастера, подготавливающего его в большое плавание.
Первые занятия начали с изучения солдатских приемов с мушкетами. Ученики должны были уметь все, что полагалось уметь солдату и матросу.
В 7 часов утра все ученики маршировали под барабан во дворе, затем выделялся суточный наряд из восемнадцати человек и разводился по караулам, остальные шли в классы.
Днем и ночью каждый час вокруг академии "чинился рунд" (обход), а часовой, стоящий на посту у часов, отбивал склянки. В определенное время били "тапту" (зорю). После вечерней "тапты" по двору академии и вокруг нее ходил патруль из шести учеников во главе со старшим. Особое внимание обращалось на поведение учеников и дисциплину. Воспитанникам предписывалось "под страхом наказания" внимательно выполнять все "экзерциции", а во время занятий Петр Первый приказал "для унятия крика и бесчинства выбрать из гвардии отставных добрых солдат и быть им по человеку во всякой каморе (классе - И. Г.), во время учения иметь хлыст в руках; и буде кто из учеников станет безчинствовать, оных бить, несмотря какой бы он фамилии ни был…" За самовольные отлучки предписывалось строгое наказание, вплоть до ссылки на каторгу.
Содержанию обучения в академии Петр. Первый придавал первостепенное значение. Еще до открытия академии он передал Апраксину собственноручный указ и позднее утвердил Адмиралтейский регламент, где определялось: "Во Академии учить наукам: арифметике, геометрии с алгеброй, тригонометрии плоской, навигации плоской, навигации мерка то рекой, навигации круглой, ведению шканечного и навигацкого журнала, астрономии, географии, геодезии, артиллерии, фортификации, шанцам и ретранжаментам (полевой фортификации - И. Г.), апрошам (долговременной фортификации - И. Г.), черчению, толкованию корабельного гола (кораблеведение и корабельная архитектура - И. Г.) такелажным работам, рапирной науке, рисованию, экзерцициям солдатским с мушкетами".
4. С января 1716 года малообеспеченным воспитанникам выдавали ежемесячно по 1 рублю и для поощрения учебы определили "как в геометрию вступят сверх вышеозначенного давать по полтине на месяц и того по полтора рубля, а когда в другие высшие науки вступят - прибавить, а именно в меркаторской навигации по два рубля с полтиною; в круглой навигации по три рубля человеку на месяц".
5. Вначале определенных сроков пребывания в академии не было, и наиболее способные и старательные оканчивали начальные и "высшие" науки в пять-шесть лет, менее способные - в восемь лет. Для упорядочения этого вопроса Адмиралтейская коллегия обратилась к учителям академии с просьбой сообщить их мнение о том, "в какое определенное им время могли ученики науки произойти?" Профессор Фархварсон и учитель Алфимов определили сроки обучения отдельным предметам: арифметике- год, геометрии - восемь месяцев, тригонометрии плоской - три месяца и так далее, а всего шесть лет и шесть месяцев. Скоро в дирекцию академии и школ пришло указание Адмиралтейств-коллегий, в котором говорилось: ежели кто из учеников академии "в такое время науки не примет, таких отсылать в матросы, чтоб под видом учения время не продолжали и жалования даром не брали".
Кто же учил будущих исследователей России? Кто дал им те знания, благодаря которым они с честью выполнили обширные и весьма трудные задания экспедиции по описанию ранее неизвестных мест Сибири?