Первый полет опытной машины с двигателем состоялся 13 июля 1941 г., в процессе дальнейших испытаний была достигнута скорость 700 км/ч, большей скорости при взлете с земли достичь не удавалось из-за малого запаса топлива. 2 октября машину, полностью заправленную топливом, самолет-буксировщик поднял на высоту около 4000 м. После отцепки от буксира и включения двигателя летчику-испытателю Х. Диттмару удалось достичь скорости 1004 км/ч.
А. Липпиш рассчитывал, что в случае принятия в серийное производство его самолет получит обозначение Li 163, однако в итоге, благодаря настойчивым требованиям В. Мессершмитта, RLM присвоило самолету обозначение Me 163. Результаты летных испытаний самолета несколько снизили интерес специалистов RLM к ракетному перехватчику. Главными причинами тому были – небольшая дальность полета, многочисленные отказы двигателя, опасность при эксплуатации (токсичность топлива) и др.
С появлением в Германии более мощных ЖРД интерес со стороны RLM к перехватчику снова возрос, при этом решили прекратить работы по самолетам серии A и начать разработку серии Me 163B. Прототипом его стала третья опытная машина Me 163V3, собранная в апреле 1942 г. Она имела увеличенный до 9,3 м размах крыла постоянной стреловидности по передней кромке и более длинный фюзеляж с заостренным носом. Под фюзеляжем установили обтекатель, куда убирались посадочная лыжа и небольшая хвостовая колесная стойка. В качестве двигателя применялся ЖРД HWK 509A-1 тягой 1500 кгс, работавший на двухкомпонентном топливе – T-Stoff (80 %-я перекись водорода с добавкой стабилизатора) и C-Stoff (30 %-я смесь гидрата гидразина с метанолом), впоследствии его заменили двигателем HWK 509A-2 тягой 1700 кгс.
Два самолета Ме 163 были продемонстрированы командованию люфтваффе на показе новых самолетов 24 июля 1943 г., после чего предсерийная партия самолетов Me 163B-0 поступила в специально сформированную 16-ю испытательную команду (E. Kdo. 16), базировавшуюся в Ракетном центре в Пенемюнде. Эта команда с августа 1943 г. занималась отработкой тактики боевого применения ракетных истребителей и подготовкой летного состава для них.
Летом 1943 г. фирма "Мессершмитт" из-за массированных ударов союзной авиации по заводам в Регенсбурге и Аугсбурге стала испытывать острую нехватку производственных мощностей для изготовления истребителя Me 262. Поэтому серийное производство Me 163 передали фирме "Клемм", производившей окончательную сборку на заводе в Шварцвальде из готовых агрегатов и узлов, получаемых с рассредоточенных по всей Германии мелких заводов и мастерских.
В июле 1944 г. началось комплектование серийными истребителями Me 163B двух групп 400-й истребительной эскадры (I/JG 400 и III/JG 400), задачей которых было прикрытие важных промышленных объектов от налетов союзной авиации. В ноябре в этой же эскадре сформировали вторую группу из двух эскадрилий. Первый перехват американских бомбардировщиков B-17 состоялся 16 августа 1944 г. и закончился безрезультатно. До окончания войны зарегистрировали лишь 16 успешных атак, собственные же потери Ме 163 в боевых операциях составили 15 машин. Наиболее успешным пилотом Ме 163 стал фельдфебель З. Шуберт, сбивший три союзных бомбардировщика. Опыт боевого применения показал, что Me 163B опасен в эксплуатации для летного и наземного персонала из-за чрезвычайной токсичности и взрывоопасности топлива, а при выполнении перехвата не очень эффективен. Всего до конца войны было построено, по разным оценкам, от 364 до 390 самолетов версии Me 163B.
Несмотря на то что весной 1943 г. Липпиш ушел с фирмы "Мессершмитт", RLM сохранило за ним контрольные функции в программе Me 163. К концу 1944 г. на фирме "Мессершмитт" построили три опытных Me 163С. Эти машины отличались от серии B несколько увеличенным фюзеляжем, гермокабиной с более обтекаемым фонарем и двухкамерным ЖРД HWK 509C-1. Вооружение предполагалось увеличить до четырех пушек MK 108 в корнях крыла, позднее оно стало состоять из двух пушек MK 108 и двух пушек MK 103. Для Ме 163C продолжительность полета составляла 19 минут, он мог лететь со скоростью 600 км/ч в течение почти 10 минут с работающим двигателем. К 19 сентября 1944 г. всесторонние летные испытания Ме 163C были закончены, но дальнейшая судьба опытных машин неизвестна.
