Баторий, узнав о поражении своих войск под Печорами, решил послать туда новый отряд с четырьмя пушками под командованием опытного военачальника венгра Борнемиссы. Король предупредил его, что если крепость не будет взята, то обратно отряду лучше не возвращаться.
Борнемисса, прибыв к Печорской крепости, прежде всего разделил свой отряд на две части: венгров с четырьмя пушками поставил на новом месте, а немцев, которые были при первой осаде, с тремя пушками оставил на прежнем месте. Теперь крепостную стену начали бить в двух местах, чтобы дезорганизовать защитников и ослабить их сопротивление.
После двухдневной стрельбы из пушек северо-западная стена была пробита до самой земли. Немцы и венгры начали штурмовать крепость одновременно с двух сторон, рассчитывая, что защитники не смогут выдержать такого натиска. Битва продолжалась более пяти часов, но крепость устояла.
14 ноября противник предпринял новый штурм участка стены, прилегающей к Никольской башне. Некоторым солдатам противника удалось даже забраться на башню. С другой стороны крепости осаждающие пытались выломать железные ворота. Но защитники сражались стойко. Им помогали женщины, старики и дети, заряжая ружья и пищали, обливая врагов кипятком. Войска Батория не выдержали такого отчаянного сопротивления и, оставив убитых, с позором бежали от крепости.
Не сумев штурмом взять Печорскую крепость, противник решил овладеть ею путем продолжительной осады. Но все было напрасно. Мужественные защитники крепости с честью выполнили свой долг. Двухмесячная осада закончилась позором для врага.
Что касается Изборска, то он оказался во власти Батория. Хотя в летописях об этом ничего не говорится, но в мирном договоре 1582 года Изборск упоминается среди других городов, захваченных Бато-рием и подлежащих возвращению России.
За время своей военной истории Печорская крепость только один раз была в руках врага. Это произошло в 1592 году. Внезапно напавшие шведы захватили крепость, сожгли в ней все деревянные постройки и разграбили монастырь. Но уже через сутки неприятель был выбит из крепости.
Начало XVII века было тяжелым временем для Руси. Между русскими феодалами шла ожесточенная борьба за московский престол. Вокруг Москвы полыхало пламя крестьянской войны. Этим и воспользовались враги.
С 1611 по 1655 год Печорская крепость вела почти непрерывную оборону против войск польских, литовских и шведских захватчиков, каждый раз выходя победителем из этих сражений.
В 1611 году начал свои разорительные набеги на Псковскую землю польский авантюрист Лисовский. Отряд под его командованием подошел к Печорской крепости, захватил острог [1] и торговые лавки, но был отбит. Поражения Лисовского под Печорами и Изборском ослабили его силы и заставили уйти к литовской границе. Однако еще долго русские города и села страдали от набегов его войск.
[1 Острог - место при входе в крепость, огражденное с трех сторон стенами и защищавшее главные ворота].
Вслед за Лисовским послал свой отряд для штурма крепости Ходкевич. Осада длилась пять с лишним недель. Враги сделали подкоп, семь раз ходили на приступ, разбили некоторые башни, но крепости взять не смогли. Присланные на помощь защитникам крепости подкрепления из Пскова помогли окончательно разбить противника, захватить у него орудия и знамена.
В следующем, 1612 году Печорскую крепость осаждали шведы. Им удалось ночью выломать ворота, но защитники устояли и своими решительными действиями отбросили врага.
В 1615 году на Псковскую землю опять вторглись шведы - король Густав-Адольф со своей армией. Но и на этот раз завоевателям добиться успеха не удалось. Они были отбиты под стенами Псковской и Печорской крепостей, чья мужественная оборона помогла России справиться с врагами и добиться в 1617 году заключения мира.
В 1630 году защитников Печорской крепости и население посада постигло большое несчастье. Более
четырех месяцев свирепствовал мор, унесший 1700 человек. Не успели жители оправиться от эпидемии, как на них в 1634 году напали литовцы. Противник сжег посад и торговые лавки, но был отброшен до самой границы и там разбит, много литовцев было взято в плен.
В 1688 году в крепости возник пожар. Сгорело много деревянных сооружений, ризница и большое количество книг.
В начале Северной войны, весной 1701 года, в Печоры прибыл по «указу государеву» с полками окольничий князь Щербатов. Надвигалась опасность со стороны шведов, нужно было спешно укреплять крепость. К работам было привлечено все трудоспособное население, даже священники и монахи, невзирая на сан.
В сравнительно короткий срок почти вся стена Кругом была обнесена земляным валом с деревянным Частоколом, перед валом выкопан ров (он наполнялся водой). На более важных участках впереди башен были воздвигнуты пять земляных бастионов, где установили артиллерийские орудия.
Новые укрепления вскоре подверглись испытаниям. В феврале 1703 года двухтысячный шведский отряд напал на Печорскую крепость, но ее защитники успешно отразили нападение. Овладеть крепостью врагу не удалось, хотя он и выломал железные ворота и стрелял из пушек по башням. Это было последнее сражение у стен крепости.