В частности, и это можно было считать третьим смыслом, в процессе модернизации почти не подвергалась изменениям схема защиты кораблей. Да и зачем, если она, несмотря на старую броню-компаунд, изначально была достаточно мощной: полный пояс по ватерлинии толщиной до 16 дюймов и 12-дюймовый каземат над ним у «Синопа» и 10-14-дюймовое двухъярусное поясное бронирование у «Двенадцати Апостолов» протяженностью в две трети длины корпуса. Фактически это примерно соответствовало вдвое более тонкой крупповской броне уровень защиты если не японских броненосцев, то уж броненосных крейсеров точно.
Новую броню получали только башни и барбеты на «Синопе» и башни «Двенадцати Апостолов». На втором броненосце решено было обойтись даже без замены брони
барбетов уже имеющиеся по диаметру (7,47 м) почти идеально согласовывались с принятыми для «Победы» (7,2 м). Их требовалось лишь срезать по высоте с 10 до 8,75 фута но облегчения корабля это, увы, почти не давало, так как высвобождаемые веса шли на дополнительное подкрепление барбетов и палуб для выдерживания ими более резкой отдачи современных орудий. Равным образом снижение веса от уменьшения размеров носовой надстройки на «Двенадцати Апостолах» и ликвидации боевого марса с 37-мм пушками (на фок-мачте оставалась только небольшая марсовая площадка с двумя пулеметами) шло на обеспечение установки вместо четырех старых 35-калиберных шестидюймовок аналогичного числа скорострелок Канэ того же калибра и на замену центральной четверки 47-мм пушек в надстройке спардека 75-миллиметровыми.
На «Синопе» тоже в значительной мере утилизировали уже имеющиеся конструкции или использовали «быстрые» решения, когда на задуманное изначально не хватало времени или ресурсов. Так, листы палубной брони, ранее прикрывавшие сверху общий каземат 12-дюймовок, переносились на уровень батарейной палубы, формируя «крышу» нижнего каземата. Новые места на батарейной палубе также требовались только для четырех 45-калиберных шестидюймовок еще четыре, как и такое же число 75-миллиметровок, устанавливались на имеющихся позициях снимаемых старых 152-мм и револьверных 47-мм пушек с соответствующим изменением их портов. Для защиты среднекалиберной артиллерии ввиду категорического отказа отечественных заводов изготавливать профилированную тонкую броню и неясности со сроками работы у зарубежных подрядчиков борт в районе размещения орудий обшили двумя дюймовыми слоями обычной судостроительной стали. А для коммуникационной трубы боевой рубки, поднимаемой на одну палубу вверх, просто подобрали на Обуховском заводе (как в свое время уже делалось для «Рюрика») испорченную заготовку крупнокалиберного орудийного ствола.
В результате всех переделок водоизмещение «Двенадцати Апостолов» практически не уменьшилось на примерно 885 тонн снимаемых грузов пришлось около 875 устанавливаемых. «Синоп» в этом отношении был в чуть большем выигрыше с учетом установки на нем котлов Бельвиля удавалось избавиться от 60 тонн лишнего веса .