Горст контролировал доходы, поступающие из Донголы и от железной дороги, но не давал из них ни гроша под предлогом издержек войны в Судане. Из-за него офицеры и солдаты не получали полностью своего жалования и в бытовом отношении были плохо устроены.
Над Южной Африкой сгущаются тучи. Бурская война 18991902 гг. Южная Африка колонизировалась одновременно англичанами и голландцами. Поселенцы из Голландии назывались африканерами или бурами. Они контролировали республики Трансвааль и Оранжевую. Британия же владела Капской колонией и Наталем. Поль Крюгер, президент Трансвааля (Южно-африканской республики), считал, что вся Южная Африка принадлежит африканерам. Сэр Альфред Милнер, губернатор Капской колонии, считал Южную Африку находящейся под британским контролем.
Постепенно назревающий конфликт был усугублен открытием золота (1884 г.) и первых алмазов. В регион сразу нахлынули английские шахтеры и старатели. В мгновение ока вырос целый город
Йоханнесбург. Уитлендерам (иностранцам) платили, но они не имели избирательных прав и представительства в бурском парламенте. Англичанам не понравилось, что с ними в бурских республиках обращаются как с людьми второго сорта. Враждебность нарастала, переговоры проваливались. Милнер сформировал в Капской колонии британскую армию, и в октябре 1899 г. была объявлена война.
Вначале африканеры неизменно побеждали англичан. Последним были посланы подкрепления, но и те были разбиты. Генерала Буллера сменил генерал Фредерик Робертс, и ход войны стал меняться. Китченер был вызван в Южную Африку и назначен заместителем Робертса. За шесть месяцев англичане захватили Йоханнесбург и Преторию, столицу Трансвааля. Когда столица пала, британцы решили, что война закончена, но это оказалось не так. Африканеры организовали безжалостную партизанскую войну против оккупационных войск.
Это изменило весь ход войны. Не было армии, против которой приходилось сражаться, имели место постоянные диверсии (то, что теперь называют террористическими актами). Мосты взрывались, телеграфные линии обрезались, на отряды войск совершались молниеносные нападения. Там, где происходили диверсии, Робертс сжигал ближайшие фермы, а женщин с детьми отправлял в «лагеря для беженцев».
Робертс был назначен главнокомандующим всей британской армией, что потребовало его присутствия в других частях империи, и Китченер сменил его на посту командующего в Южной Африке. Робертс, высоко ценивший способности Китченера, предложил, чтобы он возглавил армию в Индии по окончании бурской войны. Королева Виктория хотела, чтобы Китченер с его выдающимися организационными качествами возглавил в Лондоне министерство обороны, но Китченеру претила идея работать в министерстве со всей его бюрократической машиной и канцелярщиной.
Китченер получил звание генерал-лейтенанта и 230000 человек под свое командование. Война все тянулась и тянулась, став чрезвычайно непопулярной в Англии. Многие англичане видели в бурах храбрых фермеров, защищающих свою родину от вторжения Британской империи. Бессмысленность войны стала очевидной.
В феврале 1901 г. бурский генерал Луи Бота направил Китченеру предложение встретиться и обсудить, как завершить войну. Китченер живо откликнулся на такую возможность, согласившись на встречу с намерением откровенно обменяться мнениями, не унижая африканеров.
Китченер предложил амнистию всем бурам, участвовавшим в военных действиях, и большие суммы денег для восстановления их ферм. Он хотел проявить великодушие, чтобы англичане и буры быстрее установили дружеские отношения. В этом стремлении отчетливо обозначились ключевые ноты всей жизни Китченера, выраженные в словах, приведенных в начале очерка: «Столь неукротимый на войне, столь смиренный в религии и столь великодушный в мирный период». Великодушный мир занимал такое же место в мыслях Китченера, как и победоносная война. О причине такой дальновидности мы можем лишь гадать. Возможно, он видел непрактичность и цену мира, унижающего противника, мира, который послужил бы только отсрочкой перед будущей войной. Чувствительность, которой наделил Китченера знак Рака, помогала ему понять позицию противника. В конечном итоге он видел очень мало различий между «ними и нами». Его глубокая религиозная нравственность, всю жизнь возраставшая благодаря его масонской деятельности, должно быть, позволяла ему видеть, что воистину все мы братья. Однако, к несчастью, эта точка зрения не разделялась другими ключевыми фигурами. Сэр Альфред Милнер, губернатор Капской колонии, считал такие условия слишком щедрыми по отношению к бурам. Китченер сделал все возможное, чтобы убедить его встать на позицию примирения, но Милнер стоял на своем. Чемберлен, в то время секретарь по делам колоний, соглашался с точкой зрения Милнера и даже укорял Китченера в парламенте за его щедрые предложения бурам.
В результате война продолжалась. Милнер отбыл в Англию, а Китченер был назначен верховным уполномоченным, что сделало его политическим и военным правителем Южной Африки. Вернувшись в Англию, Милнер сказал о Китченере, что он обладает «огромной энергией», но что его слабым местом является контроль слишком многих позиций одновременно. Кроме того, Милнер говорил о Китченере, что он «настоящая машина, сделанная из железа. Он проделывает колоссальную работу с рвением и самоотдачей, и я, по меньшей мере, не хочу, чтобы об этом забыли» (Письмо лорда Милнера лорду Ноллису, июнь 1901 г.).