В 1596 г. Артемий Бабинов открыл свой знаменитый короткий путь в Сибирь, вдоль которого началось постепенное возведение крепостей. В 1598 г. на Троицком камне над Турой был поставлен будущий Верхотурский острог, а в 1600 г. в устье реки Елынки - Туринский острог .
В том же, 1600 г., остяки разгромили Мангазейскую экспедицию князя Шаховского, а в 1605 г. восстали вогулы на р. Ляпин, фактически восстановившие свою независимость, однако не сумевшие овладеть Березовским острогом. В 1607 г. к ляпинцам примкнул обдорский князь остяков Василий, но объединенная рать остяков и вогулов была разбита . Кроме того, превентивными мерами были сорваны выступления вогулов в 1609 и 1612 гг.
Большой проблемой оставались
кучумовичи, кочевавшие между Ишимом и Иртышом, и принимавшие к себе всех недовольных властью Москвы. Так, в 1600 г. у оз. Чебаркуль сыновья Кучума приняли 250 беглых татар и башкир , летом 1603 г. к сыну Кучума - Алею присоединился ногайский мурза Урус с семью сотнями татар и башкир , наконец, в 1606 г. на Иртыше появились перекочевывающие на запад калмыки , быстро нашедшие общий язык с сибирскими татарами.
Результат не заставил себя ждать, уже в мае 1607 г. сибирские татары и калмыки совершили набег на Тюменский уезд, боевые действия с переменным успехом продолжались все лето, а затем продолжились летом 1608 г. В 1610 г. калмыки напали на башкирские улусы в долине Миасса, а затем продолжили грабеж по Исети . В 1613 г. тюменским воеводам удалось нанести калмыкам поражение, но затишье на Урале наступило буквально на пару лет.
Уже зимой 16151616 гг. в бассейне Камы вспыхнуло восстание башкир, татар, чувашей и удмуртов, которые осадили Осу и Сарапул. Не успели справиться с этим выступлением, как на следующий год сын Кучума - Ишим совместно с калмыками разорил восточную часть Уфимского уезда . Ответный удар в Приишимские степи последовал из Тобольска в 1618 г., татары затихли на три года, но уже осенью 1621 г. калмыки с берегов Тобола совершили набег на Тамьянскую волость Уфимского уезда .
Следующие семь лет прошли в мелких пограничных стычках, а очередной всплеск боевой активности пришелся на 16281629 и 1632-1636 гг., причем 11 ноября 1634 г. калмыки решились даже на осаду Тюмени, не добившись, правда, каких-либо успехов . Мирная передышка составила пять лет, а затем в 1640 1641, 1645, 1648-1649, 1651 гг. на Урале вновь лилась кровь, причем в 1649 и 1651 гг. татары и калмыки дважды сожгли Далматовский монастырь .
Таким образом, из первых 50 лет XVII века на Урале мирными были лишь 26 лет, во все остальные годы в том или ином районе Уральского региона велись боевые действия, причем речь идет о больших военных походах со сражениями и осадами крепостей. Мелких пограничных набегов и стычек было неизмеримо больше, но не все они попали в исторические документы и летописи.
Во второй половине XVII в. Кучумовичи постепенно сходят с исторической сцены, калмыки продвигаются из Южного Зауралья в прикаспийские степи, а русская часть Урала отгораживается крепостными линиями, тянущимися от Камы до Ишима и Тобола. Создаются предпосылки для мирного развития региона, но здесь начинается череда башкирских восстаний, связанная с постепенным укреплением позиций центральной власти на южноуральской окраине. Москва представляла себе договор 1554 г. как добровольное вхождение Башкирии в состав Русского государства, башкиры же считали свои отношения с русским царем не более чем номинальным вассалитетом. Пока в Центральной России разыгрывалась драма Смутного времени, пока на восточные границы накатывались калмыки и остатки сибирских татар, власти не лезли во внутренние дела башкир, и башкирские тарханы действительно чувствовали себя не более чем вассалами «белого царя», проводя вполне самостоятельную внутреннюю, а порой и внешнюю политику. Однако во второй половине XVII века Москва постепенно начинает прибирать башкир к рукам, считая, что они такие же подданные, как приволжские татары или чуваши.
В ответ, Башкирия отвечает целой серией восстаний, перемежаемых мелкими набегами на русские селения и заводы. При этом, с нашей точки зрения, здесь нельзя говорить о какой-то классовой борьбе, как это десятилетиями делала советская историография . Башкиры с одинаковым удовольствием жгли как боярские дома, так и крестьянские избушки, и очевидно, что простые землепашцы страдали от набегов неизмеримо больше, нежели «царские сатрапы». С другой стороны, вряд ли применим и термин «национально-освободительная борьба» , так как простого кочевника гораздо сильнее угнетали его собственные баи, нежели «тишайший» Алексей Михайлович. К тому же в своей борьбе башкирские тарханы обращались и к турецкому султану, и к ногайцам и к казахским ханам, вполне готовые сменить русских сборщиков налогов на турецких или казахских мытарей.