В соборе сохранен резной позолоченный иконостас конца XVIII века в стиле барокко. Несомненную ценность представляют в нем верхние ряды икон XVI - XVII столетий. Эти иконы будут расчищены и заиграют всеми своими яркими и сочными красками, которые так любили древние новгородцы. В нижней части иконостаса (слева от царских врат) интересна, пожалуй, лишь одна икона - «Знамение божьей матери». Впрочем, само изображение богородицы - образец очень грубого позднего письма. Но обрамляют ее интересные клейма XVIII века, написанные на сюжет новгородской легенды о битве новгородцев с суздаль-цами. Предание объясняло победу новгородского войска в 1169 году над суздальцами чудесным вмешательством богородицы. Икона «Знамение» считалась с той поры покровительницей Новгорода.
На клеймах последовательно изображены Этапы «чуда»: вынос иконы на городскую стену, переговоры послов, святотатственная стрельба суздальцев по иконе и их поражение.
Фрагмент
фрески «Иов на гноище».
Легенды такого рода широко распространялись церковью для усиления ее влияния.
На нижней части западной стены собора значительно ниже уровня современного пола (пол собора в 1854 году был застлан восьмигранными чугунными плитами) в подклете сохранился самый крупный фрагмент фресковой росписи XII века. Это - композиция «Иов на гноище», иллюстрирующая когда-то очень популярный библейский сюжет. Праведный Иов безропотно перенес все ниспосланные ему испытания: он был лишен слуг, детей и богатства, поражен проказой. Но даже сидя на пепле и навозе и соскабливая черепком струпья с тела, Иов не вымолвил ни слова жалобы. Бог исцелил Иова и обогатил его. У Иова опять родились семь сыновей и три дочери, «и умер Иов в старости, насыщенный днями». Нет сомнения, что сюжет для росписи был выбран не случайно. В тревожные дни, предшествовавшие образованию новгородской республики, и князь, и подчиненное ему духовенство всеми средствами старались убедить непокорных новгородцев, что необходимо покоряться судьбе, терпеливо все переносить. А за терпение бог наградит их сторицей.
В художественном отношении эта фреска - один из самых драгоценных фрагментов древнерусской живописи. Удивительно красиво лицо жены Иова, протягивающей ему еду и питье: изящный, с горбинкой нос, красиво очерченные линии глаз и рта, мягкий овал лица. Все это доказывает, что здесь работал одаренный мастер, хорошо знакомый с манерой работы греческих художников.
Николо-Дворищенский собор был очень популярен в купеческой и ремесленной среде. Ведь Николай Чудотворец считался покровителем плавающих и путешествующих, а их всегда бывало много в Новгороде.
Возле стен собора собиралось буйное новгородское вече. И часто взрыв народного негодования загонял именитого боярина или богатого сановника в соборный алтарь. Здесь, дробно крестясь потной, дрожащей рукой, он выжидал, когда, наконец, стихнет буря. И далеко не каждому помогало в таком случае покровительство святого Николы Мирликийского, «чудотворная» икона которого в течение многих столетий была главной святыней собора. Сейчас эта икона хранится в отделе древнерусского искусства Новгородского музея. Ее легко узнать: лик Николая написан на круглой доске по белому фону. Графичный и аристократический почерк явно выдает руку киевского мастера XII века.
В годы Великой Отечественной войны, когда гитлеровские вандалы захватили Новгород, они превратили драгоценный памятник истории и архитектуры в казарму. После освобождения города от фашистов с большим трудом был восстановлен довоенный архитектурный облик собора.
В 1963 году в Никольском соборе разместился вновь созданный научно-атеистический отдел Новгородского историко-архитектурного музея-заповедника. Сейчас в западной пристройке открыта выставка «Правда о религии».
Известно, что новгородское духовенство занимало в русской православной церкви одно из ведущих мест. На выставке показано, какую внушительную силу представлял этот оплот царского самодержавия. В годы, непосредственно предшествовавшие Октябрьской революции, на территории нынешней Новгородской области насчитывалось 429 церквей, а в самом Новгороде на 27 тысяч жителей было 54 церкви. Из 34 учебных заведений 27 составляли духовные училища, семинария, церковно-приходские школы. В дни церковных праздников над городом стоял густой колокольный звон.
Вся масса черного и белого духовенства верно служила интересам эксплуататоров.
В экспозиции представлен журнал «Новгородские епархиальные ведомости». Январская книжка за 1906 год открывается статьей одного из церковнослужителей, содержащей красноречивое признание: «Да, мы не только за страх перед людьми, но и за совесть считали себя обязанными нашему народу проповедовать безграничное терпение. У нас даже мысли не являлось о том, что возможны такие условия социальной жизни, при которых легче жить будет, легче дышать трудящемуся классу Мы по совести считали себя обязанными становиться в оппозицию с теми, кто мечтал о лучших временах для нашего простого народа».
Духовенство само было крупнейшим собственником и эксплуататором. До революции ежегодный доход новгородского архиепископа составлял 307 500 рублей, а церковные и монастырские ризницы ломились от изобилия серебряных и золотых потиров, кадильниц, дароносиц, дискосов и других предметов церковной утвари, богато украшенных жемчугом и драгоценными камнями.