По одной из самых распространенных точек зрения, оленеводство стало распространяться на севере Западной Сибири с приходом туда самодийских предков ненцев из районов СаяноАлтайского нагорья на рубеже I–II тыс. н. э. . Как и у современных жителей Саян - тувинцев-тоджинцев и тофаларов, у самоедоязычных племен в начале нашей эры было распространено вьючно-верховое оленеводство . По предположению Л.В. Хомич, двигаясь все дальше на север, в области с более скудной растительностью, крепкие по телосложению таежные олени от поколения к поколению мельчали и, в конце концов, стали непригодны для езды на них верхом. Адаптируясь к новым условиям, самодийцы стали запрягать оленей в нарты .
Возможно, на новых местах обитания ненцы не только выпасали своих оленей, но и приручали оленей местной породы. По мнению А.В. Головнева, одомашнивание диких оленей могло происходить только в лесной полосе, поскольку необходимо было какое-то время, чтобы удерживать отловленных диких оленей в загонах или сараях, изготовленных из дерева. Для этого оптимально подходил район Северного Урала, где проходили пути миграций диких оленей, и в достаточной мере имелась древесная растительность .
Ко времени освоения Северного Зауралья русскими в XVIXVII вв., у ненцев уже сложился хозяйственно-культурный комплекс, который включал в себя охоту на дикого оленя и пушного зверя, рыболовство, а также транспортное оленеводство . Одомашненных оленей у них было не много, максимальная численность стада достигала 100 голов . Шкуры для одежды и мясо для еды ненцы получали от диких оленей, а прирученных - частью продавали, частью использовали для запряжки в нарты .
Использование домашнего оленя в качестве транспортного животного сделало более интенсивной охоту на дикого оленя и позволило ненцам осваивать отдаленные от прежних кочевий территории. Как пишет Е.Е. Сыроечковский, развитие транспортного оленеводства нанесло первый удар по поголовью дикого оленя . Начался новый этап активной адаптации ненцев.
Транспортное значение ненецкое оленеводство сохраняло вплоть до XVIII в., когда, по мнению И.И. Крупника, сложились благоприятные климатические и социально-экономические условия для наращивания ненцами поголовья оленей. В XVI–XVII вв. отрицательное влияние теплого климата, приводило к снижению роста поголовья оленей и их физическому ослаблению. Социальные отношения в этот период характеризовались резким обострением обстановки на севере Западной Сибири, вызванной завоевательными походами русских отрядов и междоусобными столкновениями коренных народов . Гипотезу данного автора о том, что природная среда, в частности климат, определяла этапы эволюции тундрового оленеводства, не разделяет Е.Е. Сыроечковский. Он пишет, что численность диких оленей, конечно, колебалась в зависимости от климатических и погодных изменений, но по прошествии определенного цикла она возвращалась к примерно прежней .
Некоторые авторы утверждают, что крупнотабунное (крупностадное) оленеводство было развито у сибирских ненцев уже в XVII в. . Эта точка зрения весьма спорна. Социально-экономическая ситуация в Западной Сибири того времени была такова: с одной стороны, русские официальные власти, пытались "приводить инородцев под государеву руку", облагая их ясаком и записывая в ясачные книги, с другой - вольные, "гулящие" люди, в больших количествах добывая пушного зверя, подрывали традиционные промыслы инородцев. Оказывая сопротивления и тем и другим, ненцы часто оставались недосягаемы для ответных действий властей. При наличии крупных стад домашних оленей они были бы менее мобильны.
