Однако радикальный характер изменение журнального пространства приобрело в середине 1950-х годов. В 1955 г. сборники "Исторический архив" и "Советское востоковедение" были преобразованы в одноименные журналы, а в 1956 г. был создан бюллетень "Вопросы архивоведения", который через 10 лет будет превращен в журнал "Советские архивы". В 1957 г. возникли журналы "История СССР", "Новая и новейшая история", "Вопросы истории КПСС", "Вестник истории мировой культуры", "Украинский исторический журнал", "Народна творчiсть та етнографiя", на базе сборника "Советская археология" был создан одноименный журнал. Кроме того, в 1959 г. возрожден закрывшийся до войны "Военно-исторический журнал". Уже приведенный список изданий свидетельствует о существенном расширении диапазона специализации академических изданий, происходившем в различных направлениях: и региональном (российская история, востоковедение), и хронологическом (современная всемирная история), и субдисциплинарном (археология, архивное дело), и предметном (история партии, история культуры, военная история). Таким образом, в системе научных коммуникаций была зафиксирована новая структура организации исторического знания, гораздо в большей степени соответствующая дифференцированному характеру современной науки и развернутая как совокупность крупных тематических блоков. В это же время в журнальном пространстве происходит институционализация и других гуманитарных дисциплин (примерами могут служить создание "Вопросов психологии", возникновение семейства литературоведческих журналов во главе с "Вопросами литературы" в 1957 г.), однако по масштабу она несопоставима с тем, что происходило в исторической науке.
Наряду с формированием системы журналов, издаваемых Академией наук, в организацию корпуса исторической периодики начинают включаться другие институты. Прежде всего это, конечно, касается системы высшего образования. В 1958 г. Министерство высшего и среднего специального образования начинает выпускать журнал "Научные доклады высшей школы", в рамках которого впоследствии будет создана и историческая серия. Гораздо более значимым в перспективе развития системы университетской периодики стало реформирование в 1950-е годы "Вестников" Московского и Ленинградского университетов. Эти вестники сформируют тот образец, по которому будут впоследствии, в постсоветский период, перестраиваться университетские издания.
Важной составляющей формирования дифференцированной системы исторической периодики стало изменение принципов организации и оценки ее работы. Ярким свидетельством нового понимания роли исторического журнала можно считать выступление на Всесоюзном совещании историков в 1962 г. одного из главных партийных кураторов исторической науки, секретаря ЦК КПСС академика Б. Н. Пономарева, указавшего на основополагающее значение этих изданий в координации научных исследований, в информационном обеспечении науки и создании пространства для научных дискуссий. Вместе с тем в рамках новой системы деятельность каждого из журналов оценивалась уже не только с точки зрения политической благонадежности, но и с точки зрения функциональности. Как и в массовой печати той эпохи, место каждого издания стали описывать при помощи понятия "профиль издания". Особенно актуальным это стало для старых изданий, и в частности, для "Вопросов истории", которые оказались в кризисе после разгона панкратовской редакции. Обсуждение проблемы "профиля журнала" на заседании ученого совета, проходившее с участием известных историков М. В. Нечкиной, А. Л. Сидорова, В. М. Хвостова и др., демонстрирует попытки определить его задачи не только тематически (освещение "комплексных", "всемирно-исторических проблем", "элементы историографичности, проблемности, теории исторического процесса"), но и функционально ("журнал журналов").
Однако функциональность академических журналов была связана не только с определением их места в системе научной периодики, но и с их экономической эффективностью и способностью привлечь массовую аудиторию. С организационной точки зрения движение навстречу читателю означало необходимость встраиваться в новую реформируемую систему книгораспространения, в которой тиражи в гораздо большей степени определялись при участии книготорговых организаций. Знаковым явлением 1960-х годов, обсуждавшимся в том числе и на заседаниях редколлегий исторических журналов, стало интенсивное развитие научно-популярных изданий. В 1960 г. руководство Академии наук обращается к редакциям журналов с требованием представить свои предложения о мерах по повышению эффективности работы журналов и улучшению системы их распространения. По мнению редакторов, этому препятствуют рамки системы академического книгоиздания, связанные как с высокой себестоимостью производства журналов и нежеланием РИСО увеличивать тиражи, так и с ограниченными возможностями системы распространения академических журналов.