Сближая слова Иисуса о том, что поколение, слушавшее его, не пройдет, пока он не появится в облаках, с преклонным возрастом, достигнутым этим единственным из всех апостолов Иисуса, пришли к логическому заключению, что этот ученик не умрет, т. е. увидит создание царства Божия, не пройдя через смерть. Иоанн рассказывал или давал повод думать, что воскресший Иисус по этому поводу имел загадочный разговор с Петром. Все это придавало Иоанну еще при жизни Иисуса ореол чудесности. Легенда о нем стала создаваться раньше его смерти.
Старый апостол в свои последние годы, окруженный таинственностью, пользовался большим уважением. Ему приписывали чудеса и даже воскресение мертвых. Круг учеников группировался около него. Что происходило в этом интимном кружке? Какие предания там вырабатывались? Что рассказывал старик? Не смягчилась ли в его последние дни сильная антипатия, которую он всегда питал к ученикам Павла? Не старался ли он в своих рассказах, как не раз случалось и при жизни Иисуса, приписывать себе первое место около своего учителя и ставить себя возможно ближе к его сердцу? Не бродили ли уже некоторые из тех доктрин, которые впоследствии выдавались за иоаннические, и не обсуждались ли они между утомленным старым учителем и молодыми учениками, искавшими нового и старавшимися убедить старика, что ему всегда принадлежали те идеи, которые они старались ему внушить? Мы не знаем, и в этом заключается одна из главных трудностей разъяснения происхождения христианства. На этот раз причиной является не только неясность и преувеличенность легенд. По всей вероятности, в обманчивой церкви Эфеса существовало предвзятое желание скрывать и подделывать с благочестивой целью, что сильно затруднило дело критики в разборе этих спутанных обстоятельств.
Филон, около того времени, когда еще был жив Иисус, развил некоторого рода философию иудаизма, хотя и подготовленную идеями предыдущих мыслителей Израиля, но только под его пером принявшую окончательную форму. Основанием этой философии служит род абстрактной метафизики, вводящей в единое Божество разные ипостаси, делающей из божественного Разума (по-гречески logos, по сиро-халдейски memera) нечто вроде основы, отдельной от Вечного Отца. Египет и Финикия были уже знакомы с подобной двойственностью того же Бога. Впоследствии герметические книги основали теологию ипостаси и философию, параллельную христианству. Иисус, по-видимому, оставался вне этих идей, которые, если он знал их, не должны были представляться очаровательными его поэтической фантазии и его любящему сердцу. Наоборот, его школа должна была быть осаждаема ими: Аполлос не был чужд этой идеи; святой Павел в последнее время своей жизни, очевидно, был озабочен этим. Апокалипсис дает своему торжествующему Мессии таинственное имя Дoyoc tov фeo. Иудео-христианство, верное духу ортодоксального иудаизма, допускало в свою среду эти идеи в очень ограниченном количестве. Но когда все сирийские церкви стали все более и более отрываться от иудаизма, прилив этого нового духа стал совершаться с неотразимой силой. Иисус, который сначала был для большинства своих последователей не более, как пророк, сын Бога, в котором наиболее экзальтированные видели Мессию или сына человеческого, которого псевдо-Даниил изобразил, как блестящий центр будущих явлений, превратился теперь в Логос, в Разум, в Слово Бога. Эфес, по-видимому, тот пункт, в котором подобный взгляд на роль Иисуса получил начало и откуда он распространился по всему христианскому миру.
В действительности, предание не одному апостолу Иоанну приписывает торжественное объявление нового догмата. Предание передает нам, что в среде, окружавшей Иоанна, эта доктрина вызывала бури, колебала верования, вела к расколам и к отлучению от церкви.