Свои первые лодки японцы планировали использовать против тяжелых артиллерийских кораблей противника. Их свели в Специальную флотилию, находившуюся в подчинении командующего Соединенным флотом. По мнению
офицеров флота, для успешного проведения торпедной атаки лодкам необходимо было иметь большую скорость надводного хода. С этой целью в Японии по иностранным проектам построили несколько опытных кораблей, оснастив их мощными главными механизмами. Эти опыты не привели к желаемым результатам, внимание к лодкам ослабло и их распределили по Военно-морским округам. В 1910 г. МГШ решил изучить возможность использования ПЛ в борьбе против судоходства. Однако автономность и мореходность имеемых в строю кораблей не позволяли эффективно решать эту задачу, и МГШ вновь вернулся к вопросу о применении лодок против линейных сил. В июле августе 1912 г. была предпринята первая попытка провести учебную атаку флота "противника" совместно, группой ПЛ и броненосцами. Как оказалось, лодки не могли своевременно выйти в назначенную позицию и своими действиями только сковывали маневры кораблей. Тем не менее, в ноябре 1912 г. были разработаны Инструкции морского боя, определяющие тактику использования ПЛ в ходе генерального сражения. В частности, МГШ сформировал Отдельную эскадру, состоявшую из пяти дивизионов трехкорабельного состава. Лодки должны были следовать впереди своих линейных соединений, вести разведку в интересах командующего флотом и, в случае необходимости, атаковать противника до начала артиллерийского боя. В ходе атаки действиями ПЛ руководил командир эскадры, находившийся на одной из них.
В конце 1919 г. была проведена первая попытка классифицировать лодки японского флота. Корабли типов С1, С2, С3, мод. "Vickeгs", "Holland" и мод. "Holland' отнесли к лодкам третьего класса прибрежного действия, S и S2 к так называемым мореходным (или морским) лодкам третьего класса. Типы F1 и K1 классифицировали как мореходные (или морские) лодки второго класса. К мореходным лодкам первого класса должны были относиться корабли водоизмещением порядка 1500 т и скоростью хода в надводном положении не менее 20 узлов, работы над проектом которых МТД начал в конце 1917 г.
После окончания Первой Мировой войны в МГШ начались дебаты о необходимости сократить расходы на подводные силы. Дело в том, что в начале 1919 г. основным вероятным противником считалась континентальная Россия, фактически не имевшая флота на Дальнем Востоке. В случае войны с США, как ошибочно полагали, морские коммуникации противника не будут иметь значение из-за скоротечности кампании (в противном случае война вообще не должна была начаться).
В 1920 г., на основе боевого опыта Первой Мировой войны, были пересмотрены Инструкции морского боя. В соответствии с их новой редакцией, лодкам, в порядке значимости, надлежало: осуществлять разведку в интересах командующего Соединенным флотом; перед началом боя между линейными силами атаковать противника в любое время суток (в отличие, например, от эсминцев); преследовать его после боя или прикрывать свои тяжелые корабли; недопускать обстрела побережья, занятого своими частями; вести борьбу с отдельными кораблями и соединениями противника; вести борьбу с торговым судоходством. В соответствии с задачами появилась новая классификация. Лодки теперь подразделялись на: малые водоизмещением в надводном положении до 300 т и предназначавшиеся для обороны побережья; заградители до 1300 т для активных минных постановок у побережья противника; средние от 300 до 1000 т для борьбы с торговым судоходством противника на небольшом удалении от пунктов базирования; большие (океанские) от 1000 до 1500 т для совместных операций с линейными силами и борьбы с боевыми кораблями; патрульные (или крейсерские) от 1500 до 2000 т для ведения разведки при помощи бортового гидросамолета и борьбы с судоходством на всей акваторрии Тихого океана. Из-за отсутствия бортовых самолетов с требуемыми эллементами, японцы построили несколько патрульных лодок без авиационного вооружения, которые с конца 1932 г. классифицировались как малые патрульные.
К концу 20-х годов Япония располагала достаточным числом лодок, что позволяло на практике проверить взгляды МГШ на боевое использование кораблей этого класса. Организационно ПЛ были сведены в эскадры, состоявшие из дивизионов трехкорабельного состава. Дивизионы, как правило, состояли из однотипных лодок. Командиры эскадр находились на одной из лодок и подчинялись командующему Шестым флотом. Как показал опыт многочисленных учений, такая организация оказалась не совсем удачной. Так, на больших (крейсерских) ПЛ отсутствовали необходимые средства связи и были ограничены возможности поиска противника. В результате штабы их эскадр перенесли на легкие крейсера, подобно соединениям эсминцев. Крейсер со штабом выходил в назначенный
район, где бортовой гидросамолет вел разведку и наводил на противника корабли эскадры, развернутые в строй фронта. ПЛ среднего класса патрулировали самостоятельно, и им не требовалось жесткое руководство со стороны штаба эскадры. Он располагался на тендерах, служивших одновременно ремонтной базой и складом для пополнения запасов. Только патрульные эскадры сохранили в качестве флагманов лодки, так как они имели на вооружении гидросамолет. В мирное время штабы Шестого флота и эскадр являлись чисто административными органами. Дивизионы лодок распределялись между Военно-морскими округами (ВМО) и сводились в эскадры на время проведения учений. В военное время командующий Шестым флотом принимал под свое начало эскадры и действовал в соответствии с приказами руководства Соединенным (впоследствии Объединенным) флотом или МГШ.