О том, что в XVII в. ненцы не были обременены большими стадами оленей и имели возможность свободно перекочевывать с места на место, свидетельствуют многочисленные документальные источники того времени. Представители ненецких родов Карачеи, Адер, Яр, Ану-Карачеи, Ванюта, Яптик, Лохей, Тысыя, Айвасида, Пяк, Аседа и др. платили ясак "повольно - в Пустозерском остроге, Обдорске, Войкарском городке или в ясачных зимовьях Мангазейского уезда . Частыми были случаи нападения самоедов на Обдорский и Пустозерский остроги, на город Мангазею, другие русские опорные пункты. Они громили ясачную казну, грабили хлебозапасные магазины и разбитые на берегу Обской губы русские кочи, убивали гонцов, торговых людей, ясачных сборщиков . Попытки привести самоедов в повиновение путем поимки "лутчих людей" в аманаты (заложники) приводила к массовым перекочевкам самоедов из Березовского в Мангазейский уезд .
На местах былых кочевок многие ненецкие роды оставили о себе память в виде названий различных географических объектов.
Например, топонимы с приставкой Адер распространены сейчас от Большеземельской тундры в Ненецком автономном округе Архангельской области (сопка Нгадер, гряда Нгадер-хой) до Тазовского п-ова в Надымском р-не Ямало-Ненецкого автономного округа (р.
Адер-паютаяха, оз. Нгадер-то) . Еще дальше к западу распространились топонимы с приставкой Харючи: р. Аркахарицей-яха, протекает в Малоземельской тундре, впадая в губу Колоколкова Баренцева моря, р. Харючи-яха, течет в Большеземельской тундре, р. Вылыс-харючи-яха стекает с Полярного Урала , в Пуровском районе ЯНАО в р. Пяку-пур впадает р. Харучей-яха, имеющая приток Харучей-яха-тарка . Топонимы с приставкой Вануйто встречаются почти на всей территории ЯНАО: в Приуралье (р. Вануйто, левый приток р. Большая Вануйто; р. Малая Вануйто, правый приток р. Кара), в Надымском р-не (р. Правая и Левая Вануйто, впадают в Надымскую Обь), в Тазовском р-не (протока Вануйто-юн, правый приток р. Пойлово-яха), в Ямальском р-не (р. Вануйто-яха, правый приток р. Паѐта-яха) .
Постоянные передвижения самоедов в XVII в. по Березовскому, Пустозерскому и Мангазейскому уездам не давали возможности русским властям определить четкие границы территории кочевания отдельных родов. В "Отписке березовского воеводы М. Квашнина в Сибирский приказ о нападениях самоедов на русских и остяков" 1644 г. о местах проживания самоедов говорится обобщенно: "Приезжает… на Обдорь в зимнее время каменная и карачейская самоядь, которые живут летом подле Мангазеинское море и по край реки Оби ниже Обдора на островах…" .
Северной границей самоедских кочевий были в то время две реки с названием Сѐ-яха, протекающие по центральной части п-ова Ямал. Западная Сѐ-яха (по-русски - Мутная), вытекая из оз. Нѐй-то (Мал-то) впадает в р. Морды-яха (Мурты-яха), впадающую в залив Карского моря Мутный Шар. Восточная Сѐ-яха (по-русски - Зелѐная) - берет начало от другого оз. Нѐй-то и впадает в Обскую губу. По этим рекам и системе озер Нѐй-то между ними проходил волок, как один из участков морского хода русских промышленников на Мангазею. В документах начала XVII в. говорится, что "по обе стороны Мутные реки временами кочует самоядь Карачея" . Зеленая река, по данным С.В. Бахрушина, носила в то время название Сѐ-Яга-Бануйта, т. е. "проходная река племени Вануйта" .
На северо-востоке граница кочевий ненцев сдвинулась в XVII в. далеко вглубь Мангазейского уезда, и проходила по р. Мессо, носившей тогда название Кровавой . В междуречье Таза и Енисея кочевали в то время тундровые энцы или мангазейская "самоядь". Ареалом их кочевий была тундра и северная тайга от бассейна Нижнего и Среднего Таза на югозападе до правобережья Енисея и Енисейского залива - на северовостоке. К северо-востоку от Среднего и Верхнего Таза, через водораздел Таза и Енисея кочевали лесные энцы или туруханская "самоядь" .