тем Иоанн IV Васильевич вовсе не собирался менять вероисповедание, а свое дружественное отношение к лютеранам разумно объяснял. Ему приписывались слова о Лютеровом учении: «Оно гораздо ближе к истине, чем Римско-католическое, и по сему может быть терпимо». Когда же посол папы, Антоний Поссевин, убеждал московского царя выгнать лютеранских магистров и принимать только одних латинских священников, ответом Иоанна Грозного было: «Лютеране, как и все иноверцы, живут свободно в России, но не смеют сообщать другим своих мнений». Весьма важным было то, что лютеране по духу своего учения, в отличие от католиков, не вмешивались в политические дела России и не проводили духовную пропаганду.
При царе Борисе Годунове была построена просторная кирка в Белом городе у Покровских ворот, недалеко от церкви Св. Николая в Столпах. В 1600 году в старой лютеранской кирке у Яузы был избран пастор Мартын Бер. О точном ее местонахождении сказать трудно. Предполагается, что у этого притока Москва-реки было старинное поселение немцев.
По преданию, тот же царь, с дружеским расположением и для большего удобства датчан, предложил построить другую лютеранскую кирку в самом Кремле. Эту церковь поспешно соорудили на площади вблизи Гостунского собора. Царь на свои средства поставил здесь же деревянную колокольню и повесил на ней три колокола. Прихожанами церкви была свита принца и немецкие рейтеры, служившие при государе.
Однако бояре и простой московский народ не одобрили такую веротерпимость и инициативу Годунова. Иноверческую церковь в недрах самого Кремля, где хранились святыни отечественной Церкви, сочли за поругание национального достоинства. Поэтому новое строение оставалось здесь совсем недолго.
При Отрепьеве, в 1606 году, во Дворец для богослужений был вызван пастор Мартын Бер. Здесь он говорил лютеранские проповеди для капитанов, докторов и других немцев, которым было далеко ходить в немецкую кирку к Яузе.
После Ляхолетья для постройки лютеранской кирки отвели землю на Моховой улице, где позднее было определено место для университета. Но о ее судьбе ничего не известно.
В 1616 году бывшие в Москве лютеранские церкви разделились на Старую и Новую. Москвичи их называли ропатами и молитвенными избами.
Первый Романов-царь (Михаил Федорович) в 1629 году пожаловал землю для построения церкви реформатам за Земляным валом, где в 1639 году была построена первая реформатская деревянная кирка, а в 1684 уже каменная. Через одиннадцать лет там на Большой Немецкой улице, напротив старого Сената, по ходатайству Франца Лефорта была сооружена обширнейшая каменная церковь со школой. А лютеранам в том же районе за Земляным городом в 1635 году была отведена слобода, впоследствии названная Новою Иноземскою. Новою она именовалась потому, что в Москве ранее находились еще две иноземские слободы: одна за Яузскими воротами, а другая у Крымского двора за Москва-рекой (Наливки).
Царским указом 2 марта 1642 года было велено «сломать немецкие ропаты в Китае, Белом и Земляном городах». После этого лютеранская община выпросила себе в 1643 году дозволение у Земского приказа поставить свою кирку за городом на «садовом месте Никиты Зюзина» вблизи православной церкви Св. Николая, что в Кобыльском, в 20 саженях от Земляного вала и рва. Община объясняла, что там исстари была «у попа их на дворе поставлена изба с комнатою, где они вместе с докторами по праздникам и воскресным дням для богомолья и Евангельского чтения сходились».
На этой земле, длиною в 30 и шириною в 30 сажен, и была сооружена деревянная кирка с колокольней, над которой были поставлены четырехконечные кресты. На современной карте Москвы это место из-за архитектурных перестроек обнаружить невозможно. Отмечу лишь, что обозначенный район находился у Садового кольца чуть севернее Курского вокзала.
13 июня 1643 года лютеране получили от русского царя «Данную» на это место и разрешение собираться в будущем в свой молитвенный дом иностранцам всех сословий, переводчикам Посольского приказа, золотых и серебряных дел мастерам и немецким купцам в Москве. Кирха была названа Михайловскою в честь Св. Михаила Архангела. Возможно, так прихожане хотели изъявить царю Михаилу Федоровичу признательность и благодарность.
«Данная» была утверждена государем в день его ангела Святого Михаила Малеина. После постройки лютеранской Михайловской кирки за нее ходатайствовал доктор Иван Белов, который 4 мая 1645 года подал челобитную царю о дозволении иноземцам сходиться здесь на молитву.
Через три года после сооружения немецкой церкви произошел досадный случай.
Юный царь Алексей Михайлович, вступивший на престол после кончины родителя, как-то проезжал мимо этой кирки. По ошибке, как бывает в молодости, он принял ее за православную. Снял по русскому обычаю перед нею шапку и перекрестился у всех на виду. Духовник царя, заметив это, спешным порядком разъяснил «конфуз». И тогда раздосадованный молодой царь велел перевести «провинившуюся» кирку подальше за город, за речку Кокуй (Кукуй). На то место, где она впоследствии долго и находилась. К тому же Алексей Михайлович решил еще дальше переместить иноверческие церкви от центральной части столицы. Было запрещено ставить над ними кресты и строить при них колокольни.