Борис Михайлович, - подчеркивал Василевский, - был известен не только нашим Вооруженным Силам и стране, но и в армиях зарубежных стран как крупный военный теоретик, отличный организатор, мастер оперативной штабной работы. Он внес заметный вклад в подготовку большой плеяды опытных советских военачальников".
Возглавив Генштаб, Шапошников настойчиво добивался улучшения штабной службы в армии во всех ее звеньях. Через вновь образованный в марте 1938 г. Главный военный совет (в его состав входили и высшие политические руководители, включая Сталина) Борис Михайлович провел решения, направленные на реорганизацию в РККА оперативно-штабной службы. Их суть сводилась к тому, чтобы повысить внимание командиров всех степеней к организации штабной службы, добиться того, чтобы штаб в целом, так же как командир соединения, части, нес полную ответственность за организацию и исход боя. Всю оперативно-стратегическую подготовку руководящего состава РККА стремились строить с учетом опыта боевых действий в войнах и военных конфликтах (в Испании, на Хасане, на Халхин-Голе), а также опыта иностранных армий, в первую очередь Германии, Италии и Японии.
По оценке A.M. Василевского, его учитель в течение своей службы, особенно на посту начальника Генерального штаба, "последовательно решал вопросы, связанные с централизацией в руководстве Вооруженными Силами, боролся за осуществление четкой регламентации штабной службы на всех уровнях… Б.М. Шапошников был последовательным сторонником объединения управления Вооруженными Силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, а как государственный деятель, проявляющий заботу о необходимом пересмотре взглядов на всю структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью Вооруженных Сил в целом".
Огромное влияние на формирование коллектива Генерального штаба и профессиональных качеств каждого из его работников оказывал личный пример начальника. Шапошникова отличали черты истинного военного интеллигента старой закалки - широкая эрудиция и научный подход к решению любой проблемы, дисциплинированность и предельная ответственность за порученное дело, вежливость в отношениях с подчиненными, скромность, большой такт.
Его понимание офицерской чести подчас приводило в удивление Сталина. Однажды, когда Верховный Главнокомандующий узнал, что Борис Михайлович объявил двум начальникам штабов фронтов за предоставление недостоверной информации "всего лишь" выговор, он искренно возмутился: разве так наказывают? И был весьма удивлен пояснением выпускника Императорской Николаевской академии Шапошникова: "Это очень тяжелое наказание. Получивший выговор от начальника Генерального штаба должен подавать в отставку".
В Красной Армии, где предпочтение нередко отдавалось "матерному" стилю управления, такое сочетание взыскательности и уважения человеческого достоинства прививалось с трудом.
…Международная обстановка между тем складывалась так, что работы у Генштаба прибавилось еще больше. Слаженная работа руководимого Шапошниковым коллектива способствовала разгрому японских милитаристов на Халхин-Голе, успешному осуществлению похода в Западную Украину и Западную Белоруссию. Особенно большую работу Генеральный штаб проделал в предвидении войны с Финляндией и в ходе нее. Шапошников предложил такой план боевых действий, который предполагал их успешное проведение в сжатые сроки. Однако Сталин предпочел план, разработанный командованием Ленинградского военного округа с участием заместителей наркома обороны командарма 1-го ранга Г И. Кулика и армейского комиссара 1-го ранга Л.З. Мехлиса. В соответствии с ним основные войска ЛВО сводились в 7-ю армию (командующий - командарм 2-го ранга К.А. Мерецков), на которую возлагалась задача по прорыву линии Маннергейма на Карельском перешейке и разгрому главных сил финской армии.
Однако попытка в две недели разгромить упорного и стойкого противника не удалась. В конце декабря 1939 г. операция была приостановлена, и Главный военный совет вернулся к предложениям Шапошникова. Созданный по предложению Генерального штаба Северо-Западный фронт во главе с командармом 1-го ранга С.К. Тимошенко 11 февраля 1940 г. перешел в наступление, прорвал линию Маннергейма и стал успешно продвигаться вперед. В конце концов Финляндия запросила мира.
Но и перед советским руководством война, несмотря на победу, поставила много вопросов, обнажив слабую готовность Вооруженных Сил. В мае 1940 г. наркомат обороны вместо Ворошилова возглавил ставший Маршалом Советского Союза Тимошенко. Б.М. Шапошников, 7 мая 1940 г. также получивший высшее воинское звание, в августе был вынужден "за компанию" оставить свой пост.