В том же году разработали проект Me 163D. Машина имела новый, более вытянутый фюзеляж, трехколесное убираемое шасси, каплевидный фонарь, выступавший над фюзеляжем, увеличенные емкости топливных баков и двухкамерный ЖРД HWK 509C-1. Первая опытная машина этой серии была построена в конце весны 1944 г. и прошла летные испытания в бездвигательном варианте. Однако RLM, посчитав, что фирма "Мессершмитт" в силу загруженности другими программами не успеет вовремя довести этот проект до серийного производства, передало проект Mе 163D фирме "Юнкерс".
Характеристики Me 163B Komet ("Комета"): экипаж – 1 человек, силовая установка – 1 х ЖРД HWK 509А-2 тягой 1700 кгс, размах крыла – 9,32 м и его площадь – 19,6 м2, длина самолета – 5,7 м, высота – 2,74 м, вес пустого – 1980 кг, взлетный вес – 4310 кг, максимальная скорость – 900 км/ч, практический потолок – 12 000 м, время набора высоты 11 000 м – 3 минуты, продолжительность полета с работающим двигателем – от 8 до 15 минут, радиус действия – до 100 км, вооружение – 2 пушки MK 108 калибра 30 мм или 2 пулемета MG 151/20 калибра 20 мм.
Me 263/Ju 248
Как уже говорилось выше, проект Mе 163D передали для дальнейших работ на фирму "Юнкерс". После некоторой доработки проекта 25 сентября 1944 г. на заводе фирмы в Дессау был представлен полноразмерный деревянный макет истребителя, получившего в RLM обозначение Ju 248. Однако В. Мессершмитт добился изменения обозначения самолета на Me 263A, мотивируя это тем, что основные технические решения, реализованные в нем, были получены на фирме "Мессершмитт".
Первый опытный образец самолета в январе 1945 г. находился еще в производстве, когда руководство люфтваффе потребовало организации его массового выпуска. Первый полет опытной машины состоялся 8 февраля 1945 г., в течение месяца к ней присоединились еще две опытные машины, но далее работы по Ме 263A были остановлены, потому что ограниченные производственные мощности были необходимы для постройки реактивных самолетов Ме 262 и Не 162. По некоторым данным, к концу войны англичане захватили 18 недоукомплектованных машин.
Характеристики Me 263: экипаж – 1 человек, силовая установка – 1 х ЖРД HWK 509С-1 тягой 2000 кгс, размах крыла – 9,5 м и его площадь – 17,8 м2, длина самолета – 7,9 м, высота – 3,17 м, вес пустого – 2200 кг, взлетный вес – 5300 кг, максимальная скорость – 950 км/ч, практический потолок – 12 000 м, время набора высоты 10 000 м – 3 минуты, продолжительность полета с работающим двигателем – 13 минут, максимальная дальность – 165 км, вооружение – 3 пушки MK 108 калибра 30 мм или 3 пулемета MG 151/20 калибра 20 мм.
Me P.1103/II
Второй вариант проекта объектового перехватчика Me P.1103/ II, разработанный к 12 сентября 1944 г., отличался от первого варианта Me P.1103/I (см. выше) тем, что летчик в кабине размещался сидя, а вместо твердотопливных двигателей в хвостовой части устанавливался ЖРД HWK 509A-2.
Взлет истребитель совершал на самолете-носителе, посадка осуществлялась на выдвижную подфюзеляжную лыжу и хвостовое колесо. В аварийной ситуации летчик покидал самолет с парашютом, отстыковав кабину, крепившуюся разрывными болтами, от фюзеляжа. Работы по Me P.1103 были прекращены после принятия решения о постройке Ba 349.
Характеристики P.1103/II: экипаж – 1 человек, силовая установка – 1 х ЖРД HWK 509А-2 тягой 1700 кгс, размах крыла – 5,38 м, длина самолета – 5,0 м, максимальная скорость – 700 км/ч, вооружение – 1 пушка МК 108 калибра 30 мм.
Me P.1104
Ракетный мини-перехватчик Me P.1104 Bordjager ("Бортовой истребитель"), так же как и Me P.1103, имел прямоугольное крыло и однокилевое хвостовое оперение. Истребитель, носимый бомбардировщиком дальнего действия Ме 264 при выполнении последним боевого задания, предназначался для отражения атак вражеских перехватчиков на бомбардировщик.
Летчик размещался в кабине сидя, в носовой части фюзеляжа располагалась одна пушка МК 108, в хвостовой части – двухкамерный ЖРД HWK 509A-2 максимальной тягой 1700 кгс, посадка осуществлялась на выдвижную подфюзеляжную лыжу. Аварийное покидание самолета осуществлялось так же, как на втором варианте Me P.1103.