Действительно, выполняя задачи по разрушению железных дорог и эвакуации железнодорожных станций и грузов, военные железнодорожники осуществляли, например, подрывы мостов только после того, как через них проследует не только последний бронепоезд, но и последнее подразделение Красной Армии. Разумеется, эвакуируемые станции они также оставляли последними. В результате военные железнодорожные подразделения часто попадали в сложные положения.
Дополнительную остроту ситуации придавало отсутствие эффективного взаимодействия между полевыми частями и подразделениями Железнодорожных войск .
Так, в районе Белостока белополякам удалось перерезать железную дорогу и, разобрав путь, отрезать два эшелона 35-го железнодорожного дивизиона. Военные железнодорожники двигались со станции Лапы и не были проинформированы полевым командованием о том, что станция Белосток уже занята противником.
Отступать было некуда, поэтому принимается решение прорываться через станцию с боем. Однако две атаки в пешем строю были отбыты неприятелем. Тогда, заминировав паровоз и 17 вагонов, военные железнодорожники пустили этот состав в сторону противника. Мощный взрыв вызвал замешательство во вражеских рядах, а воины дивизиона, захватив ценное имущество (телефоны, телеграфные аппараты и др.), двинулись на север в обход Белостока и с боем пробились к своим отходящим частям .
Даже в конце сентября начале октября 1920 года проблема организации взаимодействия все еще стояла исключительно остро.
По этой причине была отрезана от своих войск противником и пропала без вести команда 12-го железнодорожного дивизиона, производившая в последних числах сентября на участке Барановичи Лунинец эвакуацию станции, а подрывной команде 35-го дивизиона, осуществлявшей в начале октября разрушения объектов железнодорожного транспорта на участке Минск Молодечно, с боем пришлось прорываться на станцию Молодечно на соединение с частями Красной Армии .
Исключительное мужество, проявленное военными железнодорожниками, высоко оценивалось военным руководством страны. Так, в своем приказе от 21 апреля 1923 года 59 Реввоенсовет Республики отмечал: «Награждаются Почетным революционным Красным Знаменем 32 и 35-й железнодорожные дивизионы за то, что в период наступления наших войск на Варшаву с июня по август 1920 года, все время следуя с передовыми частями Армии и производя в чрезвычайно трудных условиях исправление железнодорожного пути и мостов, оба дивизиона довели свою работу до станции Тлущ (в 39 верстах от Варшавы), находясь в непосредственной близости от фронта. Во время отхода от Варшавы оба дивизиона, оказавшись у Белостока отрезанными белополяками от наших войск, несмотря на понесенные значительные потери в личном составе дивизионов, пробились через окружающие их численно превосходящие силы противника и присоединились к нашим войскам, не оставив противнику никаких трофеев».
В условиях отступления советских войск серьезной проблемой стала невозможность своевременного получения командирами подразделений Железнодорожных войск приказов на производство разрушений. В соответствии с действовавшими тогда нормативными документами такие распоряжения мог отдавать первоначально штаб фронта. Довольно скоро обстановка заставила делегировать эти полномочия штабам общевойсковых армий, однако и в этом случае соответствующие распоряжения либо поступали не вовремя, либо отражали решения, принятые на основе неточных данных об обстановке, либо и вовсе не поступали. В результате только на линии Кобрин Жабинка вследствие «оперативной неразберихи» военными железнодорожниками дважды взрывались и затем дважды восстанавливались три моста .
В связи с этим командирам железнодорожных подразделений, в условиях прямой угрозы захвата противником железнодорожных объектов, в некоторых случаях приходилось
самостоятельно принимать решения на производство их разрушений. Так, 19 августа 1920 года поступил командир технической роты 35-го железнодорожного дивизиона В. А Головко который, находясь вместе с подрывной командой под обстрелом противника и предвидя скорый переход в атаку польских частей, приказал взорвать мост через реку Буг .
Командир технической роты 35-го железнодорожного дивизиона В. А. Головко
Боец 1-го Уральского коммунистического Железнодорожного батальона П. С. Михалев, автор книги «Бронепоезд проходит Балезино». Свердловск, 1969
В создавшихся условиях начальник 6-й отдельной железнодорожной бригады был вынужден дать в адрес начальника штаба 15-й армии телеграмму следующего содержания: «Ваши телеграфные распоряжения получаются на вторые сутки, следовательно, ими руководствоваться в вопросах своевременного разрушения невозможно. ...Доносить вам об отходе войск своевременно не имею возможности за отсутствием прямой с вами связи, поэтому прошу разрешения в крайних случаях действовать самостоятельно» .