Лично к Борису Михайловичу претензий нет, заметил Сталин в личной беседе с военачальником, его прогноз относительно Финляндии полностью оправдался. Но нас не поймут, продолжал советский лидер, если ограничиться заменой лишь наркома обороны. Кроме того, мир должен знать, что уроки конфликта с Финляндией полностью учтены, это важно для того, чтобы произвести на врагов должное впечатление. Шапошникову был предложен пост заместителя наркома обороны.
Несколько слов о характере взаимоотношений Шапошникова с вождем. A.M. Василевский писал по этому поводу: "Когда состоялись мои первые поездки вместе с Борисом Михайловичем в Кремль, первые встречи с членами Политбюро ЦК ВКП(б) и лично со Сталиным, я имел возможность убедиться, что Шапошников пользовался там особым уважением. Сталин называл его только по имени и отчеству. Только ему одному разрешал курить в своем рабочем кабинете, а в разговоре с ним никогда не повышал голоса, если и не разделял высказываемой им точки зрения на обсуждаемый вопрос. Но это чисто внешняя сторона их отношений. Главное же заключается в том, что предложения Шапошникова, всегда глубоко продуманные и глубоко аргументированные, как правило, не встречали особых возражений".
"Как правило…" Честный Василевский, писавший свои мемуары в годы фактической реабилитации Сталина, не мог, конечно, напрямую сказать, что вождь не прислушался к Шапошникову не только при принятии плана войны с Финляндией. Не согласился он и с глубоко аргументированным оперативным планом стратегического развертывания Вооруженных Сил, разработанным Генштабом.
Борис Михайлович, говоря о предполагаемом направлении главного удара противника с запада, считал, что "основным наиболее политически выгодным для Германии, а следовательно, и наиболее вероятным является первый вариант ее действий - с развертыванием главных сил немецкой армии к северу от устья реки Сан". Соответственно, в плане предлагалось развернуть наши главные силы в полосе от побережья Балтийского моря до Полесья, то есть на участке Северо-Западного и Западного фронтов. Второй вариант действий противника - сосредоточение основных сил к югу от Полесья - также считался возможным, но менее вероятным. Обеспечить южное направление должны были согласно плану также два фронта, но с меньшим количеством сил и средств.
Однако Сталин после того, как в сентябре 1940 г. ему доложили план стратегического развертывания, заставил переделать документ в соответствии с личным убеждением. Возможно, участвуй в докладе сам автор главных идей плана - Шапошников, он нашел бы дополнительные аргументы. Но в момент доклада начальником Генштаба был уже К.А. Мерецков. Так или иначе, но наиболее опасным стратегическим направлением было признано юго-западное - Украина, а не западное - Белоруссия, на котором гитлеровское командование в действительности сосредоточило и с началом боев ввело в действие самые мощные сухопутные и воздушные группировки. Это обстоятельство, по справедливому мнению Г.К. Жукова, в первую очередь негативно отразилось на ходе оборонительных действий в начальном периоде войны.
Не было особой идиллии в отношении вождя к Шапошникову и в дальнейшем. Выше уже не раз говорилось о том пагубном скептицизме, с которым в начале войны Сталин, ставший Верховным Главнокомандующим, относился к деятельности Генерального штаба. По его указанию в первый же день, 22 июня, из центрального аппарата в помощь командующим фронтами была направлена группа ответственных работников, включая начальника Генштаба генерала армии Жукова, его первого заместителя генерал-лейтенанта Ватутина, а также маршала Шапошникова. Генштаб был, по существу, оголен, и, как признавался A.M. Василевский, в тот момент заместитель начальника Оперативного управления, невольно создавалось впечатление, что "мозг армии" в самый ответственный момент оказался предоставленным самому себе. Все решения принимались наверху помимо Генштаба, и он был лишь передаточной инстанцией.
Это положение сохранялось довольно долго и после повторного назначения Шапошникова, датированного 30 июля 1941 г., начальником Генштаба. Как пишет генерал армии С.П. Иванов со слов A.M. Василевского, "в тот период Генеральный штаб не в состоянии был в достаточной мере влиять на выработку крупных решений. Б.М. Шапошников, по его словам, был жестоко травмирован репрессиями, которым подверглись все его соратники… Само отношение Сталина к Генштабу было скептическим, он называл его канцелярией".